man/man1/g_spatial.1

   1 .TH g_spatial 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c"
   2 .SH NAME
   3 g_spatial - calculates the spatial distribution function
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_spatial\fP
   8 .BI "\-s" " topol.tpr "
   9 .BI "\-f" " traj.xtc "
  10 .BI "\-n" " index.ndx "
  11 .BI "\-[no]h" ""
  12 .BI "\-[no]version" ""
  13 .BI "\-nice" " int "
  14 .BI "\-b" " time "
  15 .BI "\-e" " time "
  16 .BI "\-dt" " time "
  17 .BI "\-[no]w" ""
  18 .BI "\-[no]pbc" ""
  19 .BI "\-[no]div" ""
  20 .BI "\-ign" " int "
  21 .BI "\-bin" " real "
  22 .BI "\-nab" " int "
  23 .SH DESCRIPTION
  24 \&\fB g_spatial\fR calculates the spatial distribution function and
  25 \&outputs it in a form that can be read by VMD as Gaussian98 cube format.
  26 \&This was developed from template.c (GROMACS\-3.3).
  27 \&For a system of 32,000 atoms and a 50 ns trajectory, the SDF can be generated
  28 \&in about 30 minutes, with most of the time dedicated to the two runs through
  29 \&\fB trjconv\fR that are required to center everything properly.
  30 \&This also takes a whole bunch of space (3 copies of the \fB .xtc\fR file).
  31 \&Still, the pictures are pretty and very informative when the fitted selection is properly made.
  32 \&3\-4 atoms in a widely mobile group (like a free amino acid in solution) works
  33 \&well, or select the protein backbone in a stable folded structure to get the SDF
  34 \&of solvent and look at the time\-averaged solvation shell.
  35 \&It is also possible using this program to generate the SDF based on some arbitrary
  36 \&Cartesian coordinate. To do that, simply omit the preliminary \fB trjconv\fR steps.
  37
  38 \&USAGE:
  39
  40 \&1. Use \fB make_ndx\fR to create a group containing the atoms around which you want the SDF
  41
  42 \&2. \fB trjconv \-s a.tpr \-f a.xtc \-o b.xtc \-center tric \-ur compact \-pbc none\fR
  43
  44 \&3. \fB trjconv \-s a.tpr \-f b.xtc \-o c.xtc \-fit rot+trans\fR
  45
  46 \&4. run \fB g_spatial\fR on the \fB .xtc\fR output of step 3.
  47
  48 \&5. Load \fB grid.cube\fR into VMD and view as an isosurface.
  49
  50 \&\fB Note\fR that systems such as micelles will require \fB trjconv \-pbc cluster\fR between steps 1 and 2
  51
  52 \&WARNINGS:
  53
  54 \&The SDF will be generated for a cube that contains all bins that have some non\-zero occupancy.
  55 \&However, the preparatory \fB \-fit rot+trans\fR option to \fB trjconv\fR implies that your system will be rotating
  56 \&and translating in space (in order that the selected group does not). Therefore the values that are
  57 \&returned will only be valid for some region around your central group/coordinate that has full overlap
  58 \&with system volume throughout the entire translated/rotated system over the course of the trajectory.
  59 \&It is up to the user to ensure that this is the case.
  60
  61 \&BUGS:
  62
  63 \&When the allocated memory is not large enough, a segmentation fault may occur. This is usually detected
  64 \&and the program is halted prior to the fault while displaying a warning message suggesting the use of the \fB \-nab\fR (Number of Additional Bins)
  65 \&option. However, the program does not detect all such events. If you encounter a segmentation fault, run it again
  66 \&with an increased \fB \-nab\fR value.
  67
  68 \&RISKY OPTIONS:
  69
  70 \&To reduce the amount of space and time required, you can output only the coords
  71 \&that are going to be used in the first and subsequent run through \fB trjconv\fR.
  72 \&However, be sure to set the \fB \-nab\fR option to a sufficiently high value since
  73 \&memory is allocated for cube bins based on the initial coordinates and the \fB \-nab\fR
  74 \&option value.
  75
  76 .SH FILES
  77 .BI "\-s" " topol.tpr"
  78 .B Input
  79  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  80
  81 .BI "\-f" " traj.xtc"
  82 .B Input
  83  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  84
  85 .BI "\-n" " index.ndx"
  86 .B Input, Opt.
  87  Index file
  88
  89 .SH OTHER OPTIONS
  90 .BI "\-[no]h"  "no    "
  91  Print help info and quit
  92
  93 .BI "\-[no]version"  "no    "
  94  Print version info and quit
  95
  96 .BI "\-nice"  " int" " 0"
  97  Set the nicelevel
  98
  99 .BI "\-b"  " time" " 0     "
 100  First frame (ps) to read from trajectory
 101
 102 .BI "\-e"  " time" " 0     "
 103  Last frame (ps) to read from trajectory
 104
 105 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
 106  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 107
 108 .BI "\-[no]w"  "no    "
 109  View output \fB .xvg\fR, \fB .xpm\fR, \fB .eps\fR and \fB .pdb\fR files
 110
 111 .BI "\-[no]pbc"  "no    "
 112  Use periodic boundary conditions for computing distances
 113
 114 .BI "\-[no]div"  "yes   "
 115  Calculate and apply the divisor for bin occupancies based on atoms/minimal cube size. Set as TRUE for visualization and as FALSE (\fB \-nodiv\fR) to get accurate counts per frame
 116
 117 .BI "\-ign"  " int" " \-1"
 118  Do not display this number of outer cubes (positive values may reduce boundary speckles; \-1 ensures outer surface is visible)
 119
 120 .BI "\-bin"  " real" " 0.05  "
 121  Width of the bins in nm
 122
 123 .BI "\-nab"  " int" " 4"
 124  Number of additional bins to ensure proper memory allocation
 125
 126 .SH SEE ALSO
 127 .BR gromacs(7)
 128
 129 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.