man/man1/g_angle.1

   1 .TH g_angle 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 g_angle - calculates distributions and correlations for angles and dihedrals
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_angle\fP
   8 .BI "-f" " traj.xtc "
   9 .BI "-n" " angle.ndx "
  10 .BI "-od" " angdist.xvg "
  11 .BI "-ov" " angaver.xvg "
  12 .BI "-of" " dihfrac.xvg "
  13 .BI "-ot" " dihtrans.xvg "
  14 .BI "-oh" " trhisto.xvg "
  15 .BI "-oc" " dihcorr.xvg "
  16 .BI "-or" " traj.trr "
  17 .BI "-[no]h" ""
  18 .BI "-nice" " int "
  19 .BI "-b" " time "
  20 .BI "-e" " time "
  21 .BI "-dt" " time "
  22 .BI "-[no]w" ""
  23 .BI "-[no]xvgr" ""
  24 .BI "-type" " enum "
  25 .BI "-[no]all" ""
  26 .BI "-binwidth" " real "
  27 .BI "-[no]periodic" ""
  28 .BI "-[no]chandler" ""
  29 .BI "-[no]avercorr" ""
  30 .BI "-acflen" " int "
  31 .BI "-[no]normalize" ""
  32 .BI "-P" " enum "
  33 .BI "-fitfn" " enum "
  34 .BI "-ncskip" " int "
  35 .BI "-beginfit" " real "
  36 .BI "-endfit" " real "
  37 .SH DESCRIPTION
  38 g_angle computes the angle distribution for a number of angles
  39 or dihedrals. This way you can check whether your simulation
  40 is correct. With option -ov you can plot the average angle of
  41 a group of angles as a function of time. With the -all option
  42 the first graph is the average, the rest are the individual angles.
  43
  44
  45 With the -of option g_angle also calculates the fraction of trans
  46 dihedrals (only for dihedrals) as function of time, but this is
  47 probably only fun for a selected few.
  48
  49
  50 With option -oc a dihedral correlation function is calculated.
  51
  52
  53 It should be noted that the indexfile should contain
  54 atom-triples for angles or atom-quadruplets for dihedrals.
  55 If this is not the case, the program will crash.
  56
  57
  58 With option
  59 .B -or
  60 a trajectory file is dumped containing cos andsin of selected dihedral angles which subsequently can be used as
  61 input for a PCA analysis using
  62 .B g_covar
  63 .
  64 .SH FILES
  65 .BI "-f" " traj.xtc"
  66 .B Input
  67  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  68
  69 .BI "-n" " angle.ndx"
  70 .B Input
  71  Index file
  72
  73 .BI "-od" " angdist.xvg"
  74 .B Output
  75  xvgr/xmgr file
  76
  77 .BI "-ov" " angaver.xvg"
  78 .B Output, Opt.
  79  xvgr/xmgr file
  80
  81 .BI "-of" " dihfrac.xvg"
  82 .B Output, Opt.
  83  xvgr/xmgr file
  84
  85 .BI "-ot" " dihtrans.xvg"
  86 .B Output, Opt.
  87  xvgr/xmgr file
  88
  89 .BI "-oh" " trhisto.xvg"
  90 .B Output, Opt.
  91  xvgr/xmgr file
  92
  93 .BI "-oc" " dihcorr.xvg"
  94 .B Output, Opt.
  95  xvgr/xmgr file
  96
  97 .BI "-or" " traj.trr"
  98 .B Output, Opt.
  99  Trajectory in portable xdr format
 100
 101 .SH OTHER OPTIONS
 102 .BI "-[no]h"  "no    "
 103  Print help info and quit
 104
 105 .BI "-nice"  " int" " 19"
 106  Set the nicelevel
 107
 108 .BI "-b"  " time" " 0     "
 109  First frame (ps) to read from trajectory
 110
 111 .BI "-e"  " time" " 0     "
 112  Last frame (ps) to read from trajectory
 113
 114 .BI "-dt"  " time" " 0     "
 115  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 116
 117 .BI "-[no]w"  "no    "
 118  View output xvg, xpm, eps and pdb files
 119
 120 .BI "-[no]xvgr"  "yes   "
 121  Add specific codes (legends etc.) in the output xvg files for the xmgrace program
 122
 123 .BI "-type"  " enum" " angle"
 124  Type of angle to analyse:
 125 .B angle
 126 ,
 127 .B dihedral
 128 ,
 129 .B improper
 130 or
 131 .B ryckaert-bellemans
 132
 133
 134 .BI "-[no]all"  "no    "
 135  Plot all angles separately in the averages file, in the order of appearance in the index file.
 136
 137 .BI "-binwidth"  " real" " 1     "
 138  binwidth (degrees) for calculating the distribution
 139
 140 .BI "-[no]periodic"  "yes   "
 141  Print dihedral angles modulo 360 degrees
 142
 143 .BI "-[no]chandler"  "no    "
 144  Use Chandler correlation function (N[trans] = 1, N[gauche] = 0) rather than cosine correlation function. Trans is defined as phi  -60 || phi  60.
 145
 146 .BI "-[no]avercorr"  "no    "
 147  Average the correlation functions for the individual angles/dihedrals
 148
 149 .BI "-acflen"  " int" " -1"
 150  Length of the ACF, default is half the number of frames
 151
 152 .BI "-[no]normalize"  "yes   "
 153  Normalize ACF
 154
 155 .BI "-P"  " enum" " 0"
 156  Order of Legendre polynomial for ACF (0 indicates none):
 157 .B 0
 158 ,
 159 .B 1
 160 ,
 161 .B 2
 162 or
 163 .B 3
 164
 165
 166 .BI "-fitfn"  " enum" " none"
 167  Fit function:
 168 .B none
 169 ,
 170 .B exp
 171 ,
 172 .B aexp
 173 ,
 174 .B exp_exp
 175 ,
 176 .B vac
 177 ,
 178 .B exp5
 179 ,
 180 .B exp7
 181 or
 182 .B exp9
 183
 184
 185 .BI "-ncskip"  " int" " 0"
 186  Skip N points in the output file of correlation functions
 187
 188 .BI "-beginfit"  " real" " 0     "
 189  Time where to begin the exponential fit of the correlation function
 190
 191 .BI "-endfit"  " real" " -1    "
 192  Time where to end the exponential fit of the correlation function, -1 is till the end
 193
 194 .SH KNOWN PROBLEMS
 195 \- Counting transitions only works for dihedrals with multiplicity 3
 196