man/man1/g_mindist.1

   1 .TH g_mindist 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c"
   2 .SH NAME
   3 g_mindist - calculates the minimum distance between two groups
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_mindist\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-s" " topol.tpr "
  10 .BI "\-n" " index.ndx "
  11 .BI "\-od" " mindist.xvg "
  12 .BI "\-on" " numcont.xvg "
  13 .BI "\-o" " atm\-pair.out "
  14 .BI "\-ox" " mindist.xtc "
  15 .BI "\-or" " mindistres.xvg "
  16 .BI "\-[no]h" ""
  17 .BI "\-[no]version" ""
  18 .BI "\-nice" " int "
  19 .BI "\-b" " time "
  20 .BI "\-e" " time "
  21 .BI "\-dt" " time "
  22 .BI "\-tu" " enum "
  23 .BI "\-[no]w" ""
  24 .BI "\-xvg" " enum "
  25 .BI "\-[no]matrix" ""
  26 .BI "\-[no]max" ""
  27 .BI "\-d" " real "
  28 .BI "\-[no]group" ""
  29 .BI "\-[no]pi" ""
  30 .BI "\-[no]split" ""
  31 .BI "\-ng" " int "
  32 .BI "\-[no]pbc" ""
  33 .BI "\-[no]respertime" ""
  34 .BI "\-[no]printresname" ""
  35 .SH DESCRIPTION
  36 \&\fB g_mindist\fR computes the distance between one group and a number of
  37 \&other groups. Both the minimum distance
  38 \&(between any pair of atoms from the respective groups)
  39 \&and the number of contacts within a given
  40 \&distance are written to two separate output files.
  41 \&With the \fB \-group\fR option a contact of an atom an other group
  42 \&with multiple atoms in the first group is counted as one contact
  43 \&instead of as multiple contacts.
  44 \&With \fB \-or\fR, minimum distances to each residue in the first
  45 \&group are determined and plotted as a function of residue number.
  46
  47
  48 \&With option \fB \-pi\fR the minimum distance of a group to its
  49 \&periodic image is plotted. This is useful for checking if a protein
  50 \&has seen its periodic image during a simulation. Only one shift in
  51 \&each direction is considered, giving a total of 26 shifts.
  52 \&It also plots the maximum distance within the group and the lengths
  53 \&of the three box vectors.
  54
  55
  56 \&Other programs that calculate distances are \fB g_dist\fR
  57 \&and \fB g_bond\fR.
  58 .SH FILES
  59 .BI "\-f" " traj.xtc"
  60 .B Input
  61  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  62
  63 .BI "\-s" " topol.tpr"
  64 .B Input, Opt.
  65  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  66
  67 .BI "\-n" " index.ndx"
  68 .B Input, Opt.
  69  Index file
  70
  71 .BI "\-od" " mindist.xvg"
  72 .B Output
  73  xvgr/xmgr file
  74
  75 .BI "\-on" " numcont.xvg"
  76 .B Output, Opt.
  77  xvgr/xmgr file
  78
  79 .BI "\-o" " atm\-pair.out"
  80 .B Output, Opt.
  81  Generic output file
  82
  83 .BI "\-ox" " mindist.xtc"
  84 .B Output, Opt.
  85  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb
  86
  87 .BI "\-or" " mindistres.xvg"
  88 .B Output, Opt.
  89  xvgr/xmgr file
  90
  91 .SH OTHER OPTIONS
  92 .BI "\-[no]h"  "no    "
  93  Print help info and quit
  94
  95 .BI "\-[no]version"  "no    "
  96  Print version info and quit
  97
  98 .BI "\-nice"  " int" " 19"
  99  Set the nicelevel
 100
 101 .BI "\-b"  " time" " 0     "
 102  First frame (ps) to read from trajectory
 103
 104 .BI "\-e"  " time" " 0     "
 105  Last frame (ps) to read from trajectory
 106
 107 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
 108  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 109
 110 .BI "\-tu"  " enum" " ps"
 111  Time unit: \fB fs\fR, \fB ps\fR, \fB ns\fR, \fB us\fR, \fB ms\fR or \fB s\fR
 112
 113 .BI "\-[no]w"  "no    "
 114  View output \fB .xvg\fR, \fB .xpm\fR, \fB .eps\fR and \fB .pdb\fR files
 115
 116 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
 117  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
 118
 119 .BI "\-[no]matrix"  "no    "
 120  Calculate half a matrix of group\-group distances
 121
 122 .BI "\-[no]max"  "no    "
 123  Calculate *maximum* distance instead of minimum
 124
 125 .BI "\-d"  " real" " 0.6   "
 126  Distance for contacts
 127
 128 .BI "\-[no]group"  "no    "
 129  Count contacts with multiple atoms in the first group as one
 130
 131 .BI "\-[no]pi"  "no    "
 132  Calculate minimum distance with periodic images
 133
 134 .BI "\-[no]split"  "no    "
 135  Split graph where time is zero
 136
 137 .BI "\-ng"  " int" " 1"
 138  Number of secondary groups to compute distance to a central group
 139
 140 .BI "\-[no]pbc"  "yes   "
 141  Take periodic boundary conditions into account
 142
 143 .BI "\-[no]respertime"  "no    "
 144  When writing per\-residue distances, write distance for each time point
 145
 146 .BI "\-[no]printresname"  "no    "
 147  Write residue names
 148
 149 .SH SEE ALSO
 150 .BR gromacs(7)
 151
 152 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.