man/man1/g_densmap.1

   1 .TH g_densmap 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 g_densmap - calculates 2D planar or axial-radial density maps
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_densmap\fP
   8 .BI "-f" " traj.xtc "
   9 .BI "-s" " topol.tpr "
  10 .BI "-n" " index.ndx "
  11 .BI "-o" " densmap.xpm "
  12 .BI "-[no]h" ""
  13 .BI "-nice" " int "
  14 .BI "-b" " time "
  15 .BI "-e" " time "
  16 .BI "-dt" " time "
  17 .BI "-[no]w" ""
  18 .BI "-bin" " real "
  19 .BI "-aver" " enum "
  20 .BI "-xmin" " real "
  21 .BI "-xmax" " real "
  22 .BI "-n1" " int "
  23 .BI "-n2" " int "
  24 .BI "-amax" " real "
  25 .BI "-rmax" " real "
  26 .BI "-[no]mirror" ""
  27 .BI "-unit" " enum "
  28 .BI "-dmin" " real "
  29 .BI "-dmax" " real "
  30 .SH DESCRIPTION
  31 g_densmap computes 2D number-density maps.
  32 It can make planar and axial-radial density maps.
  33 The output
  34 .B .xpm
  35 file can be visualized with for instance xv
  36 and can be converted to postscript with xpm2ps.
  37
  38
  39
  40 The default analysis is a 2-D number-density map for a selected
  41 group of atoms in the x-y plane.
  42 The averaging direction can be changed with the option
  43 .B -aver
  44 .
  45 When
  46 .B -xmin
  47 and/or
  48 .B -xmax
  49 are set only atoms that are
  50 within the limit(s) in the averaging direction are taken into account.
  51 The grid spacing is set with the option
  52 .B -bin
  53 .
  54 When
  55 .B -n1
  56 or
  57 .B -n2
  58 is non-zero, the grid
  59 size is set by this option.
  60 Box size fluctuations are properly taken into account.
  61
  62
  63
  64 When options
  65 .B -amax
  66 and
  67 .B -rmax
  68 are set, an axial-radial
  69 number-density map is made. Three groups should be supplied, the centers
  70 of mass of the first two groups define the axis, the third defines the
  71 analysis group. The axial direction goes from -amax to +amax, where
  72 the center is defined as the midpoint between the centers of mass and
  73 the positive direction goes from the first to the second center of mass.
  74 The radial direction goes from 0 to rmax or from -rmax to +rmax
  75 when the
  76 .B -mirror
  77 option has been set.
  78
  79
  80
  81 The normalization of the output is set with the
  82 .B -unit
  83 option.
  84 The default produces a true number density. Unit
  85 .B nm-2
  86 leaves out
  87 the normalization for the averaging or the angular direction.
  88 Option
  89 .B count
  90 produces the count for each grid cell.
  91 When you do not want the scale in the output to go
  92 from zero to the maximum density, you can set the maximum
  93 with the option
  94 .B -dmax
  95 .
  96 .SH FILES
  97 .BI "-f" " traj.xtc"
  98 .B Input
  99  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
 100
 101 .BI "-s" " topol.tpr"
 102 .B Input, Opt.
 103  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
 104
 105 .BI "-n" " index.ndx"
 106 .B Input, Opt.
 107  Index file
 108
 109 .BI "-o" " densmap.xpm"
 110 .B Output
 111  X PixMap compatible matrix file
 112
 113 .SH OTHER OPTIONS
 114 .BI "-[no]h"  "no    "
 115  Print help info and quit
 116
 117 .BI "-nice"  " int" " 19"
 118  Set the nicelevel
 119
 120 .BI "-b"  " time" " 0     "
 121  First frame (ps) to read from trajectory
 122
 123 .BI "-e"  " time" " 0     "
 124  Last frame (ps) to read from trajectory
 125
 126 .BI "-dt"  " time" " 0     "
 127  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 128
 129 .BI "-[no]w"  "no    "
 130  View output xvg, xpm, eps and pdb files
 131
 132 .BI "-bin"  " real" " 0.02  "
 133  Grid size (nm)
 134
 135 .BI "-aver"  " enum" " z"
 136  The direction to average over:
 137 .B z
 138 ,
 139 .B y
 140 or
 141 .B x
 142
 143
 144 .BI "-xmin"  " real" " -1    "
 145  Minimum coordinate for averaging
 146
 147 .BI "-xmax"  " real" " -1    "
 148  Maximum coordinate for averaging
 149
 150 .BI "-n1"  " int" " 0"
 151  Number of grid cells in the first direction
 152
 153 .BI "-n2"  " int" " 0"
 154  Number of grid cells in the second direction
 155
 156 .BI "-amax"  " real" " 0     "
 157  Maximum axial distance from the center
 158
 159 .BI "-rmax"  " real" " 0     "
 160  Maximum radial distance
 161
 162 .BI "-[no]mirror"  "no    "
 163  Add the mirror image below the axial axis
 164
 165 .BI "-unit"  " enum" " nm-3"
 166  Unit for the output:
 167 .B nm-3
 168 ,
 169 .B nm-2
 170 or
 171 .B count
 172
 173
 174 .BI "-dmin"  " real" " 0     "
 175  Minimum density in output
 176
 177 .BI "-dmax"  " real" " 0     "
 178  Maximum density in output (0 means calculate it)
 179