man/man1/gmxdump.1

   1 .TH gmxdump 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c"
   2 .SH NAME
   3 gmxdump - makes binary files human readable
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3gmxdump\fP
   8 .BI "\-s" " topol.tpr "
   9 .BI "\-f" " traj.xtc "
  10 .BI "\-e" " ener.edr "
  11 .BI "\-cp" " state.cpt "
  12 .BI "\-p" " topol.top "
  13 .BI "\-mtx" " hessian.mtx "
  14 .BI "\-om" " grompp.mdp "
  15 .BI "\-[no]h" ""
  16 .BI "\-[no]version" ""
  17 .BI "\-nice" " int "
  18 .BI "\-[no]nr" ""
  19 .BI "\-[no]sys" ""
  20 .SH DESCRIPTION
  21 \&\fB gmxdump\fR reads a run input file (\fB .tpa\fR/\fB .tpr\fR/\fB .tpb\fR),
  22 \&a trajectory (\fB .trj\fR/\fB .trr\fR/\fB .xtc\fR), an energy
  23 \&file (\fB .ene\fR/\fB .edr\fR), or a checkpoint file (\fB .cpt\fR)
  24 \&and prints that to standard output in a readable format.
  25 \&This program is essential for checking your run input file in case of
  26 \&problems.
  27
  28
  29 \&The program can also preprocess a topology to help finding problems.
  30 \&Note that currently setting \fB GMXLIB\fR is the only way to customize
  31 \&directories used for searching include files.
  32 .SH FILES
  33 .BI "\-s" " topol.tpr"
  34 .B Input, Opt.
  35  Run input file: tpr tpb tpa
  36
  37 .BI "\-f" " traj.xtc"
  38 .B Input, Opt.
  39  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  40
  41 .BI "\-e" " ener.edr"
  42 .B Input, Opt.
  43  Energy file
  44
  45 .BI "\-cp" " state.cpt"
  46 .B Input, Opt.
  47  Checkpoint file
  48
  49 .BI "\-p" " topol.top"
  50 .B Input, Opt.
  51  Topology file
  52
  53 .BI "\-mtx" " hessian.mtx"
  54 .B Input, Opt.
  55  Hessian matrix
  56
  57 .BI "\-om" " grompp.mdp"
  58 .B Output, Opt.
  59  grompp input file with MD parameters
  60
  61 .SH OTHER OPTIONS
  62 .BI "\-[no]h"  "no    "
  63  Print help info and quit
  64
  65 .BI "\-[no]version"  "no    "
  66  Print version info and quit
  67
  68 .BI "\-nice"  " int" " 0"
  69  Set the nicelevel
  70
  71 .BI "\-[no]nr"  "yes   "
  72  Show index numbers in output (leaving them out makes comparison easier, but creates a useless topology)
  73
  74 .BI "\-[no]sys"  "no    "
  75  List the atoms and bonded interactions for the whole system instead of for each molecule type
  76
  77 .SH SEE ALSO
  78 .BR gromacs(7)
  79
  80 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.