man/man1/gmxdump.1

   1 .TH gmxdump 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 gmxdump - makes binary files human readable
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3gmxdump\fP
   8 .BI "-s" " topol.tpr "
   9 .BI "-f" " traj.xtc "
  10 .BI "-e" " ener.edr "
  11 .BI "-cp" " state.cpt "
  12 .BI "-om" " grompp.mdp "
  13 .BI "-[no]h" ""
  14 .BI "-nice" " int "
  15 .BI "-[no]nr" ""
  16 .SH DESCRIPTION
  17 gmxdump reads a run input file (
  18 .B .tpa
  19 /
  20 .B .tpr
  21 /
  22 .B .tpb
  23 ),
  24 a trajectory (
  25 .B .trj
  26 /
  27 .B .trr
  28 /
  29 .B .xtc
  30 ) or an energy
  31 file (
  32 .B .ene
  33 /
  34 .B .edr
  35 ) and prints that to standard
  36 output in a readable format. This program is essential for
  37 checking your run input file in case of problems.
  38
  39
  40 When requesting to dump a topology file the program will dump
  41 the processed topology, since not all original information is maintained
  42 in tpr files.
  43 .SH FILES
  44 .BI "-s" " topol.tpr"
  45 .B Input, Opt.
  46  Run input file: tpr tpb tpa
  47
  48 .BI "-f" " traj.xtc"
  49 .B Input, Opt.
  50  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  51
  52 .BI "-e" " ener.edr"
  53 .B Input, Opt.
  54  Energy file: edr ene
  55
  56 .BI "-cp" " state.cpt"
  57 .B Input, Opt.
  58  Checkpoint file
  59
  60 .BI "-om" " grompp.mdp"
  61 .B Output, Opt.
  62  grompp input file with MD parameters
  63
  64 .SH OTHER OPTIONS
  65 .BI "-[no]h"  "no    "
  66  Print help info and quit
  67
  68 .BI "-nice"  " int" " 0"
  69  Set the nicelevel
  70
  71 .BI "-[no]nr"  "yes   "
  72  Show index numbers in output (leaving them out makes comparison easier, but creates a useless topology)
  73