man/man1/g_enemat.1

   1 .TH g_enemat 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c"
   2 .SH NAME
   3 g_enemat - extracts an energy matrix from an energy file
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_enemat\fP
   8 .BI "\-f" " ener.edr "
   9 .BI "\-groups" " groups.dat "
  10 .BI "\-eref" " eref.dat "
  11 .BI "\-emat" " emat.xpm "
  12 .BI "\-etot" " energy.xvg "
  13 .BI "\-[no]h" ""
  14 .BI "\-[no]version" ""
  15 .BI "\-nice" " int "
  16 .BI "\-b" " time "
  17 .BI "\-e" " time "
  18 .BI "\-dt" " time "
  19 .BI "\-[no]w" ""
  20 .BI "\-xvg" " enum "
  21 .BI "\-[no]sum" ""
  22 .BI "\-skip" " int "
  23 .BI "\-[no]mean" ""
  24 .BI "\-nlevels" " int "
  25 .BI "\-max" " real "
  26 .BI "\-min" " real "
  27 .BI "\-[no]coul" ""
  28 .BI "\-[no]coulr" ""
  29 .BI "\-[no]coul14" ""
  30 .BI "\-[no]lj" ""
  31 .BI "\-[no]lj" ""
  32 .BI "\-[no]lj14" ""
  33 .BI "\-[no]bhamsr" ""
  34 .BI "\-[no]bhamlr" ""
  35 .BI "\-[no]free" ""
  36 .BI "\-temp" " real "
  37 .SH DESCRIPTION
  38 \&\fB g_enemat\fR extracts an energy matrix from the energy file (\fB \-f\fR).
  39 \&With \fB \-groups\fR a file must be supplied with on each
  40 \&line a group of atoms to be used. For these groups matrix of
  41 \&interaction energies will be extracted from the energy file
  42 \&by looking for energy groups with names corresponding to pairs
  43 \&of groups of atoms, e.g. if your \fB \-groups\fR file contains:
  44
  45 \&\fB 2\fR
  46
  47 \&\fB Protein\fR
  48
  49 \&\fB SOL\fR
  50
  51 \&then energy groups with names like 'Coul\-SR:Protein\-SOL' and
  52 \&'LJ:Protein\-SOL' are expected in the energy file (although
  53 \&\fB g_enemat\fR is most useful if many groups are analyzed
  54 \&simultaneously). Matrices for different energy types are written
  55 \&out separately, as controlled by the
  56 \&\fB \-[no]coul\fR, \fB \-[no]coulr\fR, \fB \-[no]coul14\fR,
  57 \&\fB \-[no]lj\fR, \fB \-[no]lj14\fR,
  58 \&\fB \-[no]bham\fR and \fB \-[no]free\fR options.
  59 \&Finally, the total interaction energy energy per group can be
  60 \&calculated (\fB \-etot\fR).
  61
  62
  63 \&An approximation of the free energy can be calculated using:
  64 \&E(free) = E0 + kT log( exp((E\-E0)/kT) ), where ''
  65 \&stands for time\-average. A file with reference free energies
  66 \&can be supplied to calculate the free energy difference
  67 \&with some reference state. Group names (e.g. residue names)
  68 \&in the reference file should correspond to the group names
  69 \&as used in the \fB \-groups\fR file, but a appended number
  70 \&(e.g. residue number) in the \fB \-groups\fR will be ignored
  71 \&in the comparison.
  72 .SH FILES
  73 .BI "\-f" " ener.edr"
  74 .B Input, Opt.
  75  Energy file
  76
  77 .BI "\-groups" " groups.dat"
  78 .B Input
  79  Generic data file
  80
  81 .BI "\-eref" " eref.dat"
  82 .B Input, Opt.
  83  Generic data file
  84
  85 .BI "\-emat" " emat.xpm"
  86 .B Output
  87  X PixMap compatible matrix file
  88
  89 .BI "\-etot" " energy.xvg"
  90 .B Output
  91  xvgr/xmgr file
  92
  93 .SH OTHER OPTIONS
  94 .BI "\-[no]h"  "no    "
  95  Print help info and quit
  96
  97 .BI "\-[no]version"  "no    "
  98  Print version info and quit
  99
 100 .BI "\-nice"  " int" " 19"
 101  Set the nicelevel
 102
 103 .BI "\-b"  " time" " 0     "
 104  First frame (ps) to read from trajectory
 105
 106 .BI "\-e"  " time" " 0     "
 107  Last frame (ps) to read from trajectory
 108
 109 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
 110  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 111
 112 .BI "\-[no]w"  "no    "
 113  View output \fB .xvg\fR, \fB .xpm\fR, \fB .eps\fR and \fB .pdb\fR files
 114
 115 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
 116  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
 117
 118 .BI "\-[no]sum"  "no    "
 119  Sum the energy terms selected rather than display them all
 120
 121 .BI "\-skip"  " int" " 0"
 122  Skip number of frames between data points
 123
 124 .BI "\-[no]mean"  "yes   "
 125  with \fB \-groups\fR extracts matrix of mean energies instead of matrix for each timestep
 126
 127 .BI "\-nlevels"  " int" " 20"
 128  number of levels for matrix colors
 129
 130 .BI "\-max"  " real" " 1e+20 "
 131  max value for energies
 132
 133 .BI "\-min"  " real" " \-1e+20"
 134  min value for energies
 135
 136 .BI "\-[no]coul"  "yes   "
 137  extract Coulomb SR energies
 138
 139 .BI "\-[no]coulr"  "no    "
 140  extract Coulomb LR energies
 141
 142 .BI "\-[no]coul14"  "no    "
 143  extract Coulomb 1\-4 energies
 144
 145 .BI "\-[no]lj"  "yes   "
 146  extract Lennard\-Jones SR energies
 147
 148 .BI "\-[no]lj"  "no    "
 149  extract Lennard\-Jones LR energies
 150
 151 .BI "\-[no]lj14"  "no    "
 152  extract Lennard\-Jones 1\-4 energies
 153
 154 .BI "\-[no]bhamsr"  "no    "
 155  extract Buckingham SR energies
 156
 157 .BI "\-[no]bhamlr"  "no    "
 158  extract Buckingham LR energies
 159
 160 .BI "\-[no]free"  "yes   "
 161  calculate free energy
 162
 163 .BI "\-temp"  " real" " 300   "
 164  reference temperature for free energy calculation
 165
 166 .SH SEE ALSO
 167 .BR gromacs(7)
 168
 169 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.