man/man1/tpbconv.1

   1 .TH tpbconv 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 tpbconv - makes a run input file for restarting a crashed run
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3tpbconv\fP
   8 .BI "-s" " topol.tpr "
   9 .BI "-f" " traj.trr "
  10 .BI "-e" " ener.edr "
  11 .BI "-n" " index.ndx "
  12 .BI "-o" " tpxout.tpr "
  13 .BI "-[no]h" ""
  14 .BI "-nice" " int "
  15 .BI "-nsteps" " int "
  16 .BI "-runtime" " real "
  17 .BI "-time" " real "
  18 .BI "-extend" " real "
  19 .BI "-until" " real "
  20 .BI "-[no]zeroq" ""
  21 .BI "-[no]cont" ""
  22 .SH DESCRIPTION
  23 tpbconv can edit run input files in four ways.
  24
  25
  26 .B 1st.
  27 by modifying the number of steps in a run input file
  28 with option
  29 .B -nsteps
  30 or option
  31 .B -runtime
  32 .
  33
  34
  35
  36 .B 2st.
  37 (OBSOLETE) by creating a run input file
  38 for a continuation run when your simulation has crashed due to e.g.
  39 a full disk, or by making a continuation run input file.
  40 This option is obsolete, since mdrun now writes and reads
  41 checkpoint files.
  42 Note that a frame with coordinates and velocities is needed.
  43 When pressure and/or Nose-Hoover temperature coupling is used
  44 an energy file can be supplied to get an exact continuation
  45 of the original run.
  46
  47
  48
  49 .B 3nd.
  50 by creating a tpx file for a subset of your original
  51 tpx file, which is useful when you want to remove the solvent from
  52 your tpx file, or when you want to make e.g. a pure Ca tpx file.
  53
  54 .B WARNING: this tpx file is not fully functional
  55 .
  56
  57 .B 4rd.
  58 by setting the charges of a specified group
  59 to zero. This is useful when doing free energy estimates
  60 using the LIE (Linear Interaction Energy) method.
  61 .SH FILES
  62 .BI "-s" " topol.tpr"
  63 .B Input
  64  Run input file: tpr tpb tpa
  65
  66 .BI "-f" " traj.trr"
  67 .B Input, Opt.
  68  Full precision trajectory: trr trj cpt
  69
  70 .BI "-e" " ener.edr"
  71 .B Input, Opt.
  72  Energy file: edr ene
  73
  74 .BI "-n" " index.ndx"
  75 .B Input, Opt.
  76  Index file
  77
  78 .BI "-o" " tpxout.tpr"
  79 .B Output
  80  Run input file: tpr tpb tpa
  81
  82 .SH OTHER OPTIONS
  83 .BI "-[no]h"  "no    "
  84  Print help info and quit
  85
  86 .BI "-nice"  " int" " 0"
  87  Set the nicelevel
  88
  89 .BI "-nsteps"  " int" " -1"
  90  Change the number of steps
  91
  92 .BI "-runtime"  " real" " -1    "
  93  Set the run time (ps)
  94
  95 .BI "-time"  " real" " -1    "
  96  Continue from frame at this time (ps) instead of the last frame
  97
  98 .BI "-extend"  " real" " 0     "
  99  Extend runtime by this amount (ps)
 100
 101 .BI "-until"  " real" " 0     "
 102  Extend runtime until this ending time (ps)
 103
 104 .BI "-[no]zeroq"  "no    "
 105  Set the charges of a group (from the index) to zero
 106
 107 .BI "-[no]cont"  "yes   "
 108  For exact continuation, the constraints should not be solved before the first step
 109