man/man1/do_dssp.1

   1 .TH do_dssp 1 "Thu 16 Oct 2008"
   2 .SH NAME
   3 do_dssp - assigns secondary structure and calculates solvent accessible surface area
   4
   5 .B VERSION 4.0
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3do_dssp\fP
   8 .BI "-f" " traj.xtc "
   9 .BI "-s" " topol.tpr "
  10 .BI "-n" " index.ndx "
  11 .BI "-ssdump" " ssdump.dat "
  12 .BI "-map" " ss.map "
  13 .BI "-o" " ss.xpm "
  14 .BI "-sc" " scount.xvg "
  15 .BI "-a" " area.xpm "
  16 .BI "-ta" " totarea.xvg "
  17 .BI "-aa" " averarea.xvg "
  18 .BI "-[no]h" ""
  19 .BI "-nice" " int "
  20 .BI "-b" " time "
  21 .BI "-e" " time "
  22 .BI "-dt" " time "
  23 .BI "-tu" " enum "
  24 .BI "-[no]w" ""
  25 .BI "-[no]xvgr" ""
  26 .BI "-sss" " string "
  27 .SH DESCRIPTION
  28 do_dssp
  29 reads a trajectory file and computes the secondary structure for
  30 each time frame
  31 calling the dssp program. If you do not have the dssp program,
  32 get it. do_dssp assumes that the dssp executable is
  33 /usr/local/bin/dssp. If this is not the case, then you should
  34 set an environment variable
  35 .B DSSP
  36 pointing to the dssp
  37 executable, e.g.:
  38
  39
  40
  41 .B setenv DSSP /opt/dssp/bin/dssp
  42
  43
  44
  45 The structure assignment for each residue and time is written to an
  46
  47 .B .xpm
  48 matrix file. This file can be visualized with for instance
  49
  50 .B xv
  51 and can be converted to postscript with
  52 .B xpm2ps
  53 .
  54 The number of residues with each secondary structure type and the
  55 total secondary structure (
  56 .B -sss
  57 ) count as a function of
  58 time are also written to file (
  59 .B -sc
  60 ).
  61
  62
  63 Solvent accessible surface (SAS) per residue can be calculated, both in
  64 absolute values (A2) and in fractions of the maximal accessible
  65 surface of a residue. The maximal accessible surface is defined as
  66 the accessible surface of a residue in a chain of glycines.
  67
  68 .B Note
  69 that the program
  70 .B g_sas
  71 can also compute SAS
  72 and that is more efficient.
  73
  74
  75 Finally, this program can dump the secondary structure in a special file
  76
  77 .B ssdump.dat
  78 for usage in the program
  79 .B g_chi
  80 . Together
  81 these two programs can be used to analyze dihedral properties as a
  82 function of secondary structure type.
  83 .SH FILES
  84 .BI "-f" " traj.xtc"
  85 .B Input
  86  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  87
  88 .BI "-s" " topol.tpr"
  89 .B Input
  90  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  91
  92 .BI "-n" " index.ndx"
  93 .B Input, Opt.
  94  Index file
  95
  96 .BI "-ssdump" " ssdump.dat"
  97 .B Output, Opt.
  98  Generic data file
  99
 100 .BI "-map" " ss.map"
 101 .B Input, Lib.
 102  File that maps matrix data to colors
 103
 104 .BI "-o" " ss.xpm"
 105 .B Output
 106  X PixMap compatible matrix file
 107
 108 .BI "-sc" " scount.xvg"
 109 .B Output
 110  xvgr/xmgr file
 111
 112 .BI "-a" " area.xpm"
 113 .B Output, Opt.
 114  X PixMap compatible matrix file
 115
 116 .BI "-ta" " totarea.xvg"
 117 .B Output, Opt.
 118  xvgr/xmgr file
 119
 120 .BI "-aa" " averarea.xvg"
 121 .B Output, Opt.
 122  xvgr/xmgr file
 123
 124 .SH OTHER OPTIONS
 125 .BI "-[no]h"  "no    "
 126  Print help info and quit
 127
 128 .BI "-nice"  " int" " 19"
 129  Set the nicelevel
 130
 131 .BI "-b"  " time" " 0     "
 132  First frame (ps) to read from trajectory
 133
 134 .BI "-e"  " time" " 0     "
 135  Last frame (ps) to read from trajectory
 136
 137 .BI "-dt"  " time" " 0     "
 138  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 139
 140 .BI "-tu"  " enum" " ps"
 141  Time unit:
 142 .B ps
 143 ,
 144 .B fs
 145 ,
 146 .B ns
 147 ,
 148 .B us
 149 ,
 150 .B ms
 151 or
 152 .B s
 153
 154
 155 .BI "-[no]w"  "no    "
 156  View output xvg, xpm, eps and pdb files
 157
 158 .BI "-[no]xvgr"  "yes   "
 159  Add specific codes (legends etc.) in the output xvg files for the xmgrace program
 160
 161 .BI "-sss"  " string" " HEBT"
 162  Secondary structures for structure count
 163