man/man1/g_rms.1

   1 .TH g_rms 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 g_rms - calculates rmsd's with a reference structure and rmsd matrices
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_rms\fP
   8 .BI "-s" " topol.tpr "
   9 .BI "-f" " traj.xtc "
  10 .BI "-f2" " traj.xtc "
  11 .BI "-n" " index.ndx "
  12 .BI "-o" " rmsd.xvg "
  13 .BI "-mir" " rmsdmir.xvg "
  14 .BI "-a" " avgrp.xvg "
  15 .BI "-dist" " rmsd-dist.xvg "
  16 .BI "-m" " rmsd.xpm "
  17 .BI "-bin" " rmsd.dat "
  18 .BI "-bm" " bond.xpm "
  19 .BI "-[no]h" ""
  20 .BI "-nice" " int "
  21 .BI "-b" " time "
  22 .BI "-e" " time "
  23 .BI "-dt" " time "
  24 .BI "-tu" " enum "
  25 .BI "-[no]w" ""
  26 .BI "-[no]xvgr" ""
  27 .BI "-what" " enum "
  28 .BI "-[no]pbc" ""
  29 .BI "-fit" " enum "
  30 .BI "-prev" " int "
  31 .BI "-[no]split" ""
  32 .BI "-skip" " int "
  33 .BI "-skip2" " int "
  34 .BI "-max" " real "
  35 .BI "-min" " real "
  36 .BI "-bmax" " real "
  37 .BI "-bmin" " real "
  38 .BI "-[no]mw" ""
  39 .BI "-nlevels" " int "
  40 .BI "-ng" " int "
  41 .SH DESCRIPTION
  42 g_rms compares two structures by computing the root mean square
  43 deviation (RMSD), the size-independent 'rho' similarity parameter
  44 (rho) or the scaled rho (rhosc),
  45 see Maiorov & Crippen, PROTEINS
  46 .B 22
  47 , 273 (1995).
  48 This is selected by
  49 .B -what
  50 .
  51
  52 Each structure from a trajectory (
  53 .B -f
  54 ) is compared to a
  55 reference structure. The reference structure
  56 is taken from the structure file (
  57 .B -s
  58 ).
  59
  60
  61 With option
  62 .B -mir
  63 also a comparison with the mirror image of
  64 the reference structure is calculated.
  65 This is useful as a reference for 'significant' values, see
  66 Maiorov & Crippen, PROTEINS
  67 .B 22
  68 , 273 (1995).
  69
  70
  71 Option
  72 .B -prev
  73 produces the comparison with a previous frame
  74 the specified number of frames ago.
  75
  76
  77 Option
  78 .B -m
  79 produces a matrix in
  80 .B .xpm
  81 format of
  82 comparison values of each structure in the trajectory with respect to
  83 each other structure. This file can be visualized with for instance
  84
  85 .B xv
  86 and can be converted to postscript with
  87 .B xpm2ps
  88 .
  89
  90
  91 Option
  92 .B -fit
  93 controls the least-squares fitting of
  94 the structures on top of each other: complete fit (rotation and
  95 translation), translation only, or no fitting at all.
  96
  97
  98 Option
  99 .B -mw
 100 controls whether mass weighting is done or not.
 101 If you select the option (default) and
 102 supply a valid tpr file masses will be taken from there,
 103 otherwise the masses will be deduced from the atommass.dat file in
 104 the GROMACS library directory. This is fine for proteins but not
 105 necessarily for other molecules. A default mass of 12.011 amu (Carbon)
 106 is assigned to unknown atoms. You can check whether this happend by
 107 turning on the
 108 .B -debug
 109 flag and inspecting the log file.
 110
 111
 112 With
 113 .B -f2
 114 , the 'other structures' are taken from a second
 115 trajectory, this generates a comparison matrix of one trajectory
 116 versus the other.
 117
 118
 119 Option
 120 .B -bin
 121 does a binary dump of the comparison matrix.
