man/man1/g_tcaf.1

   1 .TH g_tcaf 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c"
   2 .SH NAME
   3 g_tcaf - calculates viscosities of liquids
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_tcaf\fP
   8 .BI "\-f" " traj.trr "
   9 .BI "\-s" " topol.tpr "
  10 .BI "\-n" " index.ndx "
  11 .BI "\-ot" " transcur.xvg "
  12 .BI "\-oa" " tcaf_all.xvg "
  13 .BI "\-o" " tcaf.xvg "
  14 .BI "\-of" " tcaf_fit.xvg "
  15 .BI "\-oc" " tcaf_cub.xvg "
  16 .BI "\-ov" " visc_k.xvg "
  17 .BI "\-[no]h" ""
  18 .BI "\-[no]version" ""
  19 .BI "\-nice" " int "
  20 .BI "\-b" " time "
  21 .BI "\-e" " time "
  22 .BI "\-dt" " time "
  23 .BI "\-[no]w" ""
  24 .BI "\-xvg" " enum "
  25 .BI "\-[no]mol" ""
  26 .BI "\-[no]k34" ""
  27 .BI "\-wt" " real "
  28 .BI "\-acflen" " int "
  29 .BI "\-[no]normalize" ""
  30 .BI "\-P" " enum "
  31 .BI "\-fitfn" " enum "
  32 .BI "\-ncskip" " int "
  33 .BI "\-beginfit" " real "
  34 .BI "\-endfit" " real "
  35 .SH DESCRIPTION
  36 \&\fB g_tcaf\fR computes tranverse current autocorrelations.
  37 \&These are used to estimate the shear viscosity, eta.
  38 \&For details see: Palmer, Phys. Rev. E 49 (1994) pp 359\-366.
  39
  40
  41 \&Transverse currents are calculated using the
  42 \&k\-vectors (1,0,0) and (2,0,0) each also in the \fI y\fR\- and \fI z\fR\-direction,
  43 \&(1,1,0) and (1,\-1,0) each also in the 2 other planes (these vectors
  44 \&are not independent) and (1,1,1) and the 3 other box diagonals (also
  45 \&not independent). For each k\-vector the sine and cosine are used, in
  46 \&combination with the velocity in 2 perpendicular directions. This gives
  47 \&a total of 16*2*2=64 transverse currents. One autocorrelation is
  48 \&calculated fitted for each k\-vector, which gives 16 TCAF's. Each of
  49 \&these TCAF's is fitted to f(t) = exp(\-v)(cosh(Wv) + 1/W sinh(Wv)),
  50 \&v = \-t/(2 tau), W = sqrt(1 \- 4 tau eta/rho k2), which gives 16 values of tau
  51 \&and eta. The fit weights decay with time as exp(\-t/wt), and the TCAF and
  52 \&fit are calculated up to time 5*wt.
  53 \&The eta values should be fitted to 1 \- a eta(k) k2, from which
  54 \&one can estimate the shear viscosity at k=0.
  55
  56
  57 \&When the box is cubic, one can use the option \fB \-oc\fR, which
  58 \&averages the TCAF's over all k\-vectors with the same length.
  59 \&This results in more accurate tcaf's.
  60 \&Both the cubic TCAF's and fits are written to \fB \-oc\fR
  61 \&The cubic eta estimates are also written to \fB \-ov\fR.
  62
  63
  64 \&With option \fB \-mol\fR, the transverse current is determined of
  65 \&molecules instead of atoms. In this case, the index group should
  66 \&consist of molecule numbers instead of atom numbers.
  67
  68
  69 \&The k\-dependent viscosities in the \fB \-ov\fR file should be
  70 \&fitted to eta(k) = eta0 (1 \- a k2) to obtain the viscosity at
  71 \&infinite wavelength.
  72
  73
  74 \&\fB Note:\fR make sure you write coordinates and velocities often enough.
  75 \&The initial, non\-exponential, part of the autocorrelation function
  76 \&is very important for obtaining a good fit.
  77 .SH FILES
  78 .BI "\-f" " traj.trr"
  79 .B Input
  80  Full precision trajectory: trr trj cpt
  81
  82 .BI "\-s" " topol.tpr"
  83 .B Input, Opt.
  84  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  85
  86 .BI "\-n" " index.ndx"
  87 .B Input, Opt.
  88  Index file
  89
  90 .BI "\-ot" " transcur.xvg"
  91 .B Output, Opt.
  92  xvgr/xmgr file
  93
  94 .BI "\-oa" " tcaf_all.xvg"
  95 .B Output
  96  xvgr/xmgr file
  97
  98 .BI "\-o" " tcaf.xvg"
  99 .B Output
 100  xvgr/xmgr file
 101
 102 .BI "\-of" " tcaf_fit.xvg"
 103 .B Output
 104  xvgr/xmgr file
 105
 106 .BI "\-oc" " tcaf_cub.xvg"
 107 .B Output, Opt.
 108  xvgr/xmgr file
 109
 110 .BI "\-ov" " visc_k.xvg"
 111 .B Output
 112  xvgr/xmgr file
 113
 114 .SH OTHER OPTIONS
 115 .BI "\-[no]h"  "no    "
 116  Print help info and quit
 117
 118 .BI "\-[no]version"  "no    "
 119  Print version info and quit
 120
 121 .BI "\-nice"  " int" " 19"
 122  Set the nicelevel
 123
 124 .BI "\-b"  " time" " 0     "
 125  First frame (ps) to read from trajectory
 126
 127 .BI "\-e"  " time" " 0     "
 128  Last frame (ps) to read from trajectory
 129
 130 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
 131  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 132
 133 .BI "\-[no]w"  "no    "
 134  View output \fB .xvg\fR, \fB .xpm\fR, \fB .eps\fR and \fB .pdb\fR files
 135
 136 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
 137  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
 138
 139 .BI "\-[no]mol"  "no    "
 140  Calculate tcaf of molecules
 141
 142 .BI "\-[no]k34"  "no    "
 143  Also use k=(3,0,0) and k=(4,0,0)
 144
 145 .BI "\-wt"  " real" " 5     "
 146  Exponential decay time for the TCAF fit weights
 147
 148 .BI "\-acflen"  " int" " \-1"
 149  Length of the ACF, default is half the number of frames
 150
 151 .BI "\-[no]normalize"  "yes   "
 152  Normalize ACF
 153
 154 .BI "\-P"  " enum" " 0"
 155  Order of Legendre polynomial for ACF (0 indicates none): \fB 0\fR, \fB 1\fR, \fB 2\fR or \fB 3\fR
 156
 157 .BI "\-fitfn"  " enum" " none"
 158  Fit function: \fB none\fR, \fB exp\fR, \fB aexp\fR, \fB exp_exp\fR, \fB vac\fR, \fB exp5\fR, \fB exp7\fR, \fB exp9\fR or \fB erffit\fR
 159
 160 .BI "\-ncskip"  " int" " 0"
 161  Skip N points in the output file of correlation functions
 162
 163 .BI "\-beginfit"  " real" " 0     "
 164  Time where to begin the exponential fit of the correlation function
 165
 166 .BI "\-endfit"  " real" " \-1    "
 167  Time where to end the exponential fit of the correlation function, \-1 is until the end
 168
 169 .SH SEE ALSO
 170 .BR gromacs(7)
 171
 172 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.