man/man1/g_saltbr.1

   1 .TH g_saltbr 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c"
   2 .SH NAME
   3 g_saltbr - computes salt bridges
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_saltbr\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-s" " topol.tpr "
  10 .BI "\-[no]h" ""
  11 .BI "\-[no]version" ""
  12 .BI "\-nice" " int "
  13 .BI "\-b" " time "
  14 .BI "\-e" " time "
  15 .BI "\-dt" " time "
  16 .BI "\-t" " real "
  17 .BI "\-[no]sep" ""
  18 .SH DESCRIPTION
  19 \&\fB g_saltbr\fR plots the distance between all combination of charged groups
  20 \&as a function of time. The groups are combined in different ways.
  21 \&A minimum distance can be given (i.e. a cut\-off), such that groups
  22 \&that are never closer than that distance will not be plotted.
  23
  24
  25 \&Output will be in a number of fixed filenames, \fB min\-min.xvg\fR, \fB plus\-min.xvg\fR
  26 \&and \fB plus\-plus.xvg\fR, or files for every individual ion pair if the \fB \-sep\fR
  27 \&option is selected. In this case, files are named as \fB sb\-(Resname)(Resnr)\-(Atomnr)\fR.
  28 \&There may be \fB many\fR such files.
  29 .SH FILES
  30 .BI "\-f" " traj.xtc"
  31 .B Input
  32  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  33
  34 .BI "\-s" " topol.tpr"
  35 .B Input
  36  Run input file: tpr tpb tpa
  37
  38 .SH OTHER OPTIONS
  39 .BI "\-[no]h"  "no    "
  40  Print help info and quit
  41
  42 .BI "\-[no]version"  "no    "
  43  Print version info and quit
  44
  45 .BI "\-nice"  " int" " 19"
  46  Set the nicelevel
  47
  48 .BI "\-b"  " time" " 0     "
  49  First frame (ps) to read from trajectory
  50
  51 .BI "\-e"  " time" " 0     "
  52  Last frame (ps) to read from trajectory
  53
  54 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
  55  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  56
  57 .BI "\-t"  " real" " 1000  "
  58  trunc distance
  59
  60 .BI "\-[no]sep"  "no    "
  61  Use separate files for each interaction (may be MANY)
  62
  63 .SH SEE ALSO
  64 .BR gromacs(7)
  65
  66 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.