man/man1/g_nmtraj.1

   1 .TH g_nmtraj 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c"
   2 .SH NAME
   3 g_nmtraj - generate a virtual trajectory from an eigenvector
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_nmtraj\fP
   8 .BI "\-s" " topol.tpr "
   9 .BI "\-v" " eigenvec.trr "
  10 .BI "\-o" " nmtraj.xtc "
  11 .BI "\-[no]h" ""
  12 .BI "\-[no]version" ""
  13 .BI "\-nice" " int "
  14 .BI "\-eignr" " string "
  15 .BI "\-phases" " string "
  16 .BI "\-temp" " real "
  17 .BI "\-amplitude" " real "
  18 .BI "\-nframes" " int "
  19 .SH DESCRIPTION
  20 \&\fB g_nmtraj\fR generates an virtual trajectory from an eigenvector,
  21 \&corresponding to a harmonic Cartesian oscillation around the average
  22 \&structure. The eigenvectors should normally be mass\-weighted, but you can
  23 \&use non\-weighted eigenvectors to generate orthogonal motions.
  24 \&The output frames are written as a trajectory file covering an entire period, and
  25 \&the first frame is the average structure. If you write the trajectory in (or convert to)
  26 \&PDB format you can view it directly in PyMol and also render a photorealistic movie.
  27 \&Motion amplitudes are calculated from the eigenvalues and a preset temperature,
  28 \&assuming equipartition of the energy over all modes. To make the motion clearly visible
  29 \&in PyMol you might want to amplify it by setting an unrealistically high temperature.
  30 \&However, be aware that both the linear Cartesian displacements and mass weighting will
  31 \&lead to serious structure deformation for high amplitudes \- this is is simply a limitation
  32 \&of the Cartesian normal mode model. By default the selected eigenvector is set to 7, since
  33 \& the first six normal modes are the translational and rotational degrees of freedom.
  34 .SH FILES
  35 .BI "\-s" " topol.tpr"
  36 .B Input
  37  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  38
  39 .BI "\-v" " eigenvec.trr"
  40 .B Input
  41  Full precision trajectory: trr trj cpt
  42
  43 .BI "\-o" " nmtraj.xtc"
  44 .B Output
  45  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb
  46
  47 .SH OTHER OPTIONS
  48 .BI "\-[no]h"  "no    "
  49  Print help info and quit
  50
  51 .BI "\-[no]version"  "no    "
  52  Print version info and quit
  53
  54 .BI "\-nice"  " int" " 19"
  55  Set the nicelevel
  56
  57 .BI "\-eignr"  " string" " 7"
  58  String of eigenvectors to use (first is 1)
  59
  60 .BI "\-phases"  " string" " 0.0"
  61  String of phases (default is 0.0)
  62
  63 .BI "\-temp"  " real" " 300   "
  64  Temperature in Kelvin
  65
  66 .BI "\-amplitude"  " real" " 0.25  "
  67  Amplitude for modes with eigenvalue=0
  68
  69 .BI "\-nframes"  " int" " 30"
  70  Number of frames to generate
  71
  72 .SH SEE ALSO
  73 .BR gromacs(7)
  74
  75 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.