man/man1/g_rotmat.1

   1 .TH g_rotmat 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c"
   2 .SH NAME
   3 g_rotmat - plots the rotation matrix for fitting to a reference structure
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_rotmat\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-s" " topol.tpr "
  10 .BI "\-n" " index.ndx "
  11 .BI "\-o" " rotmat.xvg "
  12 .BI "\-[no]h" ""
  13 .BI "\-[no]version" ""
  14 .BI "\-nice" " int "
  15 .BI "\-b" " time "
  16 .BI "\-e" " time "
  17 .BI "\-dt" " time "
  18 .BI "\-[no]w" ""
  19 .BI "\-xvg" " enum "
  20 .BI "\-ref" " enum "
  21 .BI "\-skip" " int "
  22 .BI "\-[no]fitxy" ""
  23 .BI "\-[no]mw" ""
  24 .SH DESCRIPTION
  25 \&\fB g_rotmat\fR plots the rotation matrix required for least squares fitting
  26 \&a conformation onto the reference conformation provided with
  27 \&\fB \-s\fR. Translation is removed before fitting.
  28 \&The output are the three vectors that give the new directions
  29 \&of the x, y and z directions of the reference conformation,
  30 \&for example: (zx,zy,zz) is the orientation of the reference
  31 \&z\-axis in the trajectory frame.
  32 \&
  33
  34
  35 \&This tool is useful for, for instance,
  36 \&determining the orientation of a molecule
  37 \&at an interface, possibly on a trajectory produced with
  38 \&\fB trjconv \-fit rotxy+transxy\fR to remove the rotation
  39 \&in the \fI x\-y\fR plane.
  40 \&
  41
  42
  43 \&Option \fB \-ref\fR determines a reference structure for fitting,
  44 \&instead of using the structure from \fB \-s\fR. The structure with
  45 \&the lowest sum of RMSD's to all other structures is used.
  46 \&Since the computational cost of this procedure grows with
  47 \&the square of the number of frames, the \fB \-skip\fR option
  48 \&can be useful. A full fit or only a fit in the \fI x\-y\fR plane can
  49 \&be performed.
  50 \&
  51
  52
  53 \&Option \fB \-fitxy\fR fits in the \fI x\-y\fR plane before determining
  54 \&the rotation matrix.
  55 .SH FILES
  56 .BI "\-f" " traj.xtc"
  57 .B Input
  58  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  59
  60 .BI "\-s" " topol.tpr"
  61 .B Input
  62  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  63
  64 .BI "\-n" " index.ndx"
  65 .B Input, Opt.
  66  Index file
  67
  68 .BI "\-o" " rotmat.xvg"
  69 .B Output
  70  xvgr/xmgr file
  71
  72 .SH OTHER OPTIONS
  73 .BI "\-[no]h"  "no    "
  74  Print help info and quit
  75
  76 .BI "\-[no]version"  "no    "
  77  Print version info and quit
  78
  79 .BI "\-nice"  " int" " 19"
  80  Set the nicelevel
  81
  82 .BI "\-b"  " time" " 0     "
  83  First frame (ps) to read from trajectory
  84
  85 .BI "\-e"  " time" " 0     "
  86  Last frame (ps) to read from trajectory
  87
  88 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
  89  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  90
  91 .BI "\-[no]w"  "no    "
  92  View output \fB .xvg\fR, \fB .xpm\fR, \fB .eps\fR and \fB .pdb\fR files
  93
  94 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
  95  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
  96
  97 .BI "\-ref"  " enum" " none"
  98  Determine the optimal reference structure: \fB none\fR, \fB xyz\fR or \fB xy\fR
  99
 100 .BI "\-skip"  " int" " 1"
 101  Use every nr\-th frame for \fB \-ref\fR
 102
 103 .BI "\-[no]fitxy"  "no    "
 104  Fit the x/y rotation before determining the rotation
 105
 106 .BI "\-[no]mw"  "yes   "
 107  Use mass weighted fitting
 108
 109 .SH SEE ALSO
 110 .BR gromacs(7)
 111
 112 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.