man/man1/g_potential.1

   1 .TH g_potential 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c"
   2 .SH NAME
   3 g_potential - calculates the electrostatic potential across the box
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_potential\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-n" " index.ndx "
  10 .BI "\-s" " topol.tpr "
  11 .BI "\-o" " potential.xvg "
  12 .BI "\-oc" " charge.xvg "
  13 .BI "\-of" " field.xvg "
  14 .BI "\-[no]h" ""
  15 .BI "\-[no]version" ""
  16 .BI "\-nice" " int "
  17 .BI "\-b" " time "
  18 .BI "\-e" " time "
  19 .BI "\-dt" " time "
  20 .BI "\-[no]w" ""
  21 .BI "\-xvg" " enum "
  22 .BI "\-d" " string "
  23 .BI "\-sl" " int "
  24 .BI "\-cb" " int "
  25 .BI "\-ce" " int "
  26 .BI "\-tz" " real "
  27 .BI "\-[no]spherical" ""
  28 .BI "\-ng" " int "
  29 .BI "\-[no]correct" ""
  30 .SH DESCRIPTION
  31 \&\fB g_potential\fR computes the electrostatical potential across the box. The potential is
  32 \&calculated by first summing the charges per slice and then integrating
  33 \&twice of this charge distribution. Periodic boundaries are not taken
  34 \&into account. Reference of potential is taken to be the left side of
  35 \&the box. It is also possible to calculate the potential in spherical
  36 \&coordinates as function of r by calculating a charge distribution in
  37 \&spherical slices and twice integrating them. epsilon_r is taken as 1,
  38 \&but 2 is more appropriate in many cases.
  39 .SH FILES
  40 .BI "\-f" " traj.xtc"
  41 .B Input
  42  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  43
  44 .BI "\-n" " index.ndx"
  45 .B Input
  46  Index file
  47
  48 .BI "\-s" " topol.tpr"
  49 .B Input
  50  Run input file: tpr tpb tpa
  51
  52 .BI "\-o" " potential.xvg"
  53 .B Output
  54  xvgr/xmgr file
  55
  56 .BI "\-oc" " charge.xvg"
  57 .B Output
  58  xvgr/xmgr file
  59
  60 .BI "\-of" " field.xvg"
  61 .B Output
  62  xvgr/xmgr file
  63
  64 .SH OTHER OPTIONS
  65 .BI "\-[no]h"  "no    "
  66  Print help info and quit
  67
  68 .BI "\-[no]version"  "no    "
  69  Print version info and quit
  70
  71 .BI "\-nice"  " int" " 19"
  72  Set the nicelevel
  73
  74 .BI "\-b"  " time" " 0     "
  75  First frame (ps) to read from trajectory
  76
  77 .BI "\-e"  " time" " 0     "
  78  Last frame (ps) to read from trajectory
  79
  80 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
  81  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  82
  83 .BI "\-[no]w"  "no    "
  84  View output \fB .xvg\fR, \fB .xpm\fR, \fB .eps\fR and \fB .pdb\fR files
  85
  86 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
  87  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
  88
  89 .BI "\-d"  " string" " Z"
  90  Take the normal on the membrane in direction X, Y or Z.
  91
  92 .BI "\-sl"  " int" " 10"
  93  Calculate potential as function of boxlength, dividing the box in nr slices.
  94
  95 .BI "\-cb"  " int" " 0"
  96  Discard first nr slices of box for integration
  97
  98 .BI "\-ce"  " int" " 0"
  99  Discard last nr slices of box for integration
 100
 101 .BI "\-tz"  " real" " 0     "
 102  Translate all coordinates distance in the direction of the box
 103
 104 .BI "\-[no]spherical"  "no    "
 105  Calculate spherical thingie
 106
 107 .BI "\-ng"  " int" " 1"
 108  Number of groups to consider
 109
 110 .BI "\-[no]correct"  "no    "
 111  Assume net zero charge of groups to improve accuracy
 112
 113 .SH KNOWN PROBLEMS
 114 \- Discarding slices for integration should not be necessary.
 115
 116 .SH SEE ALSO
 117 .BR gromacs(7)
 118
 119 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.