man/man1/g_vanhove.1

   1 .TH g_vanhove 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c"
   2 .SH NAME
   3 g_vanhove - calculates Van Hove displacement functions
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_vanhove\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-s" " topol.tpr "
  10 .BI "\-n" " index.ndx "
  11 .BI "\-om" " vanhove.xpm "
  12 .BI "\-or" " vanhove_r.xvg "
  13 .BI "\-ot" " vanhove_t.xvg "
  14 .BI "\-[no]h" ""
  15 .BI "\-[no]version" ""
  16 .BI "\-nice" " int "
  17 .BI "\-b" " time "
  18 .BI "\-e" " time "
  19 .BI "\-dt" " time "
  20 .BI "\-[no]w" ""
  21 .BI "\-xvg" " enum "
  22 .BI "\-sqrt" " real "
  23 .BI "\-fm" " int "
  24 .BI "\-rmax" " real "
  25 .BI "\-rbin" " real "
  26 .BI "\-mmax" " real "
  27 .BI "\-nlevels" " int "
  28 .BI "\-nr" " int "
  29 .BI "\-fr" " int "
  30 .BI "\-rt" " real "
  31 .BI "\-ft" " int "
  32 .SH DESCRIPTION
  33 \&\fB g_vanhove\fR computes the Van Hove correlation function.
  34 \&The Van Hove G(r,t) is the probability that a particle that is at r0
  35 \&at time zero can be found at position r0+r at time t.
  36 \&\fB g_vanhove\fR determines G not for a vector r, but for the length of r.
  37 \&Thus it gives the probability that a particle moves a distance of r
  38 \&in time t.
  39 \&Jumps across the periodic boundaries are removed.
  40 \&Corrections are made for scaling due to isotropic
  41 \&or anisotropic pressure coupling.
  42 \&
  43
  44
  45 \&With option \fB \-om\fR the whole matrix can be written as a function
  46 \&of t and r or as a function of sqrt(t) and r (option \fB \-sqrt\fR).
  47 \&
  48
  49
  50 \&With option \fB \-or\fR the Van Hove function is plotted for one
  51 \&or more values of t. Option \fB \-nr\fR sets the number of times,
  52 \&option \fB \-fr\fR the number spacing between the times.
  53 \&The binwidth is set with option \fB \-rbin\fR. The number of bins
  54 \&is determined automatically.
  55 \&
  56
  57
  58 \&With option \fB \-ot\fR the integral up to a certain distance
  59 \&(option \fB \-rt\fR) is plotted as a function of time.
  60 \&
  61
  62
  63 \&For all frames that are read the coordinates of the selected particles
  64 \&are stored in memory. Therefore the program may use a lot of memory.
  65 \&For options \fB \-om\fR and \fB \-ot\fR the program may be slow.
  66 \&This is because the calculation scales as the number of frames times
  67 \&\fB \-fm\fR or \fB \-ft\fR.
  68 \&Note that with the \fB \-dt\fR option the memory usage and calculation
  69 \&time can be reduced.
  70 .SH FILES
  71 .BI "\-f" " traj.xtc"
  72 .B Input
  73  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  74
  75 .BI "\-s" " topol.tpr"
  76 .B Input
  77  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  78
  79 .BI "\-n" " index.ndx"
  80 .B Input, Opt.
  81  Index file
  82
  83 .BI "\-om" " vanhove.xpm"
  84 .B Output, Opt.
  85  X PixMap compatible matrix file
  86
  87 .BI "\-or" " vanhove_r.xvg"
  88 .B Output, Opt.
  89  xvgr/xmgr file
  90
  91 .BI "\-ot" " vanhove_t.xvg"
  92 .B Output, Opt.
  93  xvgr/xmgr file
  94
  95 .SH OTHER OPTIONS
  96 .BI "\-[no]h"  "no    "
  97  Print help info and quit
  98
  99 .BI "\-[no]version"  "no    "
 100  Print version info and quit
 101
 102 .BI "\-nice"  " int" " 19"
 103  Set the nicelevel
 104
 105 .BI "\-b"  " time" " 0     "
 106  First frame (ps) to read from trajectory
 107
 108 .BI "\-e"  " time" " 0     "
 109  Last frame (ps) to read from trajectory
 110
 111 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
 112  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 113
 114 .BI "\-[no]w"  "no    "
 115  View output \fB .xvg\fR, \fB .xpm\fR, \fB .eps\fR and \fB .pdb\fR files
 116
 117 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
 118  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
 119
 120 .BI "\-sqrt"  " real" " 0     "
 121  Use sqrt(t) on the matrix axis which binspacing  in sqrt(ps)
 122
 123 .BI "\-fm"  " int" " 0"
 124  Number of frames in the matrix, 0 is plot all
 125
 126 .BI "\-rmax"  " real" " 2     "
 127  Maximum r in the matrix (nm)
 128
 129 .BI "\-rbin"  " real" " 0.01  "
 130  Binwidth in the matrix and for \fB \-or\fR (nm)
 131
 132 .BI "\-mmax"  " real" " 0     "
 133  Maximum density in the matrix, 0 is calculate (1/nm)
 134
 135 .BI "\-nlevels"  " int" " 81"
 136  Number of levels in the matrix
 137
 138 .BI "\-nr"  " int" " 1"
 139  Number of curves for the \fB \-or\fR output
 140
 141 .BI "\-fr"  " int" " 0"
 142  Frame spacing for the \fB \-or\fR output
 143
 144 .BI "\-rt"  " real" " 0     "
 145  Integration limit for the \fB \-ot\fR output (nm)
 146
 147 .BI "\-ft"  " int" " 0"
 148  Number of frames in the \fB \-ot\fR output, 0 is plot all
 149
 150 .SH SEE ALSO
 151 .BR gromacs(7)
 152
 153 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.