man/man1/g_sas.1

   1 .TH g_sas 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c"
   2 .SH NAME
   3 g_sas - computes solvent accessible surface area
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_sas\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-s" " topol.tpr "
  10 .BI "\-o" " area.xvg "
  11 .BI "\-or" " resarea.xvg "
  12 .BI "\-oa" " atomarea.xvg "
  13 .BI "\-tv" " volume.xvg "
  14 .BI "\-q" " connelly.pdb "
  15 .BI "\-n" " index.ndx "
  16 .BI "\-i" " surfat.itp "
  17 .BI "\-[no]h" ""
  18 .BI "\-[no]version" ""
  19 .BI "\-nice" " int "
  20 .BI "\-b" " time "
  21 .BI "\-e" " time "
  22 .BI "\-dt" " time "
  23 .BI "\-[no]w" ""
  24 .BI "\-xvg" " enum "
  25 .BI "\-probe" " real "
  26 .BI "\-ndots" " int "
  27 .BI "\-qmax" " real "
  28 .BI "\-[no]f_index" ""
  29 .BI "\-minarea" " real "
  30 .BI "\-[no]pbc" ""
  31 .BI "\-[no]prot" ""
  32 .BI "\-dgs" " real "
  33 .SH DESCRIPTION
  34 \&\fB g_sas\fR computes hydrophobic, hydrophilic and total solvent accessible surface area.
  35 \&As a side effect, the Connolly surface can be generated as well in
  36 \&a \fB .pdb\fR file where the nodes are represented as atoms and the vertices
  37 \&connecting the nearest nodes as CONECT records.
  38 \&The program will ask for a group for the surface calculation
  39 \&and a group for the output. The calculation group should always
  40 \&consists of all the non\-solvent atoms in the system.
  41 \&The output group can be the whole or part of the calculation group.
  42 \&The average and standard deviation of the area over the trajectory can be plotted
  43 \&per residue and atom as well (options \fB \-or\fR and \fB \-oa\fR).
  44 \&In combination with the latter option an \fB .itp\fR file can be
  45 \&generated (option \fB \-i\fR)
  46 \&which can be used to restrain surface atoms.
  47
  48
  49 \&By default, periodic boundary conditions are taken into account,
  50 \&this can be turned off using the \fB \-nopbc\fR option.
  51
  52
  53 \&With the \fB \-tv\fR option the total volume and density of the molecule can be
  54 \&computed.
  55 \&Please consider whether the normal probe radius is appropriate
  56 \&in this case or whether you would rather use e.g. 0. It is good
  57 \&to keep in mind that the results for volume and density are very
  58 \&approximate. For example, in ice Ih, one can easily fit water molecules in the
  59 \&pores which would yield a volume that is too low, and surface area and density
  60 \&that are both too high.
  61 .SH FILES
  62 .BI "\-f" " traj.xtc"
  63 .B Input
  64  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  65
  66 .BI "\-s" " topol.tpr"
  67 .B Input
  68  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  69
  70 .BI "\-o" " area.xvg"
  71 .B Output
  72  xvgr/xmgr file
  73
  74 .BI "\-or" " resarea.xvg"
  75 .B Output, Opt.
  76  xvgr/xmgr file
  77
  78 .BI "\-oa" " atomarea.xvg"
  79 .B Output, Opt.
  80  xvgr/xmgr file
  81
  82 .BI "\-tv" " volume.xvg"
  83 .B Output, Opt.
  84  xvgr/xmgr file
  85
  86 .BI "\-q" " connelly.pdb"
  87 .B Output, Opt.
  88  Protein data bank file
  89
  90 .BI "\-n" " index.ndx"
  91 .B Input, Opt.
  92  Index file
  93
  94 .BI "\-i" " surfat.itp"
  95 .B Output, Opt.
  96  Include file for topology
  97
  98 .SH OTHER OPTIONS
  99 .BI "\-[no]h"  "no    "
 100  Print help info and quit
 101
 102 .BI "\-[no]version"  "no    "
 103  Print version info and quit
 104
 105 .BI "\-nice"  " int" " 19"
 106  Set the nicelevel
 107
 108 .BI "\-b"  " time" " 0     "
 109  First frame (ps) to read from trajectory
 110
 111 .BI "\-e"  " time" " 0     "
 112  Last frame (ps) to read from trajectory
 113
 114 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
 115  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 116
 117 .BI "\-[no]w"  "no    "
 118  View output \fB .xvg\fR, \fB .xpm\fR, \fB .eps\fR and \fB .pdb\fR files
 119
 120 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
 121  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
 122
 123 .BI "\-probe"  " real" " 0.14  "
 124  Radius of the solvent probe (nm)
 125
 126 .BI "\-ndots"  " int" " 24"
 127  Number of dots per sphere, more dots means more accuracy
 128
 129 .BI "\-qmax"  " real" " 0.2   "
 130  The maximum charge (e, absolute value) of a hydrophobic atom
 131
 132 .BI "\-[no]f_index"  "no    "
 133  Determine from a group in the index file what are the hydrophobic atoms rather than from the charge
 134
 135 .BI "\-minarea"  " real" " 0.5   "
 136  The minimum area (nm2) to count an atom as a surface atom when writing a position restraint file  (see help)
 137
 138 .BI "\-[no]pbc"  "yes   "
 139  Take periodicity into account
 140
 141 .BI "\-[no]prot"  "yes   "
 142  Output the protein to the Connelly \fB .pdb\fR file too
 143
 144 .BI "\-dgs"  " real" " 0     "
 145  Default value for solvation free energy per area (kJ/mol/nm2)
 146
 147 .SH SEE ALSO
 148 .BR gromacs(7)
 149
 150 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.