man/man1/g_polystat.1

   1 .TH g_polystat 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c"
   2 .SH NAME
   3 g_polystat - calculates static properties of polymers
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_polystat\fP
   8 .BI "\-s" " topol.tpr "
   9 .BI "\-f" " traj.xtc "
  10 .BI "\-n" " index.ndx "
  11 .BI "\-o" " polystat.xvg "
  12 .BI "\-v" " polyvec.xvg "
  13 .BI "\-p" " persist.xvg "
  14 .BI "\-i" " intdist.xvg "
  15 .BI "\-[no]h" ""
  16 .BI "\-[no]version" ""
  17 .BI "\-nice" " int "
  18 .BI "\-b" " time "
  19 .BI "\-e" " time "
  20 .BI "\-dt" " time "
  21 .BI "\-tu" " enum "
  22 .BI "\-[no]w" ""
  23 .BI "\-xvg" " enum "
  24 .BI "\-[no]mw" ""
  25 .BI "\-[no]pc" ""
  26 .SH DESCRIPTION
  27 \&\fB g_polystat\fR plots static properties of polymers as a function of time
  28 \&and prints the average.
  29
  30
  31 \&By default it determines the average end\-to\-end distance and radii
  32 \&of gyration of polymers. It asks for an index group and split this
  33 \&into molecules. The end\-to\-end distance is then determined using
  34 \&the first and the last atom in the index group for each molecules.
  35 \&For the radius of gyration the total and the three principal components
  36 \&for the average gyration tensor are written.
  37 \&With option \fB \-v\fR the eigenvectors are written.
  38 \&With option \fB \-pc\fR also the average eigenvalues of the individual
  39 \&gyration tensors are written.
  40 \&With option \fB \-i\fR the mean square internal distances are
  41 \&written.
  42
  43
  44 \&With option \fB \-p\fR the persistence length is determined.
  45 \&The chosen index group should consist of atoms that are
  46 \&consecutively bonded in the polymer mainchains.
  47 \&The persistence length is then determined from the cosine of
  48 \&the angles between bonds with an index difference that is even,
  49 \&the odd pairs are not used, because straight polymer backbones
  50 \&are usually all trans and therefore only every second bond aligns.
  51 \&The persistence length is defined as number of bonds where
  52 \&the average cos reaches a value of 1/e. This point is determined
  53 \&by a linear interpolation of log(cos).
  54 .SH FILES
  55 .BI "\-s" " topol.tpr"
  56 .B Input
  57  Run input file: tpr tpb tpa
  58
  59 .BI "\-f" " traj.xtc"
  60 .B Input
  61  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  62
  63 .BI "\-n" " index.ndx"
  64 .B Input, Opt.
  65  Index file
  66
  67 .BI "\-o" " polystat.xvg"
  68 .B Output
  69  xvgr/xmgr file
  70
  71 .BI "\-v" " polyvec.xvg"
  72 .B Output, Opt.
  73  xvgr/xmgr file
  74
  75 .BI "\-p" " persist.xvg"
  76 .B Output, Opt.
  77  xvgr/xmgr file
  78
  79 .BI "\-i" " intdist.xvg"
  80 .B Output, Opt.
  81  xvgr/xmgr file
  82
  83 .SH OTHER OPTIONS
  84 .BI "\-[no]h"  "no    "
  85  Print help info and quit
  86
  87 .BI "\-[no]version"  "no    "
  88  Print version info and quit
  89
  90 .BI "\-nice"  " int" " 19"
  91  Set the nicelevel
  92
  93 .BI "\-b"  " time" " 0     "
  94  First frame (ps) to read from trajectory
  95
  96 .BI "\-e"  " time" " 0     "
  97  Last frame (ps) to read from trajectory
  98
  99 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
 100  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 101
 102 .BI "\-tu"  " enum" " ps"
 103  Time unit: \fB fs\fR, \fB ps\fR, \fB ns\fR, \fB us\fR, \fB ms\fR or \fB s\fR
 104
 105 .BI "\-[no]w"  "no    "
 106  View output \fB .xvg\fR, \fB .xpm\fR, \fB .eps\fR and \fB .pdb\fR files
 107
 108 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
 109  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
 110
 111 .BI "\-[no]mw"  "yes   "
 112  Use the mass weighting for radii of gyration
 113
 114 .BI "\-[no]pc"  "no    "
 115  Plot average eigenvalues
 116
 117 .SH SEE ALSO
 118 .BR gromacs(7)
 119
 120 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.