man/man1/gmxcheck.1

   1 .TH gmxcheck 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 gmxcheck - checks and compares files
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3gmxcheck\fP
   8 .BI "-f" " traj.xtc "
   9 .BI "-f2" " traj.xtc "
  10 .BI "-s1" " top1.tpr "
  11 .BI "-s2" " top2.tpr "
  12 .BI "-c" " topol.tpr "
  13 .BI "-e" " ener.edr "
  14 .BI "-e2" " ener2.edr "
  15 .BI "-n" " index.ndx "
  16 .BI "-m" " doc.tex "
  17 .BI "-[no]h" ""
  18 .BI "-nice" " int "
  19 .BI "-vdwfac" " real "
  20 .BI "-bonlo" " real "
  21 .BI "-bonhi" " real "
  22 .BI "-tol" " real "
  23 .BI "-[no]ab" ""
  24 .BI "-lastener" " string "
  25 .SH DESCRIPTION
  26 gmxcheck reads a trajectory (
  27 .B .trj
  28 ,
  29 .B .trr
  30 or
  31
  32 .B .xtc
  33 ), an energy file (
  34 .B .ene
  35 or
  36 .B .edr
  37 )
  38 or an index file (
  39 .B .ndx
  40 )
  41 and prints out useful information about them.
  42
  43
  44 Option
  45 .B -c
  46 checks for presence of coordinates,
  47 velocities and box in the file, for close contacts (smaller than
  48
  49 .B -vdwfac
  50 and not bonded, i.e. not between
  51 .B -bonlo
  52
  53 and
  54 .B -bonhi
  55 , all relative to the sum of both Van der Waals
  56 radii) and atoms outside the box (these may occur often and are
  57 no problem). If velocities are present, an estimated temperature
  58 will be calculated from them.
  59
  60
  61 If an index file is given it's contents will be sumamrized.
  62
  63
  64 If both a trajectory and a tpr file are given (with
  65 .B -s1
  66 )
  67 the program will check whether the bond lengths defined in the tpr
  68 file are indeed correct in the trajectory. If not you may have
  69 non-matching files due to e.g. deshuffling or due to problems with
  70 virtual sites. With these flags, gmxcheck provides a quick check for such problems.
  71
  72 The program can compare run two input (
  73 .B .tpr
  74 ,
  75 .B .tpb
  76 or
  77
  78 .B .tpa
  79 ) files
  80 when both
  81 .B -s1
  82 and
  83 .B -s2
  84 are supplied.
  85 Similarly a pair of trajectory files can be compared (using the
  86 .B -f2
  87
  88 option), or a pair of energy files (using the
  89 .B -e2
  90 option).
  91
  92
  93 For free energy simulations the A and B state topology from one
  94 run input file can be compared with options
  95 .B -s1
  96 and
  97 .B -ab
  98 .
  99
 100
 101 In case the
 102 .B -m
 103 flag is given a LaTeX file will be written
 104 consisting a rough outline for a methods section for a paper.
 105 .SH FILES
 106 .BI "-f" " traj.xtc"
 107 .B Input, Opt.
 108  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
 109
 110 .BI "-f2" " traj.xtc"
 111 .B Input, Opt.
 112  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
 113
 114 .BI "-s1" " top1.tpr"
 115 .B Input, Opt.
 116  Run input file: tpr tpb tpa
 117
 118 .BI "-s2" " top2.tpr"
 119 .B Input, Opt.
 120  Run input file: tpr tpb tpa
 121
 122 .BI "-c" " topol.tpr"
 123 .B Input, Opt.
 124  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
 125
 126 .BI "-e" " ener.edr"
 127 .B Input, Opt.
 128  Energy file: edr ene
 129
 130 .BI "-e2" " ener2.edr"
 131 .B Input, Opt.
 132  Energy file: edr ene
 133
 134 .BI "-n" " index.ndx"
 135 .B Input, Opt.
 136  Index file
 137
 138 .BI "-m" " doc.tex"
 139 .B Output, Opt.
 140  LaTeX file
 141
 142 .SH OTHER OPTIONS
 143 .BI "-[no]h"  "no    "
 144  Print help info and quit
 145
 146 .BI "-nice"  " int" " 0"
 147  Set the nicelevel
 148
 149 .BI "-vdwfac"  " real" " 0.8   "
 150  Fraction of sum of VdW radii used as warning cutoff
 151
 152 .BI "-bonlo"  " real" " 0.4   "
 153  Min. fract. of sum of VdW radii for bonded atoms
 154
 155 .BI "-bonhi"  " real" " 0.7   "
 156  Max. fract. of sum of VdW radii for bonded atoms
 157
 158 .BI "-tol"  " real" " 0.001 "
 159  Relative tolerance for comparing real values defined as 2*(a-b)/(|a|+|b|)
 160
 161 .BI "-[no]ab"  "no    "
 162  Compare the A and B topology from one file
 163
 164 .BI "-lastener"  " string" " "
 165  Last energy term to compare (if not given all are tested). It makes sense to go up until the Pressure.
 166