man/man1/genbox.1

   1 .TH genbox 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 genbox - solvates a system
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3genbox\fP
   8 .BI "-cp" " protein.gro "
   9 .BI "-cs" " spc216.gro "
  10 .BI "-ci" " insert.gro "
  11 .BI "-o" " out.gro "
  12 .BI "-p" " topol.top "
  13 .BI "-[no]h" ""
  14 .BI "-nice" " int "
  15 .BI "-box" " vector "
  16 .BI "-nmol" " int "
  17 .BI "-try" " int "
  18 .BI "-seed" " int "
  19 .BI "-vdwd" " real "
  20 .BI "-shell" " real "
  21 .BI "-maxsol" " int "
  22 .BI "-[no]vel" ""
  23 .SH DESCRIPTION
  24 Genbox can do one of 3 things:
  25
  26
  27 1) Generate a box of solvent. Specify -cs and -box. Or specify -cs and
  28 -cp with a structure file with a box, but without atoms.
  29
  30
  31 2) Solvate a solute configuration, eg. a protein, in a bath of solvent
  32 molecules. Specify
  33 .B -cp
  34 (solute) and
  35 .B -cs
  36 (solvent).
  37 The box specified in the solute coordinate file (
  38 .B -cp
  39 ) is used,
  40 unless
  41 .B -box
  42 is set.
  43 If you want the solute to be centered in the box,
  44 the program
  45 .B editconf
  46 has sophisticated options
  47 to change the box dimensions and center the solute.
  48 Solvent molecules are removed from the box where the
  49 distance between any atom of the solute molecule(s) and any atom of
  50 the solvent molecule is less than the sum of the VanderWaals radii of
  51 both atoms. A database (
  52 .B vdwradii.dat
  53 ) of VanderWaals radii is
  54 read by the program, atoms not in the database are
  55 assigned a default distance
  56 .B -vdw
  57 .
  58
  59
  60 3) Insert a number (
  61 .B -nmol
  62 ) of extra molecules (
  63 .B -ci
  64 )
  65 at random positions.
  66 The program iterates until
  67 .B nmol
  68 molecules
  69 have been inserted in the box. To test whether an insertion is
  70 successful the same VanderWaals criterium is used as for removal of
  71 solvent molecules. When no appropriately
  72 sized holes (holes that can hold an extra molecule) are available the
  73 program tries for
  74 .B -nmol
  75 *
  76 .B -try
  77 times before giving up.
  78 Increase -try if you have several small holes to fill.
  79
  80
  81 The default solvent is Simple Point Charge water (SPC), with coordinates
  82 from
  83 .B $GMXLIB/spc216.gro
  84 . Other
  85 solvents are also supported, as well as mixed solvents. The
  86 only restriction to solvent types is that a solvent molecule consists
  87 of exactly one residue. The residue information in the coordinate
  88 files is used, and should therefore be more or less consistent.
  89 In practice this means that two subsequent solvent molecules in the
  90 solvent coordinate file should have different residue number.
  91 The box of solute is built by stacking the coordinates read from
  92 the coordinate file. This means that these coordinates should be
  93 equlibrated in periodic boundary conditions to ensure a good
  94 alignment of molecules on the stacking interfaces.
  95
  96
  97 The program can optionally rotate the solute molecule to align the
  98 longest molecule axis along a box edge. This way the amount of solvent
  99 molecules necessary is reduced.
 100 It should be kept in mind that this only works for
 101 short simulations, as eg. an alpha-helical peptide in solution can
 102 rotate over 90 degrees, within 500 ps. In general it is therefore
 103 better to make a more or less cubic box.
 104
 105
 106 Setting -shell larger than zero will place a layer of water of
 107 the specified thickness (nm) around the solute. Hint: it is a good
 108 idea to put the protein in the center of a box first (using editconf).
 109
 110
 111
 112 Finally, genbox will optionally remove lines from your topology file in
 113 which a number of solvent molecules is already added, and adds a
 114 line with the total number of solvent molecules in your coordinate file.
 115 .SH FILES
 116 .BI "-cp" " protein.gro"
 117 .B Input, Opt.
 118  Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa
 119
 120 .BI "-cs" " spc216.gro"
 121 .B Input, Opt., Lib.
 122  Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa
 123
 124 .BI "-ci" " insert.gro"
 125 .B Input, Opt.
 126  Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa
 127
 128 .BI "-o" " out.gro"
 129 .B Output
 130  Structure file: gro g96 pdb
 131
 132 .BI "-p" " topol.top"
 133 .B In/Out, Opt.
 134  Topology file
 135
 136 .SH OTHER OPTIONS
 137 .BI "-[no]h"  "no    "
 138  Print help info and quit
 139
 140 .BI "-nice"  " int" " 19"
 141  Set the nicelevel
 142
 143 .BI "-box"  " vector" " 0 0 0"
 144  box size
 145
 146 .BI "-nmol"  " int" " 0"
 147  no of extra molecules to insert
 148
 149 .BI "-try"  " int" " 10"
 150  try inserting -nmol*-try times
 151
 152 .BI "-seed"  " int" " 1997"
 153  random generator seed
 154
 155 .BI "-vdwd"  " real" " 0.105 "
 156  default vdwaals distance
 157
 158 .BI "-shell"  " real" " 0     "
 159  thickness of optional water layer around solute
 160
 161 .BI "-maxsol"  " int" " 0"
 162  maximum number of solvent molecules to add if they fit in the box. If zero (default) this is ignored
 163
 164 .BI "-[no]vel"  "no    "
 165  keep velocities from input solute and solvent
 166
 167 .SH KNOWN PROBLEMS
 168 \- Molecules must be whole in the initial configurations.
 169