man/man1/g_helix.1

   1 .TH g_helix 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c"
   2 .SH NAME
   3 g_helix - calculates basic properties of alpha helices
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_helix\fP
   8 .BI "\-s" " topol.tpr "
   9 .BI "\-n" " index.ndx "
  10 .BI "\-f" " traj.xtc "
  11 .BI "\-to" " gtraj.g87 "
  12 .BI "\-cz" " zconf.gro "
  13 .BI "\-co" " waver.gro "
  14 .BI "\-[no]h" ""
  15 .BI "\-[no]version" ""
  16 .BI "\-nice" " int "
  17 .BI "\-b" " time "
  18 .BI "\-e" " time "
  19 .BI "\-dt" " time "
  20 .BI "\-[no]w" ""
  21 .BI "\-r0" " int "
  22 .BI "\-[no]q" ""
  23 .BI "\-[no]F" ""
  24 .BI "\-[no]db" ""
  25 .BI "\-prop" " enum "
  26 .BI "\-[no]ev" ""
  27 .BI "\-ahxstart" " int "
  28 .BI "\-ahxend" " int "
  29 .SH DESCRIPTION
  30 \&\fB g_helix\fR computes all kinds of helix properties. First, the peptide
  31 \&is checked to find the longest helical part, as determined by
  32 \&hydrogen bonds and phi/psi angles.
  33 \&That bit is fitted
  34 \&to an ideal helix around the \fI z\fR\-axis and centered around the origin.
  35 \&Then the following properties are computed:
  36
  37
  38 \&\fB 1.\fR Helix radius (file \fB radius.xvg\fR). This is merely the
  39 \&RMS deviation in two dimensions for all Calpha atoms.
  40 \&it is calced as sqrt((SUM i(x2(i)+y2(i)))/N), where N is the number
  41 \&of backbone atoms. For an ideal helix the radius is 0.23 nm
  42
  43 \&\fB 2.\fR Twist (file \fB twist.xvg\fR). The average helical angle per
  44 \&residue is calculated. For an alpha\-helix it is 100 degrees,
  45 \&for 3\-10 helices it will be smaller, and
  46 \&for 5\-helices it will be larger.
  47
  48 \&\fB 3.\fR Rise per residue (file \fB rise.xvg\fR). The helical rise per
  49 \&residue is plotted as the difference in \fI z\fR\-coordinate between Calpha
  50 \&atoms. For an ideal helix, this is 0.15 nm
  51
  52 \&\fB 4.\fR Total helix length (file \fB len\-ahx.xvg\fR). The total length
  53 \&of the
  54 \&helix in nm. This is simply the average rise (see above) times the
  55 \&number of helical residues (see below).
  56
  57 \&\fB 5.\fR Number of helical residues (file \fB n\-ahx.xvg\fR). The title says
  58 \&it all.
  59
  60 \&\fB 6.\fR Helix dipole, backbone only (file \fB dip\-ahx.xvg\fR).
  61
  62 \&\fB 7.\fR RMS deviation from ideal helix, calculated for the Calpha
  63 \&atoms only (file \fB rms\-ahx.xvg\fR).
  64
  65 \&\fB 8.\fR Average Calpha \- Calpha dihedral angle (file \fB phi\-ahx.xvg\fR).
  66
  67 \&\fB 9.\fR Average phi and psi angles (file \fB phipsi.xvg\fR).
  68
  69 \&\fB 10.\fR Ellipticity at 222 nm according to Hirst and Brooks.
  70 \&
  71
  72
  73 .SH FILES
  74 .BI "\-s" " topol.tpr"
  75 .B Input
  76  Run input file: tpr tpb tpa
  77
  78 .BI "\-n" " index.ndx"
  79 .B Input
  80  Index file
  81
  82 .BI "\-f" " traj.xtc"
  83 .B Input
  84  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  85
  86 .BI "\-to" " gtraj.g87"
  87 .B Output, Opt.
  88  Gromos\-87 ASCII trajectory format
  89
  90 .BI "\-cz" " zconf.gro"
  91 .B Output
  92  Structure file: gro g96 pdb etc.
  93
  94 .BI "\-co" " waver.gro"
  95 .B Output
  96  Structure file: gro g96 pdb etc.
  97
  98 .SH OTHER OPTIONS
  99 .BI "\-[no]h"  "no    "
 100  Print help info and quit
 101
 102 .BI "\-[no]version"  "no    "
 103  Print version info and quit
 104
 105 .BI "\-nice"  " int" " 19"
 106  Set the nicelevel
 107
 108 .BI "\-b"  " time" " 0     "
 109  First frame (ps) to read from trajectory
 110
 111 .BI "\-e"  " time" " 0     "
 112  Last frame (ps) to read from trajectory
 113
 114 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
 115  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 116
 117 .BI "\-[no]w"  "no    "
 118  View output \fB .xvg\fR, \fB .xpm\fR, \fB .eps\fR and \fB .pdb\fR files
 119
 120 .BI "\-r0"  " int" " 1"
 121  The first residue number in the sequence
 122
 123 .BI "\-[no]q"  "no    "
 124  Check at every step which part of the sequence is helical
 125
 126 .BI "\-[no]F"  "yes   "
 127  Toggle fit to a perfect helix
 128
 129 .BI "\-[no]db"  "no    "
 130  Print debug info
 131
 132 .BI "\-prop"  " enum" " RAD"
 133  Select property to weight eigenvectors with. WARNING experimental stuff: \fB RAD\fR, \fB TWIST\fR, \fB RISE\fR, \fB LEN\fR, \fB NHX\fR, \fB DIP\fR, \fB RMS\fR, \fB CPHI\fR, \fB RMSA\fR, \fB PHI\fR, \fB PSI\fR, \fB HB3\fR, \fB HB4\fR, \fB HB5\fR or \fB CD222\fR
 134
 135 .BI "\-[no]ev"  "no    "
 136  Write a new 'trajectory' file for ED
 137
 138 .BI "\-ahxstart"  " int" " 0"
 139  First residue in helix
 140
 141 .BI "\-ahxend"  " int" " 0"
 142  Last residue in helix
 143
 144 .SH SEE ALSO
 145 .BR gromacs(7)
 146
 147 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.