man/man1/g_velacc.1

   1 .TH g_velacc 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 g_velacc - calculates velocity autocorrelation functions
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_velacc\fP
   8 .BI "-f" " traj.trr "
   9 .BI "-s" " topol.tpr "
  10 .BI "-n" " index.ndx "
  11 .BI "-o" " vac.xvg "
  12 .BI "-[no]h" ""
  13 .BI "-nice" " int "
  14 .BI "-b" " time "
  15 .BI "-e" " time "
  16 .BI "-dt" " time "
  17 .BI "-[no]w" ""
  18 .BI "-[no]xvgr" ""
  19 .BI "-[no]m" ""
  20 .BI "-[no]mol" ""
  21 .BI "-acflen" " int "
  22 .BI "-[no]normalize" ""
  23 .BI "-P" " enum "
  24 .BI "-fitfn" " enum "
  25 .BI "-ncskip" " int "
  26 .BI "-beginfit" " real "
  27 .BI "-endfit" " real "
  28 .SH DESCRIPTION
  29 g_velacc computes the velocity autocorrelation function.
  30 When the
  31 .B -m
  32 option is used, the momentum autocorrelation
  33 function is calculated.
  34
  35
  36 With option
  37 .B -mol
  38 the velocity autocorrelation function of
  39 molecules is calculated. In this case the index group should consist
  40 of molecule numbers instead of atom numbers.
  41 .SH FILES
  42 .BI "-f" " traj.trr"
  43 .B Input
  44  Full precision trajectory: trr trj cpt
  45
  46 .BI "-s" " topol.tpr"
  47 .B Input, Opt.
  48  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  49
  50 .BI "-n" " index.ndx"
  51 .B Input, Opt.
  52  Index file
  53
  54 .BI "-o" " vac.xvg"
  55 .B Output
  56  xvgr/xmgr file
  57
  58 .SH OTHER OPTIONS
  59 .BI "-[no]h"  "no    "
  60  Print help info and quit
  61
  62 .BI "-nice"  " int" " 19"
  63  Set the nicelevel
  64
  65 .BI "-b"  " time" " 0     "
  66  First frame (ps) to read from trajectory
  67
  68 .BI "-e"  " time" " 0     "
  69  Last frame (ps) to read from trajectory
  70
  71 .BI "-dt"  " time" " 0     "
  72  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  73
  74 .BI "-[no]w"  "no    "
  75  View output xvg, xpm, eps and pdb files
  76
  77 .BI "-[no]xvgr"  "yes   "
  78  Add specific codes (legends etc.) in the output xvg files for the xmgrace program
  79
  80 .BI "-[no]m"  "no    "
  81  Calculate the momentum autocorrelation function
  82
  83 .BI "-[no]mol"  "no    "
  84  Calculate the velocity acf of molecules
  85
  86 .BI "-acflen"  " int" " -1"
  87  Length of the ACF, default is half the number of frames
  88
  89 .BI "-[no]normalize"  "yes   "
  90  Normalize ACF
  91
  92 .BI "-P"  " enum" " 0"
  93  Order of Legendre polynomial for ACF (0 indicates none):
  94 .B 0
  95 ,
  96 .B 1
  97 ,
  98 .B 2
  99 or
 100 .B 3
 101
 102
 103 .BI "-fitfn"  " enum" " none"
 104  Fit function:
 105 .B none
 106 ,
 107 .B exp
 108 ,
 109 .B aexp
 110 ,
 111 .B exp_exp
 112 ,
 113 .B vac
 114 ,
 115 .B exp5
 116 ,
 117 .B exp7
 118 or
 119 .B exp9
 120
 121
 122 .BI "-ncskip"  " int" " 0"
 123  Skip N points in the output file of correlation functions
 124
 125 .BI "-beginfit"  " real" " 0     "
 126  Time where to begin the exponential fit of the correlation function
 127
 128 .BI "-endfit"  " real" " -1    "
 129  Time where to end the exponential fit of the correlation function, -1 is till the end
 130