man/man1/g_rama.1

   1 .TH g_rama 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c"
   2 .SH NAME
   3 g_rama - computes Ramachandran plots
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_rama\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-s" " topol.tpr "
  10 .BI "\-o" " rama.xvg "
  11 .BI "\-[no]h" ""
  12 .BI "\-[no]version" ""
  13 .BI "\-nice" " int "
  14 .BI "\-b" " time "
  15 .BI "\-e" " time "
  16 .BI "\-dt" " time "
  17 .BI "\-[no]w" ""
  18 .BI "\-xvg" " enum "
  19 .SH DESCRIPTION
  20 \&\fB g_rama\fR selects the phi/psi dihedral combinations from your topology file
  21 \&and computes these as a function of time.
  22 \&Using simple Unix tools such as \fI grep\fR you can select out
  23 \&specific residues.
  24 .SH FILES
  25 .BI "\-f" " traj.xtc"
  26 .B Input
  27  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  28
  29 .BI "\-s" " topol.tpr"
  30 .B Input
  31  Run input file: tpr tpb tpa
  32
  33 .BI "\-o" " rama.xvg"
  34 .B Output
  35  xvgr/xmgr file
  36
  37 .SH OTHER OPTIONS
  38 .BI "\-[no]h"  "no    "
  39  Print help info and quit
  40
  41 .BI "\-[no]version"  "no    "
  42  Print version info and quit
  43
  44 .BI "\-nice"  " int" " 19"
  45  Set the nicelevel
  46
  47 .BI "\-b"  " time" " 0     "
  48  First frame (ps) to read from trajectory
  49
  50 .BI "\-e"  " time" " 0     "
  51  Last frame (ps) to read from trajectory
  52
  53 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
  54  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  55
  56 .BI "\-[no]w"  "no    "
  57  View output \fB .xvg\fR, \fB .xpm\fR, \fB .eps\fR and \fB .pdb\fR files
  58
  59 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
  60  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
  61
  62 .SH SEE ALSO
  63 .BR gromacs(7)
  64
  65 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.