man/man1/g_dyndom.1

   1 .TH g_dyndom 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c"
   2 .SH NAME
   3 g_dyndom - interpolate and extrapolate structure rotations
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_dyndom\fP
   8 .BI "\-f" " dyndom.pdb "
   9 .BI "\-o" " rotated.xtc "
  10 .BI "\-n" " domains.ndx "
  11 .BI "\-[no]h" ""
  12 .BI "\-[no]version" ""
  13 .BI "\-nice" " int "
  14 .BI "\-firstangle" " real "
  15 .BI "\-lastangle" " real "
  16 .BI "\-nframe" " int "
  17 .BI "\-maxangle" " real "
  18 .BI "\-trans" " real "
  19 .BI "\-head" " vector "
  20 .BI "\-tail" " vector "
  21 .SH DESCRIPTION
  22 \&\fB g_dyndom\fR reads a \fB .pdb\fR file output from DynDom
  23 \&(http://www.cmp.uea.ac.uk/dyndom/).
  24 \&It reads the coordinates, the coordinates of the rotation axis,
  25 \&and an index file containing the domains.
  26 \&Furthermore, it takes the first and last atom of the arrow file
  27 \&as command line arguments (head and tail) and
  28 \&finally it takes the translation vector (given in DynDom info file)
  29 \&and the angle of rotation (also as command line arguments). If the angle
  30 \&determined by DynDom is given, one should be able to recover the
  31 \&second structure used for generating the DynDom output.
  32 \&Because of limited numerical accuracy this should be verified by
  33 \&computing an all\-atom RMSD (using \fB g_confrms\fR) rather than by file
  34 \&comparison (using diff).
  35
  36
  37 \&The purpose of this program is to interpolate and extrapolate the
  38 \&rotation as found by DynDom. As a result unphysical structures with
  39 \&long or short bonds, or overlapping atoms may be produced. Visual
  40 \&inspection, and energy minimization may be necessary to
  41 \&validate the structure.
  42 .SH FILES
  43 .BI "\-f" " dyndom.pdb"
  44 .B Input
  45  Protein data bank file
  46
  47 .BI "\-o" " rotated.xtc"
  48 .B Output
  49  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb
  50
  51 .BI "\-n" " domains.ndx"
  52 .B Input
  53  Index file
  54
  55 .SH OTHER OPTIONS
  56 .BI "\-[no]h"  "no    "
  57  Print help info and quit
  58
  59 .BI "\-[no]version"  "no    "
  60  Print version info and quit
  61
  62 .BI "\-nice"  " int" " 0"
  63  Set the nicelevel
  64
  65 .BI "\-firstangle"  " real" " 0     "
  66  Angle of rotation about rotation vector
  67
  68 .BI "\-lastangle"  " real" " 0     "
  69  Angle of rotation about rotation vector
  70
  71 .BI "\-nframe"  " int" " 11"
  72  Number of steps on the pathway
  73
  74 .BI "\-maxangle"  " real" " 0     "
  75  DymDom dtermined angle of rotation about rotation vector
  76
  77 .BI "\-trans"  " real" " 0     "
  78  Translation (Angstrom) along rotation vector (see DynDom info file)
  79
  80 .BI "\-head"  " vector" " 0 0 0"
  81  First atom of the arrow vector
  82
  83 .BI "\-tail"  " vector" " 0 0 0"
  84  Last atom of the arrow vector
  85
  86 .SH SEE ALSO
  87 .BR gromacs(7)
  88
  89 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.