man/man1/g_dih.1

   1 .TH g_dih 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 g_dih - analyzes dihedral transitions
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_dih\fP
   8 .BI "-f" " traj.xtc "
   9 .BI "-s" " topol.tpr "
  10 .BI "-o" " hello.out "
  11 .BI "-[no]h" ""
  12 .BI "-nice" " int "
  13 .BI "-b" " time "
  14 .BI "-e" " time "
  15 .BI "-dt" " time "
  16 .BI "-[no]w" ""
  17 .BI "-[no]sa" ""
  18 .BI "-mult" " int "
  19 .SH DESCRIPTION
  20 g_dih can do two things. The default is to analyze dihedral transitions
  21 by merely computing all the dihedral angles defined in your topology
  22 for the whole trajectory. When a dihedral flips over to another minimum
  23 an angle/time plot is made.
  24
  25
  26 The opther option is to discretize the dihedral space into a number of
  27 bins, and group each conformation in dihedral space in the
  28 appropriate bin. The output is then given as a number of dihedral
  29 conformations sorted according to occupancy.
  30 .SH FILES
  31 .BI "-f" " traj.xtc"
  32 .B Input
  33  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  34
  35 .BI "-s" " topol.tpr"
  36 .B Input
  37  Run input file: tpr tpb tpa
  38
  39 .BI "-o" " hello.out"
  40 .B Output
  41  Generic output file
  42
  43 .SH OTHER OPTIONS
  44 .BI "-[no]h"  "no    "
  45  Print help info and quit
  46
  47 .BI "-nice"  " int" " 19"
  48  Set the nicelevel
  49
  50 .BI "-b"  " time" " 0     "
  51  First frame (ps) to read from trajectory
  52
  53 .BI "-e"  " time" " 0     "
  54  Last frame (ps) to read from trajectory
  55
  56 .BI "-dt"  " time" " 0     "
  57  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  58
  59 .BI "-[no]w"  "no    "
  60  View output xvg, xpm, eps and pdb files
  61
  62 .BI "-[no]sa"  "no    "
  63  Perform cluster analysis in dihedral space instead of analysing dihedral transitions.
  64
  65 .BI "-mult"  " int" " -1"
  66  mulitiplicity for dihedral angles (by default read from topology)
  67