man/man1/g_rotacf.1

   1 .TH g_rotacf 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 g_rotacf - calculates the rotational correlation function for molecules
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_rotacf\fP
   8 .BI "-f" " traj.xtc "
   9 .BI "-s" " topol.tpr "
  10 .BI "-n" " index.ndx "
  11 .BI "-o" " rotacf.xvg "
  12 .BI "-[no]h" ""
  13 .BI "-nice" " int "
  14 .BI "-b" " time "
  15 .BI "-e" " time "
  16 .BI "-dt" " time "
  17 .BI "-[no]w" ""
  18 .BI "-[no]xvgr" ""
  19 .BI "-[no]d" ""
  20 .BI "-[no]aver" ""
  21 .BI "-acflen" " int "
  22 .BI "-[no]normalize" ""
  23 .BI "-P" " enum "
  24 .BI "-fitfn" " enum "
  25 .BI "-ncskip" " int "
  26 .BI "-beginfit" " real "
  27 .BI "-endfit" " real "
  28 .SH DESCRIPTION
  29 g_rotacf calculates the rotational correlation function
  30 for molecules. Three atoms (i,j,k) must be given in the index
  31 file, defining two vectors ij and jk. The rotational acf
  32 is calculated as the autocorrelation function of the vector
  33 n = ij x jk, i.e. the cross product of the two vectors.
  34 Since three atoms span a plane, the order of the three atoms
  35 does not matter. Optionally, controlled by the -d switch, you can
  36 calculate the rotational correlation function for linear molecules
  37 by specifying two atoms (i,j) in the index file.
  38
  39
  40
  41 EXAMPLES
  42
  43
  44 g_rotacf -P 1 -nparm 2 -fft -n index -o rotacf-x-P1
  45 -fa expfit-x-P1 -beginfit 2.5 -endfit 20.0
  46
  47
  48 This will calculate the rotational correlation function using a first
  49 order Legendre polynomial of the angle of a vector defined by the index
  50 file. The correlation function will be fitted from 2.5 ps till 20.0 ps
  51 to a two parameter exponential
  52
  53 .SH FILES
  54 .BI "-f" " traj.xtc"
  55 .B Input
  56  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  57
  58 .BI "-s" " topol.tpr"
  59 .B Input
  60  Run input file: tpr tpb tpa
  61
  62 .BI "-n" " index.ndx"
  63 .B Input
  64  Index file
  65
  66 .BI "-o" " rotacf.xvg"
  67 .B Output
  68  xvgr/xmgr file
  69
  70 .SH OTHER OPTIONS
  71 .BI "-[no]h"  "no    "
  72  Print help info and quit
  73
  74 .BI "-nice"  " int" " 19"
  75  Set the nicelevel
  76
  77 .BI "-b"  " time" " 0     "
  78  First frame (ps) to read from trajectory
  79
  80 .BI "-e"  " time" " 0     "
  81  Last frame (ps) to read from trajectory
  82
  83 .BI "-dt"  " time" " 0     "
  84  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  85
  86 .BI "-[no]w"  "no    "
  87  View output xvg, xpm, eps and pdb files
  88
  89 .BI "-[no]xvgr"  "yes   "
  90  Add specific codes (legends etc.) in the output xvg files for the xmgrace program
  91
  92 .BI "-[no]d"  "no    "
  93  Use index doublets (vectors) for correlation function instead of triplets (planes)
  94
  95 .BI "-[no]aver"  "yes   "
  96  Average over molecules
  97
  98 .BI "-acflen"  " int" " -1"
  99  Length of the ACF, default is half the number of frames
 100
 101 .BI "-[no]normalize"  "yes   "
 102  Normalize ACF
 103
 104 .BI "-P"  " enum" " 0"
 105  Order of Legendre polynomial for ACF (0 indicates none):
 106 .B 0
 107 ,
 108 .B 1
 109 ,
 110 .B 2
 111 or
 112 .B 3
 113
 114
 115 .BI "-fitfn"  " enum" " none"
 116  Fit function:
 117 .B none
 118 ,
 119 .B exp
 120 ,
 121 .B aexp
 122 ,
 123 .B exp_exp
 124 ,
 125 .B vac
 126 ,
 127 .B exp5
 128 ,
 129 .B exp7
 130 or
 131 .B exp9
 132
 133
 134 .BI "-ncskip"  " int" " 0"
 135  Skip N points in the output file of correlation functions
 136
 137 .BI "-beginfit"  " real" " 0     "
 138  Time where to begin the exponential fit of the correlation function
 139
 140 .BI "-endfit"  " real" " -1    "
 141  Time where to end the exponential fit of the correlation function, -1 is till the end
 142