man/man1/g_nmens.1

   1 .TH g_nmens 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 g_nmens - generates an ensemble of structures from the normal modes
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_nmens\fP
   8 .BI "-v" " eigenvec.trr "
   9 .BI "-e" " eigenval.xvg "
  10 .BI "-s" " topol.tpr "
  11 .BI "-n" " index.ndx "
  12 .BI "-o" " ensemble.xtc "
  13 .BI "-[no]h" ""
  14 .BI "-nice" " int "
  15 .BI "-[no]xvgr" ""
  16 .BI "-temp" " real "
  17 .BI "-seed" " int "
  18 .BI "-num" " int "
  19 .BI "-first" " int "
  20 .BI "-last" " int "
  21 .SH DESCRIPTION
  22
  23 .B g_nmens
  24 generates an ensemble around an average structure
  25 in a subspace which is defined by a set of normal modes (eigenvectors).
  26 The eigenvectors are assumed to be mass-weighted.
  27 The position along each eigenvector is randomly taken from a Gaussian
  28 distribution with variance kT/eigenvalue.
  29
  30
  31 By default the starting eigenvector is set to 7, since the first six
  32 normal modes are the translational and rotational degrees of freedom.
  33 .SH FILES
  34 .BI "-v" " eigenvec.trr"
  35 .B Input
  36  Full precision trajectory: trr trj cpt
  37
  38 .BI "-e" " eigenval.xvg"
  39 .B Input
  40  xvgr/xmgr file
  41
  42 .BI "-s" " topol.tpr"
  43 .B Input
  44  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  45
  46 .BI "-n" " index.ndx"
  47 .B Input, Opt.
  48  Index file
  49
  50 .BI "-o" " ensemble.xtc"
  51 .B Output
  52  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb
  53
  54 .SH OTHER OPTIONS
  55 .BI "-[no]h"  "no    "
  56  Print help info and quit
  57
  58 .BI "-nice"  " int" " 19"
  59  Set the nicelevel
  60
  61 .BI "-[no]xvgr"  "yes   "
  62  Add specific codes (legends etc.) in the output xvg files for the xmgrace program
  63
  64 .BI "-temp"  " real" " 300   "
  65  Temperature in Kelvin
  66
  67 .BI "-seed"  " int" " -1"
  68  Random seed, -1 generates a seed from time and pid
  69
  70 .BI "-num"  " int" " 100"
  71  Number of structures to generate
  72
  73 .BI "-first"  " int" " 7"
  74  First eigenvector to use (-1 is select)
  75
  76 .BI "-last"  " int" " -1"
  77  Last eigenvector to use (-1 is till the last)
  78