man/man1/ngmx.1

   1 .TH ngmx 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c"
   2 .SH NAME
   3 ngmx - displays a trajectory
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3ngmx\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-s" " topol.tpr "
  10 .BI "\-n" " index.ndx "
  11 .BI "\-[no]h" ""
  12 .BI "\-[no]version" ""
  13 .BI "\-nice" " int "
  14 .BI "\-b" " time "
  15 .BI "\-e" " time "
  16 .BI "\-dt" " time "
  17 .SH DESCRIPTION
  18 \&\fB ngmx\fR is the GROMACS trajectory viewer. This program reads a
  19 \&trajectory file, a run input file and an index file and plots a
  20 \&3D structure of your molecule on your standard X Window
  21 \&screen. No need for a high end graphics workstation, it even
  22 \&works on Monochrome screens.
  23
  24
  25 \&The following features have been implemented:
  26 \&3D view, rotation, translation and scaling of your molecule(s),
  27 \&labels on atoms, animation of trajectories,
  28 \&hardcopy in PostScript format, user defined atom\-filters
  29 \&runs on MIT\-X (real X), open windows and motif,
  30 \&user friendly menus, option to remove periodicity, option to
  31 \&show computational box.
  32
  33
  34 \&Some of the more common X command line options can be used:
  35 \&\fB \-bg\fR, \fB \-fg\fR change colors, \fB \-font fontname\fR changes the font.
  36 .SH FILES
  37 .BI "\-f" " traj.xtc"
  38 .B Input
  39  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  40
  41 .BI "\-s" " topol.tpr"
  42 .B Input
  43  Run input file: tpr tpb tpa
  44
  45 .BI "\-n" " index.ndx"
  46 .B Input, Opt.
  47  Index file
  48
  49 .SH OTHER OPTIONS
  50 .BI "\-[no]h"  "no    "
  51  Print help info and quit
  52
  53 .BI "\-[no]version"  "no    "
  54  Print version info and quit
  55
  56 .BI "\-nice"  " int" " 0"
  57  Set the nicelevel
  58
  59 .BI "\-b"  " time" " 0     "
  60  First frame (ps) to read from trajectory
  61
  62 .BI "\-e"  " time" " 0     "
  63  Last frame (ps) to read from trajectory
  64
  65 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
  66  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  67
  68 .SH KNOWN PROBLEMS
  69 \- Balls option does not work
  70
  71 \- Some times dumps core without a good reason
  72
  73 .SH SEE ALSO
  74 .BR gromacs(7)
  75
  76 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.