 122
 123
 124 Option
 125 .B -bm
 126 produces a matrix of average bond angle deviations
 127 analogously to the
 128 .B -m
 129 option. Only bonds between atoms in the
 130 comparison group are considered.
 131 .SH FILES
 132 .BI "-s" " topol.tpr"
 133 .B Input
 134  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
 135
 136 .BI "-f" " traj.xtc"
 137 .B Input
 138  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
 139
 140 .BI "-f2" " traj.xtc"
 141 .B Input, Opt.
 142  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
 143
 144 .BI "-n" " index.ndx"
 145 .B Input, Opt.
 146  Index file
 147
 148 .BI "-o" " rmsd.xvg"
 149 .B Output
 150  xvgr/xmgr file
 151
 152 .BI "-mir" " rmsdmir.xvg"
 153 .B Output, Opt.
 154  xvgr/xmgr file
 155
 156 .BI "-a" " avgrp.xvg"
 157 .B Output, Opt.
 158  xvgr/xmgr file
 159
 160 .BI "-dist" " rmsd-dist.xvg"
 161 .B Output, Opt.
 162  xvgr/xmgr file
 163
 164 .BI "-m" " rmsd.xpm"
 165 .B Output, Opt.
 166  X PixMap compatible matrix file
 167
 168 .BI "-bin" " rmsd.dat"
 169 .B Output, Opt.
 170  Generic data file
 171
 172 .BI "-bm" " bond.xpm"
 173 .B Output, Opt.
 174  X PixMap compatible matrix file
 175
 176 .SH OTHER OPTIONS
 177 .BI "-[no]h"  "no    "
 178  Print help info and quit
 179
 180 .BI "-nice"  " int" " 19"
 181  Set the nicelevel
 182
 183 .BI "-b"  " time" " 0     "
 184  First frame (ps) to read from trajectory
 185
 186 .BI "-e"  " time" " 0     "
 187  Last frame (ps) to read from trajectory
 188
 189 .BI "-dt"  " time" " 0     "
 190  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 191
 192 .BI "-tu"  " enum" " ps"
 193  Time unit:
 194 .B ps
 195 ,
 196 .B fs
 197 ,
 198 .B ns
 199 ,
 200 .B us
 201 ,
 202 .B ms
 203 or
 204 .B s
 205
 206
 207 .BI "-[no]w"  "no    "
 208  View output xvg, xpm, eps and pdb files
 209
 210 .BI "-[no]xvgr"  "yes   "
 211  Add specific codes (legends etc.) in the output xvg files for the xmgrace program
 212
 213 .BI "-what"  " enum" " rmsd"
 214  Structural difference measure:
 215 .B rmsd
 216 ,
 217 .B rho
 218 or
 219 .B rhosc
 220
 221
 222 .BI "-[no]pbc"  "yes   "
 223  PBC check
 224
 225 .BI "-fit"  " enum" " rot+trans"
 226  Fit to reference structure:
 227 .B rot+trans
 228 ,
 229 .B translation
 230 or
 231 .B none
 232
 233
 234 .BI "-prev"  " int" " 0"
 235  Compare with previous frame
 236
 237 .BI "-[no]split"  "no    "
 238  Split graph where time is zero
 239
 240 .BI "-skip"  " int" " 1"
 241  Only write every nr-th frame to matrix
 242
 243 .BI "-skip2"  " int" " 1"
 244  Only write every nr-th frame to matrix
 245
 246 .BI "-max"  " real" " -1    "
 247  Maximum level in comparison matrix
 248
 249 .BI "-min"  " real" " -1    "
 250  Minimum level in comparison matrix
 251
 252 .BI "-bmax"  " real" " -1    "
 253  Maximum level in bond angle matrix
 254
 255 .BI "-bmin"  " real" " -1    "
 256  Minimum level in bond angle matrix
 257
 258 .BI "-[no]mw"  "yes   "
 259  Use mass weighting for superposition
 260
 261 .BI "-nlevels"  " int" " 80"
 262  Number of levels in the matrices
 263
 264 .BI "-ng"  " int" " 1"
 265  Number of groups to compute RMS between
 266