man/man1/g_principal.1

   1 .TH g_principal 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 g_principal - calculates axes of inertia for a group of atoms
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_principal\fP
   8 .BI "-f" " traj.xtc "
   9 .BI "-s" " topol.tpr "
  10 .BI "-n" " index.ndx "
  11 .BI "-a1" " axis1.dat "
  12 .BI "-a2" " axis2.dat "
  13 .BI "-a3" " axis3.dat "
  14 .BI "-om" " moi.dat "
  15 .BI "-[no]h" ""
  16 .BI "-nice" " int "
  17 .BI "-b" " time "
  18 .BI "-e" " time "
  19 .BI "-dt" " time "
  20 .BI "-tu" " enum "
  21 .BI "-[no]w" ""
  22 .BI "-[no]foo" ""
  23 .SH DESCRIPTION
  24 g_principal calculates the three principal axes of inertia for a group
  25 of atoms.
  26 .SH FILES
  27 .BI "-f" " traj.xtc"
  28 .B Input
  29  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  30
  31 .BI "-s" " topol.tpr"
  32 .B Input
  33  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  34
  35 .BI "-n" " index.ndx"
  36 .B Input, Opt.
  37  Index file
  38
  39 .BI "-a1" " axis1.dat"
  40 .B Output
  41  Generic data file
  42
  43 .BI "-a2" " axis2.dat"
  44 .B Output
  45  Generic data file
  46
  47 .BI "-a3" " axis3.dat"
  48 .B Output
  49  Generic data file
  50
  51 .BI "-om" " moi.dat"
  52 .B Output
  53  Generic data file
  54
  55 .SH OTHER OPTIONS
  56 .BI "-[no]h"  "no    "
  57  Print help info and quit
  58
  59 .BI "-nice"  " int" " 19"
  60  Set the nicelevel
  61
  62 .BI "-b"  " time" " 0     "
  63  First frame (ps) to read from trajectory
  64
  65 .BI "-e"  " time" " 0     "
  66  Last frame (ps) to read from trajectory
  67
  68 .BI "-dt"  " time" " 0     "
  69  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  70
  71 .BI "-tu"  " enum" " ps"
  72  Time unit:
  73 .B ps
  74 ,
  75 .B fs
  76 ,
  77 .B ns
  78 ,
  79 .B us
  80 ,
  81 .B ms
  82 or
  83 .B s
  84
  85
  86 .BI "-[no]w"  "no    "
  87  View output xvg, xpm, eps and pdb files
  88
  89 .BI "-[no]foo"  "no    "
  90  Dummy option to avoid empty array
  91