man/man1/g_confrms.1

   1 .TH g_confrms 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 g_confrms - fits two structures and calculates the rmsd
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_confrms\fP
   8 .BI "-f1" " conf1.gro "
   9 .BI "-f2" " conf2.gro "
  10 .BI "-o" " fit.pdb "
  11 .BI "-n1" " fit1.ndx "
  12 .BI "-n2" " fit2.ndx "
  13 .BI "-no" " match.ndx "
  14 .BI "-[no]h" ""
  15 .BI "-nice" " int "
  16 .BI "-[no]w" ""
  17 .BI "-[no]one" ""
  18 .BI "-[no]mw" ""
  19 .BI "-[no]pbc" ""
  20 .BI "-[no]fit" ""
  21 .BI "-[no]name" ""
  22 .BI "-[no]label" ""
  23 .BI "-[no]bfac" ""
  24 .SH DESCRIPTION
  25 g_confrms computes the root mean square deviation (RMSD) of two
  26 structures after LSQ fitting the second structure on the first one.
  27 The two structures do NOT need to have the same number of atoms,
  28 only the two index groups used for the fit need to be identical.
  29 With
  30 .B -name
  31 only matching atom names from the selected groups
  32 will be used for the fit and RMSD calculation. This can be useful
  33 when comparing mutants of a protein.
  34
  35
  36 The superimposed structures are written to file. In a
  37 .B .pdb
  38 file
  39 the two structures will be written as separate models
  40 (use
  41 .B rasmol -nmrpdb
  42 ). Also in a
  43 .B .pdb
  44 file, B-factors
  45 calculated from the atomic MSD values can be written with
  46 .B -bfac
  47 .
  48 .SH FILES
  49 .BI "-f1" " conf1.gro"
  50 .B Input
  51  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  52
  53 .BI "-f2" " conf2.gro"
  54 .B Input
  55  Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa
  56
  57 .BI "-o" " fit.pdb"
  58 .B Output
  59  Structure file: gro g96 pdb
  60
  61 .BI "-n1" " fit1.ndx"
  62 .B Input, Opt.
  63  Index file
  64
  65 .BI "-n2" " fit2.ndx"
  66 .B Input, Opt.
  67  Index file
  68
  69 .BI "-no" " match.ndx"
  70 .B Output, Opt.
  71  Index file
  72
  73 .SH OTHER OPTIONS
  74 .BI "-[no]h"  "no    "
  75  Print help info and quit
  76
  77 .BI "-nice"  " int" " 19"
  78  Set the nicelevel
  79
  80 .BI "-[no]w"  "no    "
  81  View output xvg, xpm, eps and pdb files
  82
  83 .BI "-[no]one"  "no    "
  84  Only write the fitted structure to file
  85
  86 .BI "-[no]mw"  "yes   "
  87  Mass-weighted fitting and RMSD
  88
  89 .BI "-[no]pbc"  "no    "
  90  Try to make molecules whole again
  91
  92 .BI "-[no]fit"  "yes   "
  93  Do least squares superposition of the target structure to the reference
  94
  95 .BI "-[no]name"  "no    "
  96  Only compare matching atom names
  97
  98 .BI "-[no]label"  "no    "
  99  Added chain labels A for first and B for second structure
 100
 101 .BI "-[no]bfac"  "no    "
 102  Output B-factors from atomic MSD values
 103