man/man1/genbox.1

   1 .TH genbox 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c"
   2 .SH NAME
   3 genbox - solvates a system
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3genbox\fP
   8 .BI "\-cp" " protein.gro "
   9 .BI "\-cs" " spc216.gro "
  10 .BI "\-ci" " insert.gro "
  11 .BI "\-o" " out.gro "
  12 .BI "\-p" " topol.top "
  13 .BI "\-[no]h" ""
  14 .BI "\-[no]version" ""
  15 .BI "\-nice" " int "
  16 .BI "\-box" " vector "
  17 .BI "\-nmol" " int "
  18 .BI "\-try" " int "
  19 .BI "\-seed" " int "
  20 .BI "\-vdwd" " real "
  21 .BI "\-shell" " real "
  22 .BI "\-maxsol" " int "
  23 .BI "\-[no]vel" ""
  24 .SH DESCRIPTION
  25 \&\fB genbox\fR can do one of 3 things:
  26
  27
  28 \&1) Generate a box of solvent. Specify \fB \-cs\fR and \fB \-box\fR. Or specify \fB \-cs\fR and
  29 \&\fB \-cp\fR with a structure file with a box, but without atoms.
  30
  31
  32 \&2) Solvate a solute configuration, e.g. a protein, in a bath of solvent
  33 \&molecules. Specify \fB \-cp\fR (solute) and \fB \-cs\fR (solvent).
  34 \&The box specified in the solute coordinate file (\fB \-cp\fR) is used,
  35 \&unless \fB \-box\fR is set.
  36 \&If you want the solute to be centered in the box,
  37 \&the program \fB editconf\fR has sophisticated options
  38 \&to change the box dimensions and center the solute.
  39 \&Solvent molecules are removed from the box where the
  40 \&distance between any atom of the solute molecule(s) and any atom of
  41 \&the solvent molecule is less than the sum of the van der Waals radii of
  42 \&both atoms. A database (\fB vdwradii.dat\fR) of van der Waals radii is
  43 \&read by the program, and atoms not in the database are
  44 \&assigned a default distance \fB \-vdwd\fR.
  45 \&Note that this option will also influence the distances between
  46 \&solvent molecules if they contain atoms that are not in the database.
  47 \&
  48
  49
  50 \&3) Insert a number (\fB \-nmol\fR) of extra molecules (\fB \-ci\fR)
  51 \&at random positions.
  52 \&The program iterates until \fB nmol\fR molecules
  53 \&have been inserted in the box. To test whether an insertion is
  54 \&successful the same van der Waals criterium is used as for removal of
  55 \&solvent molecules. When no appropriately\-sized
  56 \&holes (holes that can hold an extra molecule) are available, the
  57 \&program tries for \fB \-nmol\fR * \fB \-try\fR times before giving up.
  58 \&Increase \fB \-try\fR if you have several small holes to fill.
  59
  60
  61 \&If you need to do more than one of the above operations, it can be
  62 \&best to call \fB genbox\fR separately for each operation, so that
  63 \&you are sure of the order in which the operations occur.
  64
  65
  66 \&The default solvent is Simple Point Charge water (SPC), with coordinates
  67 \&from \fB $GMXLIB/spc216.gro\fR. These coordinates can also be used
  68 \&for other 3\-site water models, since a short equibilibration will remove
  69 \&the small differences between the models.
  70 \&Other solvents are also supported, as well as mixed solvents. The
  71 \&only restriction to solvent types is that a solvent molecule consists
  72 \&of exactly one residue. The residue information in the coordinate
  73 \&files is used, and should therefore be more or less consistent.
  74 \&In practice this means that two subsequent solvent molecules in the
  75 \&solvent coordinate file should have different residue number.
  76 \&The box of solute is built by stacking the coordinates read from
  77 \&the coordinate file. This means that these coordinates should be
  78 \&equlibrated in periodic boundary conditions to ensure a good
  79 \&alignment of molecules on the stacking interfaces.
  80 \&The \fB \-maxsol\fR option simply adds only the first \fB \-maxsol\fR
  81 \&solvent molecules and leaves out the rest would have fit into the box.
  82 \&
  83
  84
  85 \&The program can optionally rotate the solute molecule to align the
  86 \&longest molecule axis along a box edge. This way the amount of solvent
  87 \&molecules necessary is reduced.
  88 \&It should be kept in mind that this only works for
  89 \&short simulations, as e.g. an alpha\-helical peptide in solution can
  90 \&rotate over 90 degrees, within 500 ps. In general it is therefore
  91 \&better to make a more or less cubic box.
  92
  93
  94 \&Setting \fB \-shell\fR larger than zero will place a layer of water of
  95 \&the specified thickness (nm) around the solute. Hint: it is a good
  96 \&idea to put the protein in the center of a box first (using \fB editconf\fR).
  97 \&
  98
  99
 100 \&Finally, \fB genbox\fR will optionally remove lines from your topology file in
 101 \&which a number of solvent molecules is already added, and adds a
 102 \&line with the total number of solvent molecules in your coordinate file.
 103 .SH FILES
 104 .BI "\-cp" " protein.gro"
 105 .B Input, Opt.
 106  Structure file: gro g96 pdb tpr etc.
 107
 108 .BI "\-cs" " spc216.gro"
 109 .B Input, Opt., Lib.
 110  Structure file: gro g96 pdb tpr etc.
 111
 112 .BI "\-ci" " insert.gro"
 113 .B Input, Opt.
 114  Structure file: gro g96 pdb tpr etc.
 115
 116 .BI "\-o" " out.gro"
 117 .B Output
 118  Structure file: gro g96 pdb etc.
 119
 120 .BI "\-p" " topol.top"
 121 .B In/Out, Opt.
 122  Topology file
 123
 124 .SH OTHER OPTIONS
 125 .BI "\-[no]h"  "no    "
 126  Print help info and quit
 127
 128 .BI "\-[no]version"  "no    "
 129  Print version info and quit
 130
 131 .BI "\-nice"  " int" " 19"
 132  Set the nicelevel
 133
 134 .BI "\-box"  " vector" " 0 0 0"
 135  box size
 136
 137 .BI "\-nmol"  " int" " 0"
 138  no of extra molecules to insert
 139
 140 .BI "\-try"  " int" " 10"
 141  try inserting \fB \-nmol\fR times \fB \-try\fR times
 142
 143 .BI "\-seed"  " int" " 1997"
 144  random generator seed
 145
 146 .BI "\-vdwd"  " real" " 0.105 "
 147  default vdwaals distance
 148
 149 .BI "\-shell"  " real" " 0     "
 150  thickness of optional water layer around solute
 151
 152 .BI "\-maxsol"  " int" " 0"
 153  maximum number of solvent molecules to add if they fit in the box. If zero (default) this is ignored
 154
 155 .BI "\-[no]vel"  "no    "
 156  keep velocities from input solute and solvent
 157
 158 .SH KNOWN PROBLEMS
 159 \- Molecules must be whole in the initial configurations.
 160
 161 .SH SEE ALSO
 162 .BR gromacs(7)
 163
 164 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.