man/man1/xpm2ps.1

   1 .TH xpm2ps 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 xpm2ps - convert XPM (XPixelMap) file to postscript
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3xpm2ps\fP
   8 .BI "-f" " root.xpm "
   9 .BI "-f2" " root2.xpm "
  10 .BI "-di" " ps.m2p "
  11 .BI "-do" " out.m2p "
  12 .BI "-o" " plot.eps "
  13 .BI "-xpm" " root.xpm "
  14 .BI "-[no]h" ""
  15 .BI "-nice" " int "
  16 .BI "-[no]w" ""
  17 .BI "-[no]frame" ""
  18 .BI "-title" " enum "
  19 .BI "-[no]yonce" ""
  20 .BI "-legend" " enum "
  21 .BI "-diag" " enum "
  22 .BI "-size" " real "
  23 .BI "-bx" " real "
  24 .BI "-by" " real "
  25 .BI "-rainbow" " enum "
  26 .BI "-gradient" " vector "
  27 .BI "-skip" " int "
  28 .BI "-[no]zeroline" ""
  29 .BI "-legoffset" " int "
  30 .BI "-combine" " enum "
  31 .BI "-cmin" " real "
  32 .BI "-cmax" " real "
  33 .SH DESCRIPTION
  34 xpm2ps makes a beautiful color plot of an XPixelMap file.
  35 Labels and axis can be displayed, when they are supplied
  36 in the correct matrix format.
  37 Matrix data may be generated by programs such as do_dssp, g_rms or
  38 g_mdmat.
  39
  40
  41 Parameters are set in the
  42 .B m2p
  43 file optionally supplied with
  44
  45 .B -di
  46 . Reasonable defaults are provided. Settings for the y-axis
  47 default to those for the x-axis. Font names have a defaulting hierarchy:
  48 titlefont - legendfont; titlefont - (xfont - yfont - ytickfont)
  49 - xtickfont, e.g. setting titlefont sets all fonts, setting xfont
  50 sets yfont, ytickfont and xtickfont.
  51
  52
  53 When no
  54 .B m2p
  55 file is supplied, many setting are set by
  56 command line options. The most important option is
  57 .B -size
  58
  59 which sets the size of the whole matrix in postscript units.
  60 This option can be overridden with the
  61 .B -bx
  62 and
  63 .B -by
  64
  65 options (and the corresponding parameters in the
  66 .B m2p
  67 file),
  68 which set the size of a single matrix element.
  69
  70
  71 With
  72 .B -f2
  73 a 2nd matrix file can be supplied, both matrix
  74 files will be read simultaneously and the upper left half of the
  75 first one (
  76 .B -f
  77 ) is plotted together with the lower right
  78 half of the second one (
  79 .B -f2
  80 ). The diagonal will contain
  81 values from the matrix file selected with
  82 .B -diag
  83 .
  84 Plotting of the diagonal values can be suppressed altogether by
  85 setting
  86 .B -diag
  87 to
  88 .B none
  89 .
  90 In this case, a new color map will be generated with
  91 a red gradient for negative numbers and a blue for positive.
  92 If the color coding and legend labels of both matrices are identical,
  93 only one legend will be displayed, else two separate legends are
  94 displayed.
  95 With
  96 .B -combine
  97 an alternative operation can be selected
  98 to combine the matrices. The output range is automatically set
  99 to the actual range of the combined matrix. This can be overridden
 100 with
 101 .B -cmin
 102 and
 103 .B -cmax
 104 .
 105
 106
 107
 108 .B -title
 109 can be set to
 110 .B none
 111 to suppress the title, or to
 112
 113 .B ylabel
 114 to show the title in the Y-label position (alongside
 115 the Y-axis).
 116
 117
 118 With the
 119 .B -rainbow
 120 option dull grey-scale matrices can be turned
 121 into attractive color pictures.
 122
 123
 124 Merged or rainbowed matrices can be written to an XPixelMap file with
 125 the
 126 .B -xpm
 127 option.
 128 .SH FILES
 129 .BI "-f" " root.xpm"
 130 .B Input
 131  X PixMap compatible matrix file
 132
 133 .BI "-f2" " root2.xpm"
 134 .B Input, Opt.
 135  X PixMap compatible matrix file
 136
 137 .BI "-di" " ps.m2p"
 138 .B Input, Opt., Lib.
 139  Input file for mat2ps
 140
 141 .BI "-do" " out.m2p"
 142 .B Output, Opt.
 143  Input file for mat2ps
 144
 145 .BI "-o" " plot.eps"
 146 .B Output, Opt.
 147  Encapsulated PostScript (tm) file
 148
 149 .BI "-xpm" " root.xpm"
 150 .B Output, Opt.
 151  X PixMap compatible matrix file
 152
 153 .SH OTHER OPTIONS
 154 .BI "-[no]h"  "no    "
 155  Print help info and quit
 156
 157 .BI "-nice"  " int" " 0"
 158  Set the nicelevel
 159
 160 .BI "-[no]w"  "no    "
 161  View output xvg, xpm, eps and pdb files
 162
 163 .BI "-[no]frame"  "yes   "
 164  Display frame, ticks, labels, title and legend
 165
 166 .BI "-title"  " enum" " top"
 167  Show title at:
 168 .B top
 169 ,
 170 .B once
 171 ,
 172 .B ylabel
 173 or
 174 .B none
 175
 176
 177 .BI "-[no]yonce"  "no    "
 178  Show y-label only once
 179
 180 .BI "-legend"  " enum" " both"
 181  Show legend:
 182 .B both
 183 ,
 184 .B first
 185 ,
 186 .B second
 187 or
 188 .B none
 189
 190
 191 .BI "-diag"  " enum" " first"
 192  Diagonal:
 193 .B first
 194 ,
 195 .B second
 196 or
 197 .B none
 198
 199
 200 .BI "-size"  " real" " 400   "
 201  Horizontal size of the matrix in ps units
 202
 203 .BI "-bx"  " real" " 0     "
 204  Element x-size, overrides -size (also y-size when -by is not set)
 205
 206 .BI "-by"  " real" " 0     "
 207  Element y-size
 208
 209 .BI "-rainbow"  " enum" " no"
 210  Rainbow colors, convert white to:
 211 .B no
 212 ,
 213 .B blue
 214 or
 215 .B red
 216
 217
 218 .BI "-gradient"  " vector" " 0 0 0"
 219  Re-scale colormap to a smooth gradient from white {1,1,1} to {r,g,b}
 220
 221 .BI "-skip"  " int" " 1"
 222  only write out every nr-th row and column
 223
 224 .BI "-[no]zeroline"  "no    "
 225  insert line in xpm matrix where axis label is zero
 226
 227 .BI "-legoffset"  " int" " 0"
 228  Skip first N colors from xpm file for the legend
 229
 230 .BI "-combine"  " enum" " halves"
 231  Combine two matrices:
 232 .B halves
 233 ,
 234 .B add
 235 ,
 236 .B sub
 237 ,
 238 .B mult
 239 or
 240 .B div
 241
 242
 243 .BI "-cmin"  " real" " 0     "
 244  Minimum for combination output
 245
 246 .BI "-cmax"  " real" " 0     "
 247  Maximum for combination output
 248