man/man1/protonate.1

   1 .TH protonate 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 protonate - protonates structures
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3protonate\fP
   8 .BI "-s" " topol.tpr "
   9 .BI "-f" " traj.xtc "
  10 .BI "-n" " index.ndx "
  11 .BI "-o" " protonated.xtc "
  12 .BI "-[no]h" ""
  13 .BI "-nice" " int "
  14 .BI "-b" " time "
  15 .BI "-e" " time "
  16 .BI "-dt" " time "
  17 .SH DESCRIPTION
  18
  19 .B protonate
  20 reads (a) conformation(s) and adds all missing
  21 hydrogens as defined in
  22 .B ffgmx2.hdb
  23 . If only
  24 .B -s
  25 is
  26 specified, this conformation will be protonated, if also
  27 .B -f
  28
  29 is specified, the conformation(s) will be read from this file
  30 which can be either a single conformation or a trajectory.
  31
  32
  33
  34 If a pdb file is supplied, residue names might not correspond to
  35 to the GROMACS naming conventions, in which case these residues will
  36 probably not be properly protonated.
  37
  38
  39
  40 If an index file is specified, please note that the atom numbers
  41 should correspond to the
  42 .B protonated
  43 state.
  44 .SH FILES
  45 .BI "-s" " topol.tpr"
  46 .B Input
  47  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  48
  49 .BI "-f" " traj.xtc"
  50 .B Input, Opt.
  51  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  52
  53 .BI "-n" " index.ndx"
  54 .B Input, Opt.
  55  Index file
  56
  57 .BI "-o" " protonated.xtc"
  58 .B Output
  59  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb
  60
  61 .SH OTHER OPTIONS
  62 .BI "-[no]h"  "no    "
  63  Print help info and quit
  64
  65 .BI "-nice"  " int" " 0"
  66  Set the nicelevel
  67
  68 .BI "-b"  " time" " 0     "
  69  First frame (ps) to read from trajectory
  70
  71 .BI "-e"  " time" " 0     "
  72  Last frame (ps) to read from trajectory
  73
  74 .BI "-dt"  " time" " 0     "
  75  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  76