man/man1/trjorder.1

   1 .TH trjorder 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c"
   2 .SH NAME
   3 trjorder - orders molecules according to their distance to a group
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3trjorder\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-s" " topol.tpr "
  10 .BI "\-n" " index.ndx "
  11 .BI "\-o" " ordered.xtc "
  12 .BI "\-nshell" " nshell.xvg "
  13 .BI "\-[no]h" ""
  14 .BI "\-[no]version" ""
  15 .BI "\-nice" " int "
  16 .BI "\-b" " time "
  17 .BI "\-e" " time "
  18 .BI "\-dt" " time "
  19 .BI "\-xvg" " enum "
  20 .BI "\-na" " int "
  21 .BI "\-da" " int "
  22 .BI "\-[no]com" ""
  23 .BI "\-r" " real "
  24 .BI "\-[no]z" ""
  25 .SH DESCRIPTION
  26 \&\fB trjorder\fR orders molecules according to the smallest distance
  27 \&to atoms in a reference group
  28 \&or on z\-coordinate (with option \fB \-z\fR).
  29 \&With distance ordering, it will ask for a group of reference
  30 \&atoms and a group of molecules. For each frame of the trajectory
  31 \&the selected molecules will be reordered according to the shortest
  32 \&distance between atom number \fB \-da\fR in the molecule and all the
  33 \&atoms in the reference group. The center of mass of the molecules can
  34 \&be used instead of a reference atom by setting \fB \-da\fR to 0.
  35 \&All atoms in the trajectory are written
  36 \&to the output trajectory.
  37
  38
  39 \&\fB trjorder\fR can be useful for e.g. analyzing the n waters closest to a
  40 \&protein.
  41 \&In that case the reference group would be the protein and the group
  42 \&of molecules would consist of all the water atoms. When an index group
  43 \&of the first n waters is made, the ordered trajectory can be used
  44 \&with any Gromacs program to analyze the n closest waters.
  45 \&
  46
  47
  48 \&If the output file is a \fB .pdb\fR file, the distance to the reference target
  49 \&will be stored in the B\-factor field in order to color with e.g. Rasmol.
  50 \&
  51
  52
  53 \&With option \fB \-nshell\fR the number of molecules within a shell
  54 \&of radius \fB \-r\fR around the reference group are printed.
  55 .SH FILES
  56 .BI "\-f" " traj.xtc"
  57 .B Input
  58  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  59
  60 .BI "\-s" " topol.tpr"
  61 .B Input
  62  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  63
  64 .BI "\-n" " index.ndx"
  65 .B Input, Opt.
  66  Index file
  67
  68 .BI "\-o" " ordered.xtc"
  69 .B Output, Opt.
  70  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb
  71
  72 .BI "\-nshell" " nshell.xvg"
  73 .B Output, Opt.
  74  xvgr/xmgr file
  75
  76 .SH OTHER OPTIONS
  77 .BI "\-[no]h"  "no    "
  78  Print help info and quit
  79
  80 .BI "\-[no]version"  "no    "
  81  Print version info and quit
  82
  83 .BI "\-nice"  " int" " 19"
  84  Set the nicelevel
  85
  86 .BI "\-b"  " time" " 0     "
  87  First frame (ps) to read from trajectory
  88
  89 .BI "\-e"  " time" " 0     "
  90  Last frame (ps) to read from trajectory
  91
  92 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
  93  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  94
  95 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
  96  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
  97
  98 .BI "\-na"  " int" " 3"
  99  Number of atoms in a molecule
 100
 101 .BI "\-da"  " int" " 1"
 102  Atom used for the distance calculation, 0 is COM
 103
 104 .BI "\-[no]com"  "no    "
 105  Use the distance to the center of mass of the reference group
 106
 107 .BI "\-r"  " real" " 0     "
 108  Cutoff used for the distance calculation when computing the number of molecules in a shell around e.g. a protein
 109
 110 .BI "\-[no]z"  "no    "
 111  Order molecules on z\-coordinate
 112
 113 .SH SEE ALSO
 114 .BR gromacs(7)
 115
 116 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.