man/man1/g_x2top.1

   1 .TH g_x2top 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c"
   2 .SH NAME
   3 g_x2top - generates a primitive topology from coordinates
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_x2top\fP
   8 .BI "\-f" " conf.gro "
   9 .BI "\-o" " out.top "
  10 .BI "\-r" " out.rtp "
  11 .BI "\-[no]h" ""
  12 .BI "\-[no]version" ""
  13 .BI "\-nice" " int "
  14 .BI "\-ff" " string "
  15 .BI "\-[no]v" ""
  16 .BI "\-nexcl" " int "
  17 .BI "\-[no]H14" ""
  18 .BI "\-[no]alldih" ""
  19 .BI "\-[no]remdih" ""
  20 .BI "\-[no]pairs" ""
  21 .BI "\-name" " string "
  22 .BI "\-[no]pbc" ""
  23 .BI "\-[no]pdbq" ""
  24 .BI "\-[no]param" ""
  25 .BI "\-[no]round" ""
  26 .BI "\-kb" " real "
  27 .BI "\-kt" " real "
  28 .BI "\-kp" " real "
  29 .SH DESCRIPTION
  30 \&\fB g_x2top\fR generates a primitive topology from a coordinate file.
  31 \&The program assumes all hydrogens are present when defining
  32 \&the hybridization from the atom name and the number of bonds.
  33 \&The program can also make an \fB .rtp\fR entry, which you can then add
  34 \&to the \fB .rtp\fR database.
  35
  36
  37 \&When \fB \-param\fR is set, equilibrium distances and angles
  38 \&and force constants will be printed in the topology for all
  39 \&interactions. The equilibrium distances and angles are taken
  40 \&from the input coordinates, the force constant are set with
  41 \&command line options.
  42 \&The force fields somewhat supported currently are:
  43
  44
  45 \&G53a5  GROMOS96 53a5 Forcefield (official distribution)
  46
  47
  48 \&oplsaa OPLS\-AA/L all\-atom force field (2001 aminoacid dihedrals)
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  50
  51 \&The corresponding data files can be found in the library directory
  52 \&with name \fB atomname2type.n2t\fR. Check Chapter 5 of the manual for more
  53 \&information about file formats. By default, the force field selection
  54 \&is interactive, but you can use the \fB \-ff\fR option to specify
  55 \&one of the short names above on the command line instead. In that
  56 \&case \fB g_x2top\fR just looks for the corresponding file.
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  58
  59 .SH FILES
  60 .BI "\-f" " conf.gro"
  61 .B Input
  62  Structure file: gro g96 pdb tpr etc.
  63
  64 .BI "\-o" " out.top"
  65 .B Output, Opt.
  66  Topology file
  67
  68 .BI "\-r" " out.rtp"
  69 .B Output, Opt.
  70  Residue Type file used by pdb2gmx
  71
  72 .SH OTHER OPTIONS
  73 .BI "\-[no]h"  "no    "
  74  Print help info and quit
  75
  76 .BI "\-[no]version"  "no    "
  77  Print version info and quit
  78
  79 .BI "\-nice"  " int" " 0"
  80  Set the nicelevel
  81
  82 .BI "\-ff"  " string" " oplsaa"
  83  Force field for your simulation. Type "select" for interactive selection.
  84
  85 .BI "\-[no]v"  "no    "
  86  Generate verbose output in the top file.
  87
  88 .BI "\-nexcl"  " int" " 3"
  89  Number of exclusions
  90
  91 .BI "\-[no]H14"  "yes   "
  92  Use 3rd neighbour interactions for hydrogen atoms
  93
  94 .BI "\-[no]alldih"  "no    "
  95  Generate all proper dihedrals
  96
  97 .BI "\-[no]remdih"  "no    "
  98  Remove dihedrals on the same bond as an improper
  99
 100 .BI "\-[no]pairs"  "yes   "
 101  Output 1\-4 interactions (pairs) in topology file
 102
 103 .BI "\-name"  " string" " ICE"
 104  Name of your molecule
 105
 106 .BI "\-[no]pbc"  "yes   "
 107  Use periodic boundary conditions.
 108
 109 .BI "\-[no]pdbq"  "no    "
 110  Use the B\-factor supplied in a \fB .pdb\fR file for the atomic charges
 111
 112 .BI "\-[no]param"  "yes   "
 113  Print parameters in the output
 114
 115 .BI "\-[no]round"  "yes   "
 116  Round off measured values
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 118 .BI "\-kb"  " real" " 400000"
 119  Bonded force constant (kJ/mol/nm2)
 120
 121 .BI "\-kt"  " real" " 400   "
 122  Angle force constant (kJ/mol/rad2)
 123
 124 .BI "\-kp"  " real" " 5     "
 125  Dihedral angle force constant (kJ/mol/rad2)
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 127 .SH KNOWN PROBLEMS
 128 \- The atom type selection is primitive. Virtually no chemical knowledge is used
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 130 \- Periodic boundary conditions screw up the bonding
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 132 \- No improper dihedrals are generated
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 134 \- The atoms to atomtype translation table is incomplete (\fB atomname2type.n2t\fR file in the data directory). Please extend it and send the results back to the GROMACS crew.
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 136 .SH SEE ALSO
 137 .BR gromacs(7)
 138
 139 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.