man/man1/g_sgangle.1

   1 .TH g_sgangle 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 g_sgangle - computes the angle and distance between two groups
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_sgangle\fP
   8 .BI "-f" " traj.xtc "
   9 .BI "-n" " index.ndx "
  10 .BI "-s" " topol.tpr "
  11 .BI "-oa" " sg_angle.xvg "
  12 .BI "-od" " sg_dist.xvg "
  13 .BI "-od1" " sg_dist1.xvg "
  14 .BI "-od2" " sg_dist2.xvg "
  15 .BI "-[no]h" ""
  16 .BI "-nice" " int "
  17 .BI "-b" " time "
  18 .BI "-e" " time "
  19 .BI "-dt" " time "
  20 .BI "-[no]w" ""
  21 .BI "-[no]xvgr" ""
  22 .BI "-[no]one" ""
  23 .BI "-[no]z" ""
  24 .SH DESCRIPTION
  25 Compute the angle and distance between two groups.
  26 The groups are defined by a number of atoms given in an index file and
  27 may be two or three atoms in size.
  28 If -one is set, only one group should be specified in the index
  29 file and the angle between this group at time 0 and t will be computed.
  30 The angles calculated depend on the order in which the atoms are
  31 given. Giving for instance 5 6 will rotate the vector 5-6 with
  32 180 degrees compared to giving 6 5.
  33
  34 If three atoms are given,
  35 the normal on the plane spanned by those three atoms will be
  36 calculated, using the formula  P1P2 x P1P3.
  37 The cos of the angle is calculated, using the inproduct of the two
  38 normalized vectors.
  39
  40
  41 Here is what some of the file options do:
  42
  43 -oa: Angle between the two groups specified in the index file. If a group contains three atoms the normal to the plane defined by those three atoms will be used. If a group contains two atoms, the vector defined by those two atoms will be used.
  44
  45 -od: Distance between two groups. Distance is taken from the center of one group to the center of the other group.
  46
  47 -od1: If one plane and one vector is given, the distances for each of the atoms from the center of the plane is given seperately.
  48
  49 -od2: For two planes this option has no meaning.
  50 .SH FILES
  51 .BI "-f" " traj.xtc"
  52 .B Input
  53  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  54
  55 .BI "-n" " index.ndx"
  56 .B Input
  57  Index file
  58
  59 .BI "-s" " topol.tpr"
  60 .B Input
  61  Run input file: tpr tpb tpa
  62
  63 .BI "-oa" " sg_angle.xvg"
  64 .B Output
  65  xvgr/xmgr file
  66
  67 .BI "-od" " sg_dist.xvg"
  68 .B Output, Opt.
  69  xvgr/xmgr file
  70
  71 .BI "-od1" " sg_dist1.xvg"
  72 .B Output, Opt.
  73  xvgr/xmgr file
  74
  75 .BI "-od2" " sg_dist2.xvg"
  76 .B Output, Opt.
  77  xvgr/xmgr file
  78
  79 .SH OTHER OPTIONS
  80 .BI "-[no]h"  "no    "
  81  Print help info and quit
  82
  83 .BI "-nice"  " int" " 19"
  84  Set the nicelevel
  85
  86 .BI "-b"  " time" " 0     "
  87  First frame (ps) to read from trajectory
  88
  89 .BI "-e"  " time" " 0     "
  90  Last frame (ps) to read from trajectory
  91
  92 .BI "-dt"  " time" " 0     "
  93  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  94
  95 .BI "-[no]w"  "no    "
  96  View output xvg, xpm, eps and pdb files
  97
  98 .BI "-[no]xvgr"  "yes   "
  99  Add specific codes (legends etc.) in the output xvg files for the xmgrace program
 100
 101 .BI "-[no]one"  "no    "
 102  Only one group compute angle between vector at time zero and time t
 103
 104 .BI "-[no]z"  "no    "
 105  Use the Z-axis as reference
 106