man/man1/g_rmsf.1

   1 .TH g_rmsf 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 g_rmsf - calculates atomic fluctuations
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_rmsf\fP
   8 .BI "-f" " traj.xtc "
   9 .BI "-s" " topol.tpr "
  10 .BI "-n" " index.ndx "
  11 .BI "-q" " eiwit.pdb "
  12 .BI "-oq" " bfac.pdb "
  13 .BI "-ox" " xaver.pdb "
  14 .BI "-o" " rmsf.xvg "
  15 .BI "-od" " rmsdev.xvg "
  16 .BI "-oc" " correl.xvg "
  17 .BI "-dir" " rmsf.log "
  18 .BI "-[no]h" ""
  19 .BI "-nice" " int "
  20 .BI "-b" " time "
  21 .BI "-e" " time "
  22 .BI "-dt" " time "
  23 .BI "-[no]w" ""
  24 .BI "-[no]xvgr" ""
  25 .BI "-[no]res" ""
  26 .BI "-[no]aniso" ""
  27 .BI "-[no]fit" ""
  28 .SH DESCRIPTION
  29 g_rmsf computes the root mean square fluctuation (RMSF, i.e. standard
  30 deviation) of atomic positions
  31 after (optionally) fitting to a reference frame.
  32
  33
  34 With option
  35 .B -oq
  36 the RMSF values are converted to B-factor
  37 values, which are written to a pdb file with the coordinates, of the
  38 structure file, or of a pdb file when
  39 .B -q
  40 is specified.
  41 Option
  42 .B -ox
  43 writes the B-factors to a file with the average
  44 coordinates.
  45
  46
  47 With the option
  48 .B -od
  49 the root mean square deviation with
  50 respect to the reference structure is calculated.
  51
  52
  53 With the option
  54 .B aniso
  55 g_rmsf will compute anisotropic
  56 temperature factors and then it will also output average coordinates
  57 and a pdb file with ANISOU records (corresonding to the
  58 .B -oq
  59
  60 or
  61 .B -ox
  62 option). Please note that the U values
  63 are orientation dependent, so before comparison with experimental data
  64 you should verify that you fit to the experimental coordinates.
  65
  66
  67 When a pdb input file is passed to the program and the
  68 .B -aniso
  69
  70 flag is set
  71 a correlation plot of the Uij will be created, if any anisotropic
  72 temperature factors are present in the pdb file.
  73
  74
  75 With option
  76 .B -dir
  77 the average MSF (3x3) matrix is diagonalized.
  78 This shows the directions in which the atoms fluctuate the most and
  79 the least.
  80 .SH FILES
  81 .BI "-f" " traj.xtc"
  82 .B Input
  83  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  84
  85 .BI "-s" " topol.tpr"
  86 .B Input
  87  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  88
  89 .BI "-n" " index.ndx"
  90 .B Input, Opt.
  91  Index file
  92
  93 .BI "-q" " eiwit.pdb"
  94 .B Input, Opt.
  95  Protein data bank file
  96
  97 .BI "-oq" " bfac.pdb"
  98 .B Output, Opt.
  99  Protein data bank file
 100
 101 .BI "-ox" " xaver.pdb"
 102 .B Output, Opt.
 103  Protein data bank file
 104
 105 .BI "-o" " rmsf.xvg"
 106 .B Output
 107  xvgr/xmgr file
 108
 109 .BI "-od" " rmsdev.xvg"
 110 .B Output, Opt.
 111  xvgr/xmgr file
 112
 113 .BI "-oc" " correl.xvg"
 114 .B Output, Opt.
 115  xvgr/xmgr file
 116
 117 .BI "-dir" " rmsf.log"
 118 .B Output, Opt.
 119  Log file
 120
 121 .SH OTHER OPTIONS
 122 .BI "-[no]h"  "no    "
 123  Print help info and quit
 124
 125 .BI "-nice"  " int" " 19"
 126  Set the nicelevel
 127
 128 .BI "-b"  " time" " 0     "
 129  First frame (ps) to read from trajectory
 130
 131 .BI "-e"  " time" " 0     "
 132  Last frame (ps) to read from trajectory
 133
 134 .BI "-dt"  " time" " 0     "
 135  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 136
 137 .BI "-[no]w"  "no    "
 138  View output xvg, xpm, eps and pdb files
 139
 140 .BI "-[no]xvgr"  "yes   "
 141  Add specific codes (legends etc.) in the output xvg files for the xmgrace program
 142
 143 .BI "-[no]res"  "no    "
 144  Calculate averages for each residue
 145
 146 .BI "-[no]aniso"  "no    "
 147  Compute anisotropic termperature factors
 148
 149 .BI "-[no]fit"  "yes   "
 150  Do a least squares superposition before computing RMSF. Without this you must make sure that the reference structure and the trajectory match.
 151