man/man1/g_current.1

   1 .TH g_current 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 g_current - calculates dielectric constants for charged systems
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_current\fP
   8 .BI "-s" " topol.tpr "
   9 .BI "-n" " index.ndx "
  10 .BI "-f" " traj.xtc "
  11 .BI "-o" " current.xvg "
  12 .BI "-caf" " caf.xvg "
  13 .BI "-dsp" " dsp.xvg "
  14 .BI "-md" " md.xvg "
  15 .BI "-mj" " mj.xvg "
  16 .BI "-mc" " mc.xvg "
  17 .BI "-[no]h" ""
  18 .BI "-nice" " int "
  19 .BI "-b" " time "
  20 .BI "-e" " time "
  21 .BI "-dt" " time "
  22 .BI "-[no]w" ""
  23 .BI "-[no]xvgr" ""
  24 .BI "-sh" " int "
  25 .BI "-[no]nojump" ""
  26 .BI "-eps" " real "
  27 .BI "-bfit" " real "
  28 .BI "-efit" " real "
  29 .BI "-bvit" " real "
  30 .BI "-evit" " real "
  31 .BI "-tr" " real "
  32 .BI "-temp" " real "
  33 .SH DESCRIPTION
  34 This is a tool for calculating the current autocorrelation function, the correlation
  35 of the rotational and translational dipole moment of the system, and the resulting static
  36 dielectric constant. To obtain a reasonable result the index group has to be neutral.
  37 Furthermore the routine is capable of extracting the static conductivity from the current
  38 autocorrelation function, if velocities are given. Additionally an Einstein-Helfand fit also
  39 allows to get the static conductivity.
  40
  41
  42 The flag
  43 .B -caf
  44 is for the output of the current autocorrelation function and
  45 .B -mc
  46 writes the
  47 correlation of the rotational and translational part of the dipole moment in the corresponding
  48 file. However this option is only available for trajectories containing velocities.Options
  49 .B -sh
  50 and
  51 .B -tr
  52 are responsible for the averaging and integration of the
  53 autocorrelation functions. Since averaging proceeds by shifting the starting point
  54 through the trajectory, the shift can be modified with
  55 .B -sh
  56 to enable the choice of uncorrelated
  57 starting points. Towards the end, statistical inaccuracy grows and integrating the
  58 correlation function only yields reliable values until a certain point, depending on
  59 the number of frames. The option
  60 .B -tr
  61 controls the region of the integral taken into account
  62 for calculating the static dielectric constant.
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  64
  65
  66 Option
  67 .B -temp
  68 sets the temperature required for the computation of the static dielectric constant.
  69
  70
  71 Option
  72 .B -eps
  73 controls the dielectric constant of the surrounding medium for simulations using
  74 a Reaction Field or dipole corrections of the Ewald summation (eps=0 corresponds to
  75 tin-foil boundary conditions).
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  78
  79
  80 .B -[no]nojump
  81 unfolds the coordinates to allow free diffusion. This is required to get a continuous
  82 translational dipole moment, required for the Einstein-Helfand fit. The resuls from the fit allow to
  83 determine the dielectric constant for system of charged molecules. However it is also possible to extract
  84 the dielectric constant from the fluctuations of the total dipole moment in folded coordinates. But this
  85 options has to be used with care, since only very short time spans fulfill the approximation, that the density
  86 of the molecules is approximately constant and the averages are already converged. To be on the safe side,
  87 the dielectric constant should be calculated with the help of the Einstein-Helfand method for
  88 the translational part of the dielectric constant.
  89 .SH FILES
  90 .BI "-s" " topol.tpr"
  91 .B Input
  92  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  93
  94 .BI "-n" " index.ndx"
  95 .B Input, Opt.
  96  Index file
  97
  98 .BI "-f" " traj.xtc"
  99 .B Input
 100  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
 101
 102 .BI "-o" " current.xvg"
 103 .B Output
 104  xvgr/xmgr file
 105
 106 .BI "-caf" " caf.xvg"
 107 .B Output, Opt.
 108  xvgr/xmgr file
 109
 110 .BI "-dsp" " dsp.xvg"
 111 .B Output
 112  xvgr/xmgr file
 113
 114 .BI "-md" " md.xvg"
 115 .B Output
 116  xvgr/xmgr file
 117
 118 .BI "-mj" " mj.xvg"
 119 .B Output
 120  xvgr/xmgr file
 121
 122 .BI "-mc" " mc.xvg"
 123 .B Output, Opt.
 124  xvgr/xmgr file
 125
 126 .SH OTHER OPTIONS
 127 .BI "-[no]h"  "no    "
 128  Print help info and quit
 129
 130 .BI "-nice"  " int" " 0"
 131  Set the nicelevel
 132
 133 .BI "-b"  " time" " 0     "
 134  First frame (ps) to read from trajectory
 135
 136 .BI "-e"  " time" " 0     "
 137  Last frame (ps) to read from trajectory
 138
 139 .BI "-dt"  " time" " 0     "
 140  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 141
 142 .BI "-[no]w"  "no    "
 143  View output xvg, xpm, eps and pdb files
 144
 145 .BI "-[no]xvgr"  "yes   "
 146  Add specific codes (legends etc.) in the output xvg files for the xmgrace program
 147
 148 .BI "-sh"  " int" " 1000"
 149  Shift of the frames for averaging the correlation functions and the mean-square displacement.
 150
 151 .BI "-[no]nojump"  "yes   "
 152  Removes jumps of atoms across the box.
 153
 154 .BI "-eps"  " real" " 0     "
 155  Dielectric constant of the surrounding medium. eps=0.0 corresponds to eps=infinity (thinfoil boundary conditions).
 156
 157 .BI "-bfit"  " real" " 100   "
 158  Begin of the fit of the straight line to the MSD of the translational fraction of the dipole moment.
 159
 160 .BI "-efit"  " real" " 400   "
 161  End of the fit of the straight line to the MSD of the translational fraction of the dipole moment.
 162
 163 .BI "-bvit"  " real" " 0.5   "
 164  Begin of the fit of the current autocorrelation function to a*tb.
 165
 166 .BI "-evit"  " real" " 5     "
 167  End of the fit of the current autocorrelation function to a*tb.
 168
 169 .BI "-tr"  " real" " 0.25  "
 170  Fraction of the trajectory taken into account for the integral.
 171
 172 .BI "-temp"  " real" " 300   "
 173  Temperature for calculating epsilon.
 174