man/man1/x2top.1

   1 .TH x2top 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 x2top - generates a primitive topology from coordinates
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3x2top\fP
   8 .BI "-f" " conf.gro "
   9 .BI "-o" " out.top "
  10 .BI "-r" " out.rtp "
  11 .BI "-[no]h" ""
  12 .BI "-nice" " int "
  13 .BI "-ff" " string "
  14 .BI "-[no]v" ""
  15 .BI "-nexcl" " int "
  16 .BI "-[no]H14" ""
  17 .BI "-[no]alldih" ""
  18 .BI "-[no]remdih" ""
  19 .BI "-[no]pairs" ""
  20 .BI "-name" " string "
  21 .BI "-[no]pbc" ""
  22 .BI "-[no]pdbq" ""
  23 .BI "-[no]param" ""
  24 .BI "-[no]round" ""
  25 .BI "-kb" " real "
  26 .BI "-kt" " real "
  27 .BI "-kp" " real "
  28 .SH DESCRIPTION
  29 x2top generates a primitive topology from a coordinate file.
  30 The program assumes all hydrogens are present when defining
  31 the hybridization from the atom name and the number of bonds.
  32 The program can also make an rtp entry, which you can then add
  33 to the rtp database.
  34
  35
  36 When
  37 .B -param
  38 is set, equilibrium distances and angles
  39 and force constants will be printed in the topology for all
  40 interactions. The equilibrium distances and angles are taken
  41 from the input coordinates, the force constant are set with
  42 command line options.The force fields supported currently are:
  43
  44
  45 G43a1  GROMOS96 43a1 Forcefield (official distribution)
  46
  47
  48 oplsaa OPLS-AA/L all-atom force field (2001 aminoacid dihedrals)
  49
  50
  51 G43b1  GROMOS96 43b1 Vacuum Forcefield (official distribution)
  52
  53
  54 gmx    Gromacs Forcefield (a modified GROMOS87, see manual)
  55
  56
  57 G43a2  GROMOS96 43a2 Forcefield (development) (improved alkane dihedrals)
  58
  59
  60 The corresponding data files can be found in the library directory
  61 with names like ffXXXX.YYY. Check chapter 5 of the manual for more
  62 information about file formats. By default the forcefield selection
  63 is interactive, but you can use the
  64 .B -ff
  65 option to specify
  66 one of the short names above on the command line instead. In that
  67 case pdb2gmx just looks for the corresponding file.
  68
  69
  70 .SH FILES
  71 .BI "-f" " conf.gro"
  72 .B Input
  73  Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa
  74
  75 .BI "-o" " out.top"
  76 .B Output, Opt.
  77  Topology file
  78
  79 .BI "-r" " out.rtp"
  80 .B Output, Opt.
  81  Residue Type file used by pdb2gmx
  82
  83 .SH OTHER OPTIONS
  84 .BI "-[no]h"  "no    "
  85  Print help info and quit
  86
  87 .BI "-nice"  " int" " 0"
  88  Set the nicelevel
  89
  90 .BI "-ff"  " string" " oplsaa"
  91  Force field for your simulation. Type "select" for interactive selcection.
  92
  93 .BI "-[no]v"  "no    "
  94  Generate verbose output in the top file.
  95
  96 .BI "-nexcl"  " int" " 3"
  97  Number of exclusions
  98
  99 .BI "-[no]H14"  "yes   "
 100  Use 3rd neighbour interactions for hydrogen atoms
 101
 102 .BI "-[no]alldih"  "no    "
 103  Generate all proper dihedrals
 104
 105 .BI "-[no]remdih"  "no    "
 106  Remove dihedrals on the same bond as an improper
 107
 108 .BI "-[no]pairs"  "yes   "
 109  Output 1-4 interactions (pairs) in topology file
 110
 111 .BI "-name"  " string" " ICE"
 112  Name of your molecule
 113
 114 .BI "-[no]pbc"  "yes   "
 115  Use periodic boundary conditions.
 116
 117 .BI "-[no]pdbq"  "no    "
 118  Use the B-factor supplied in a pdb file for the atomic charges
 119
 120 .BI "-[no]param"  "yes   "
 121  Print parameters in the output
 122
 123 .BI "-[no]round"  "yes   "
 124  Round off measured values
 125
 126 .BI "-kb"  " real" " 400000"
 127  Bonded force constant (kJ/mol/nm2)
 128
 129 .BI "-kt"  " real" " 400   "
 130  Angle force constant (kJ/mol/rad2)
 131
 132 .BI "-kp"  " real" " 5     "
 133  Dihedral angle force constant (kJ/mol/rad2)
 134
 135 .SH KNOWN PROBLEMS
 136 \- The atom type selection is primitive. Virtually no chemical knowledge is used
 137
 138 \- Periodic boundary conditions screw up the bonding
 139
 140 \- No improper dihedrals are generated
 141
 142 \- The atoms to atomtype translation table is incomplete (ffG43a1.n2t file in the $GMXLIB directory). Please extend it and send the results back to the GROMACS crew.
 143