man/man1/g_vanhove.1

   1 .TH g_vanhove 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 g_vanhove - calculates Van Hove displacement functions
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_vanhove\fP
   8 .BI "-f" " traj.xtc "
   9 .BI "-s" " topol.tpr "
  10 .BI "-n" " index.ndx "
  11 .BI "-om" " vanhove.xpm "
  12 .BI "-or" " vanhove_r.xvg "
  13 .BI "-ot" " vanhove_t.xvg "
  14 .BI "-[no]h" ""
  15 .BI "-nice" " int "
  16 .BI "-b" " time "
  17 .BI "-e" " time "
  18 .BI "-dt" " time "
  19 .BI "-[no]w" ""
  20 .BI "-[no]xvgr" ""
  21 .BI "-sqrt" " real "
  22 .BI "-fm" " int "
  23 .BI "-rmax" " real "
  24 .BI "-rbin" " real "
  25 .BI "-mmax" " real "
  26 .BI "-nlevels" " int "
  27 .BI "-nr" " int "
  28 .BI "-fr" " int "
  29 .BI "-rt" " real "
  30 .BI "-ft" " int "
  31 .SH DESCRIPTION
  32 g_vanhove computes the Van Hove correlation function.
  33 The Van Hove G(r,t) is the probability that a particle that is at r0
  34 at time zero can be found at position r0+r at time t.
  35 g_vanhove determines G not for a vector r, but for the length of r.
  36 Thus it gives the probability that a particle moves a distance of r
  37 in time t.
  38 Jumps across the periodic boundaries are removed.
  39 Corrections are made for scaling due to isotropic
  40 or anisotropic pressure coupling.
  41
  42
  43
  44 With option
  45 .B -om
  46 the whole matrix can be written as a function
  47 of t and r or as a function of sqrt(t) and r (option
  48 .B -sqrt
  49 ).
  50
  51
  52
  53 With option
  54 .B -or
  55 the Van Hove function is plotted for one
  56 or more values of t. Option
  57 .B -nr
  58 sets the number of times,
  59 option
  60 .B -fr
  61 the number spacing between the times.
  62 The binwidth is set with option
  63 .B -rbin
  64 . The number of bins
  65 is determined automatically.
  66
  67
  68
  69 With option
  70 .B -ot
  71 the integral up to a certain distance
  72 (option
  73 .B -rt
  74 ) is plotted as a function of time.
  75
  76
  77
  78 For all frames that are read the coordinates of the selected particles
  79 are stored in memory. Therefore the program may use a lot of memory.
  80 For options
  81 .B -om
  82 and
  83 .B -ot
  84 the program may be slow.
  85 This is because the calculation scales as the number of frames times
  86
  87 .B -fm
  88 or
  89 .B -ft
  90 .
  91 Note that with the
  92 .B -dt
  93 option the memory usage and calculation
  94 time can be reduced.
  95 .SH FILES
  96 .BI "-f" " traj.xtc"
  97 .B Input
  98  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  99
 100 .BI "-s" " topol.tpr"
 101 .B Input
 102  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
 103
 104 .BI "-n" " index.ndx"
 105 .B Input, Opt.
 106  Index file
 107
 108 .BI "-om" " vanhove.xpm"
 109 .B Output, Opt.
 110  X PixMap compatible matrix file
 111
 112 .BI "-or" " vanhove_r.xvg"
 113 .B Output, Opt.
 114  xvgr/xmgr file
 115
 116 .BI "-ot" " vanhove_t.xvg"
 117 .B Output, Opt.
 118  xvgr/xmgr file
 119
 120 .SH OTHER OPTIONS
 121 .BI "-[no]h"  "no    "
 122  Print help info and quit
 123
 124 .BI "-nice"  " int" " 19"
 125  Set the nicelevel
 126
 127 .BI "-b"  " time" " 0     "
 128  First frame (ps) to read from trajectory
 129
 130 .BI "-e"  " time" " 0     "
 131  Last frame (ps) to read from trajectory
 132
 133 .BI "-dt"  " time" " 0     "
 134  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 135
 136 .BI "-[no]w"  "no    "
 137  View output xvg, xpm, eps and pdb files
 138
 139 .BI "-[no]xvgr"  "yes   "
 140  Add specific codes (legends etc.) in the output xvg files for the xmgrace program
 141
 142 .BI "-sqrt"  " real" " 0     "
 143  Use sqrt(t) on the matrix axis which binspacing  in sqrt(ps)
 144
 145 .BI "-fm"  " int" " 0"
 146  Number of frames in the matrix, 0 is plot all
 147
 148 .BI "-rmax"  " real" " 2     "
 149  Maximum r in the matrix (nm)
 150
 151 .BI "-rbin"  " real" " 0.01  "
 152  Binwidth in the matrix and for -or (nm)
 153
 154 .BI "-mmax"  " real" " 0     "
 155  Maximum density in the matrix, 0 is calculate (1/nm)
 156
 157 .BI "-nlevels"  " int" " 81"
 158  Number of levels in the matrix
 159
 160 .BI "-nr"  " int" " 1"
 161  Number of curves for the -or output
 162
 163 .BI "-fr"  " int" " 0"
 164  Frame spacing for the -or output
 165
 166 .BI "-rt"  " real" " 0     "
 167  Integration limit for the -ot output (nm)
 168
 169 .BI "-ft"  " int" " 0"
 170  Number of frames in the -ot output, 0 is plot all
 171