man/man1/g_rdf.1

   1 .TH g_rdf 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c"
   2 .SH NAME
   3 g_rdf - calculates radial distribution functions
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_rdf\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-s" " topol.tpr "
  10 .BI "\-n" " index.ndx "
  11 .BI "\-d" " sfactor.dat "
  12 .BI "\-o" " rdf.xvg "
  13 .BI "\-sq" " sq.xvg "
  14 .BI "\-cn" " rdf_cn.xvg "
  15 .BI "\-hq" " hq.xvg "
  16 .BI "\-[no]h" ""
  17 .BI "\-[no]version" ""
  18 .BI "\-nice" " int "
  19 .BI "\-b" " time "
  20 .BI "\-e" " time "
  21 .BI "\-dt" " time "
  22 .BI "\-[no]w" ""
  23 .BI "\-xvg" " enum "
  24 .BI "\-bin" " real "
  25 .BI "\-[no]com" ""
  26 .BI "\-surf" " enum "
  27 .BI "\-rdf" " enum "
  28 .BI "\-[no]pbc" ""
  29 .BI "\-[no]norm" ""
  30 .BI "\-[no]xy" ""
  31 .BI "\-cut" " real "
  32 .BI "\-ng" " int "
  33 .BI "\-fade" " real "
  34 .BI "\-nlevel" " int "
  35 .BI "\-startq" " real "
  36 .BI "\-endq" " real "
  37 .BI "\-energy" " real "
  38 .SH DESCRIPTION
  39 \&The structure of liquids can be studied by either neutron or X\-ray
  40 \&scattering. The most common way to describe liquid structure is by a
  41 \&radial distribution function. However, this is not easy to obtain from
  42 \&a scattering experiment.
  43
  44
  45 \&\fB g_rdf\fR calculates radial distribution functions in different ways.
  46 \&The normal method is around a (set of) particle(s), the other methods
  47 \&are around the center of mass of a set of particles (\fB \-com\fR)
  48 \&or to the closest particle in a set (\fB \-surf\fR).
  49 \&With all methods, the RDF can also be calculated around axes parallel
  50 \&to the \fI z\fR\-axis with option \fB \-xy\fR.
  51 \&With option \fB \-surf\fR normalization can not be used.
  52
  53
  54 \&The option \fB \-rdf\fR sets the type of RDF to be computed.
  55 \&Default is for atoms or particles, but one can also select center
  56 \&of mass or geometry of molecules or residues. In all cases, only
  57 \&the atoms in the index groups are taken into account.
  58 \&For molecules and/or the center of mass option, a run input file
  59 \&is required.
  60 \&Weighting other than COM or COG can currently only be achieved
  61 \&by providing a run input file with different masses.
  62 \&Options \fB \-com\fR and \fB \-surf\fR also work in conjunction
  63 \&with \fB \-rdf\fR.
  64
  65
  66 \&If a run input file is supplied (\fB \-s\fR) and \fB \-rdf\fR is set
  67 \&to \fB atom\fR, exclusions defined
  68 \&in that file are taken into account when calculating the RDF.
  69 \&The option \fB \-cut\fR is meant as an alternative way to avoid
  70 \&intramolecular peaks in the RDF plot.
  71 \&It is however better to supply a run input file with a higher number of
  72 \&exclusions. For e.g. benzene a topology, setting nrexcl to 5
  73 \&would eliminate all intramolecular contributions to the RDF.
  74 \&Note that all atoms in the selected groups are used, also the ones
  75 \&that don't have Lennard\-Jones interactions.
  76
  77
  78 \&Option \fB \-cn\fR produces the cumulative number RDF,
  79 \&i.e. the average number of particles within a distance r.
  80
  81
  82 \&To bridge the gap between theory and experiment structure factors can
  83 \&be computed (option \fB \-sq\fR). The algorithm uses FFT, the grid
  84 \&spacing of which is determined by option \fB \-grid\fR.
  85 .SH FILES
  86 .BI "\-f" " traj.xtc"
  87 .B Input
  88  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  89
  90 .BI "\-s" " topol.tpr"
  91 .B Input, Opt.
  92  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  93
  94 .BI "\-n" " index.ndx"
  95 .B Input, Opt.
  96  Index file
  97
  98 .BI "\-d" " sfactor.dat"
  99 .B Input, Opt.
 100  Generic data file
 101
 102 .BI "\-o" " rdf.xvg"
 103 .B Output, Opt.
 104  xvgr/xmgr file
 105
 106 .BI "\-sq" " sq.xvg"
 107 .B Output, Opt.
 108  xvgr/xmgr file
 109
 110 .BI "\-cn" " rdf_cn.xvg"
 111 .B Output, Opt.
 112  xvgr/xmgr file
 113
 114 .BI "\-hq" " hq.xvg"
 115 .B Output, Opt.
 116  xvgr/xmgr file
 117
 118 .SH OTHER OPTIONS
 119 .BI "\-[no]h"  "no    "
 120  Print help info and quit
 121
 122 .BI "\-[no]version"  "no    "
 123  Print version info and quit
 124
 125 .BI "\-nice"  " int" " 19"
 126  Set the nicelevel
 127
 128 .BI "\-b"  " time" " 0     "
 129  First frame (ps) to read from trajectory
 130
 131 .BI "\-e"  " time" " 0     "
 132  Last frame (ps) to read from trajectory
 133
 134 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
 135  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 136
 137 .BI "\-[no]w"  "no    "
 138  View output \fB .xvg\fR, \fB .xpm\fR, \fB .eps\fR and \fB .pdb\fR files
 139
 140 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
 141  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
 142
 143 .BI "\-bin"  " real" " 0.002 "
 144  Binwidth (nm)
 145
 146 .BI "\-[no]com"  "no    "
 147  RDF with respect to the center of mass of first group
 148
 149 .BI "\-surf"  " enum" " no"
 150  RDF with respect to the surface of the first group: \fB no\fR, \fB mol\fR or \fB res\fR
 151
 152 .BI "\-rdf"  " enum" " atom"
 153  RDF type: \fB atom\fR, \fB mol_com\fR, \fB mol_cog\fR, \fB res_com\fR or \fB res_cog\fR
 154
 155 .BI "\-[no]pbc"  "yes   "
 156  Use periodic boundary conditions for computing distances. Without PBC the maximum range will be three times the largest box edge.
 157
 158 .BI "\-[no]norm"  "yes   "
 159  Normalize for volume and density
 160
 161 .BI "\-[no]xy"  "no    "
 162  Use only the x and y components of the distance
 163
 164 .BI "\-cut"  " real" " 0     "
 165  Shortest distance (nm) to be considered
 166
 167 .BI "\-ng"  " int" " 1"
 168  Number of secondary groups to compute RDFs around a central group
 169
 170 .BI "\-fade"  " real" " 0     "
 171  From this distance onwards the RDF is tranformed by g'(r) = 1 + [g(r)\-1] exp(\-(r/fade\-1)2 to make it go to 1 smoothly. If fade is 0.0 nothing is done.
 172
 173 .BI "\-nlevel"  " int" " 20"
 174  Number of different colors in the diffraction image
 175
 176 .BI "\-startq"  " real" " 0     "
 177  Starting q (1/nm)
 178
 179 .BI "\-endq"  " real" " 60    "
 180  Ending q (1/nm)
 181
 182 .BI "\-energy"  " real" " 12    "
 183  Energy of the incoming X\-ray (keV)
 184
 185 .SH SEE ALSO
 186 .BR gromacs(7)
 187
 188 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.