man/man1/g_filter.1

   1 .TH g_filter 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 g_filter - frequency filters trajectories, useful for making smooth movies
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_filter\fP
   8 .BI "-f" " traj.xtc "
   9 .BI "-s" " topol.tpr "
  10 .BI "-n" " index.ndx "
  11 .BI "-ol" " lowpass.xtc "
  12 .BI "-oh" " highpass.xtc "
  13 .BI "-[no]h" ""
  14 .BI "-nice" " int "
  15 .BI "-b" " time "
  16 .BI "-e" " time "
  17 .BI "-dt" " time "
  18 .BI "-[no]w" ""
  19 .BI "-nf" " int "
  20 .BI "-[no]all" ""
  21 .BI "-[no]nojump" ""
  22 .BI "-[no]fit" ""
  23 .SH DESCRIPTION
  24 g_filter performs frequency filtering on a trajectory.
  25 The filter shape is cos(pi t/A) + 1 from -A to +A, where A is given
  26 by the option
  27 .B -nf
  28 times the time step in the input trajectory.
  29 This filter reduces fluctuations with period A by 85%, with period
  30 2*A by 50% and with period 3*A by 17% for low-pass filtering.
  31 Both a low-pass and high-pass filtered trajectory can be written.
  32
  33
  34 Option
  35 .B -ol
  36 writes a low-pass filtered trajectory.
  37 A frame is written every
  38 .B nf
  39 input frames.
  40 This ratio of filter length and output interval ensures a good
  41 suppression of aliasing of high-frequency motion, which is useful for
  42 making smooth movies. Also averages of properties which are linear
  43 in the coordinates are preserved, since all input frames are weighted
  44 equally in the output.
  45 When all frames are needed, use the
  46 .B -all
  47 option.
  48
  49
  50 Option
  51 .B -oh
  52 writes a high-pass filtered trajectory.
  53 The high-pass filtered coordinates are added to the coordinates
  54 from the structure file. When using high-pass filtering use
  55 .B -fit
  56
  57 or make sure you use a trajectory which has been fitted on
  58 the coordinates in the structure file.
  59 .SH FILES
  60 .BI "-f" " traj.xtc"
  61 .B Input
  62  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  63
  64 .BI "-s" " topol.tpr"
  65 .B Input, Opt.
  66  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  67
  68 .BI "-n" " index.ndx"
  69 .B Input, Opt.
  70  Index file
  71
  72 .BI "-ol" " lowpass.xtc"
  73 .B Output, Opt.
  74  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb
  75
  76 .BI "-oh" " highpass.xtc"
  77 .B Output, Opt.
  78  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb
  79
  80 .SH OTHER OPTIONS
  81 .BI "-[no]h"  "no    "
  82  Print help info and quit
  83
  84 .BI "-nice"  " int" " 19"
  85  Set the nicelevel
  86
  87 .BI "-b"  " time" " 0     "
  88  First frame (ps) to read from trajectory
  89
  90 .BI "-e"  " time" " 0     "
  91  Last frame (ps) to read from trajectory
  92
  93 .BI "-dt"  " time" " 0     "
  94  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  95
  96 .BI "-[no]w"  "no    "
  97  View output xvg, xpm, eps and pdb files
  98
  99 .BI "-nf"  " int" " 10"
 100  Sets the filter length as well as the output interval for low-pass filtering
 101
 102 .BI "-[no]all"  "no    "
 103  Write all low-pass filtered frames
 104
 105 .BI "-[no]nojump"  "yes   "
 106  Remove jumps of atoms across the box
 107
 108 .BI "-[no]fit"  "no    "
 109  Fit all frames to a reference structure
 110