man/man1/g_nmeig.1

   1 .TH g_nmeig 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c"
   2 .SH NAME
   3 g_nmeig - diagonalizes the Hessian
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_nmeig\fP
   8 .BI "\-f" " hessian.mtx "
   9 .BI "\-s" " topol.tpr "
  10 .BI "\-of" " eigenfreq.xvg "
  11 .BI "\-ol" " eigenval.xvg "
  12 .BI "\-qc" " quant_corr.xvg "
  13 .BI "\-v" " eigenvec.trr "
  14 .BI "\-[no]h" ""
  15 .BI "\-[no]version" ""
  16 .BI "\-nice" " int "
  17 .BI "\-xvg" " enum "
  18 .BI "\-[no]m" ""
  19 .BI "\-first" " int "
  20 .BI "\-last" " int "
  21 .BI "\-T" " real "
  22 .BI "\-[no]constr" ""
  23 .SH DESCRIPTION
  24 \&\fB g_nmeig\fR calculates the eigenvectors/values of a (Hessian) matrix,
  25 \&which can be calculated with \fB mdrun\fR.
  26 \&The eigenvectors are written to a trajectory file (\fB \-v\fR).
  27 \&The structure is written first with t=0. The eigenvectors
  28 \&are written as frames with the eigenvector number as timestamp.
  29 \&The eigenvectors can be analyzed with \fB g_anaeig\fR.
  30 \&An ensemble of structures can be generated from the eigenvectors with
  31 \&\fB g_nmens\fR. When mass weighting is used, the generated eigenvectors
  32 \&will be scaled back to plain Cartesian coordinates before generating the
  33 \&output. In this case, they will no longer be exactly orthogonal in the
  34 \&standard Cartesian norm, but in the mass\-weighted norm they would be.
  35
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  37 \&This program can be optionally used to compute quantum corrections to heat capacity
  38 \&and enthalpy by providing an extra file argument \fB \-qcorr\fR. See the GROMACS
  39 \&manual, Chapter 1, for details. The result includes subtracting a harmonic
  40 \&degree of freedom at the given temperature.
  41 \&The total correction is printed on the terminal screen.
  42 \&The recommended way of getting the corrections out is:
  43
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  45 \&\fB g_nmeig \-s topol.tpr \-f nm.mtx \-first 7 \-last 10000 \-T 300 \-qc [\-constr]\fR
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  48 \&The \fB \-constr\fR option should be used when bond constraints were used during the
  49 \&simulation \fB for all the covalent bonds\fR. If this is not the case,
  50 \&you need to analyze the \fB quant_corr.xvg\fR file yourself.
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  53 \&To make things more flexible, the program can also take virtual sites into account
  54 \&when computing quantum corrections. When selecting \fB \-constr\fR and
  55 \&\fB \-qc\fR, the \fB \-begin\fR and \fB \-end\fR options will be set automatically as well.
  56 \&Again, if you think you know it better, please check the \fB eigenfreq.xvg\fR
  57 \&output.
  58 .SH FILES
  59 .BI "\-f" " hessian.mtx"
  60 .B Input
  61  Hessian matrix
  62
  63 .BI "\-s" " topol.tpr"
  64 .B Input
  65  Run input file: tpr tpb tpa
  66
  67 .BI "\-of" " eigenfreq.xvg"
  68 .B Output
  69  xvgr/xmgr file
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  71 .BI "\-ol" " eigenval.xvg"
  72 .B Output
  73  xvgr/xmgr file
  74
  75 .BI "\-qc" " quant_corr.xvg"
  76 .B Output, Opt.
  77  xvgr/xmgr file
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  79 .BI "\-v" " eigenvec.trr"
  80 .B Output
  81  Full precision trajectory: trr trj cpt
  82
  83 .SH OTHER OPTIONS
  84 .BI "\-[no]h"  "no    "
  85  Print help info and quit
  86
  87 .BI "\-[no]version"  "no    "
  88  Print version info and quit
  89
  90 .BI "\-nice"  " int" " 19"
  91  Set the nicelevel
  92
  93 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
  94  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
  95
  96 .BI "\-[no]m"  "yes   "
  97  Divide elements of Hessian by product of sqrt(mass) of involved atoms prior to diagonalization. This should be used for 'Normal Modes' analysis
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  99 .BI "\-first"  " int" " 1"
 100  First eigenvector to write away
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 102 .BI "\-last"  " int" " 50"
 103  Last eigenvector to write away
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 105 .BI "\-T"  " real" " 298.15"
 106  Temperature for computing quantum heat capacity and enthalpy when using normal mode calculations to correct classical simulations
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 108 .BI "\-[no]constr"  "no    "
 109  If constraints were used in the simulation but not in the normal mode analysis (this is the recommended way of doing it) you will need to set this for computing the quantum corrections.
 110
 111 .SH SEE ALSO
 112 .BR gromacs(7)
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 114 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.