man/man1/g_sigeps.1

   1 .TH g_sigeps 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c"
   2 .SH NAME
   3 g_sigeps - convert c6/12 or c6/cn combinations to and from sigma/epsilon
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_sigeps\fP
   8 .BI "\-o" " potje.xvg "
   9 .BI "\-[no]h" ""
  10 .BI "\-[no]version" ""
  11 .BI "\-nice" " int "
  12 .BI "\-[no]w" ""
  13 .BI "\-xvg" " enum "
  14 .BI "\-c6" " real "
  15 .BI "\-cn" " real "
  16 .BI "\-pow" " int "
  17 .BI "\-sig" " real "
  18 .BI "\-eps" " real "
  19 .BI "\-A" " real "
  20 .BI "\-B" " real "
  21 .BI "\-C" " real "
  22 .BI "\-qi" " real "
  23 .BI "\-qj" " real "
  24 .BI "\-sigfac" " real "
  25 .SH DESCRIPTION
  26 \&\fB g_sigeps\fR is a simple utility that converts C6/C12 or C6/Cn combinations
  27 \&to sigma and epsilon, or vice versa. It can also plot the potential
  28 \&in  file. In addition, it makes an approximation of a Buckingham potential
  29 \&to a Lennard\-Jones potential.
  30 .SH FILES
  31 .BI "\-o" " potje.xvg"
  32 .B Output
  33  xvgr/xmgr file
  34
  35 .SH OTHER OPTIONS
  36 .BI "\-[no]h"  "no    "
  37  Print help info and quit
  38
  39 .BI "\-[no]version"  "no    "
  40  Print version info and quit
  41
  42 .BI "\-nice"  " int" " 0"
  43  Set the nicelevel
  44
  45 .BI "\-[no]w"  "no    "
  46  View output \fB .xvg\fR, \fB .xpm\fR, \fB .eps\fR and \fB .pdb\fR files
  47
  48 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
  49  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
  50
  51 .BI "\-c6"  " real" " 0.001 "
  52  c6
  53
  54 .BI "\-cn"  " real" " 1e\-06 "
  55  constant for repulsion
  56
  57 .BI "\-pow"  " int" " 12"
  58  power of the repulsion term
  59
  60 .BI "\-sig"  " real" " 0.3   "
  61  sig
  62
  63 .BI "\-eps"  " real" " 1     "
  64  eps
  65
  66 .BI "\-A"  " real" " 100000"
  67  Buckingham A
  68
  69 .BI "\-B"  " real" " 32    "
  70  Buckingham B
  71
  72 .BI "\-C"  " real" " 0.001 "
  73  Buckingham C
  74
  75 .BI "\-qi"  " real" " 0     "
  76  qi
  77
  78 .BI "\-qj"  " real" " 0     "
  79  qj
  80
  81 .BI "\-sigfac"  " real" " 0.7   "
  82  Factor in front of sigma for starting the plot
  83
  84 .SH SEE ALSO
  85 .BR gromacs(7)
  86
  87 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.