man/man1/g_dist.1

   1 .TH g_dist 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c"
   2 .SH NAME
   3 g_dist - calculates the distances between the centers of mass of two groups
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_dist\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-s" " topol.tpr "
  10 .BI "\-n" " index.ndx "
  11 .BI "\-o" " dist.xvg "
  12 .BI "\-lt" " lifetime.xvg "
  13 .BI "\-[no]h" ""
  14 .BI "\-[no]version" ""
  15 .BI "\-nice" " int "
  16 .BI "\-b" " time "
  17 .BI "\-e" " time "
  18 .BI "\-dt" " time "
  19 .BI "\-xvg" " enum "
  20 .BI "\-dist" " real "
  21 .SH DESCRIPTION
  22 \&\fB g_dist\fR can calculate the distance between the centers of mass of two
  23 \&groups of atoms as a function of time. The total distance and its
  24 \&\fI x\fR\-, \fI y\fR\-, and \fI z\fR\-components are plotted.
  25
  26
  27 \&Or when \fB \-dist\fR is set, print all the atoms in group 2 that are
  28 \&closer than a certain distance to the center of mass of group 1.
  29
  30
  31 \&With options \fB \-lt\fR and \fB \-dist\fR the number of contacts
  32 \&of all atoms in group 2 that are closer than a certain distance
  33 \&to the center of mass of group 1 are plotted as a function of the time
  34 \&that the contact was continously present.
  35
  36
  37 \&Other programs that calculate distances are \fB g_mindist\fR
  38 \&and \fB g_bond\fR.
  39 .SH FILES
  40 .BI "\-f" " traj.xtc"
  41 .B Input
  42  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  43
  44 .BI "\-s" " topol.tpr"
  45 .B Input
  46  Run input file: tpr tpb tpa
  47
  48 .BI "\-n" " index.ndx"
  49 .B Input, Opt.
  50  Index file
  51
  52 .BI "\-o" " dist.xvg"
  53 .B Output, Opt.
  54  xvgr/xmgr file
  55
  56 .BI "\-lt" " lifetime.xvg"
  57 .B Output, Opt.
  58  xvgr/xmgr file
  59
  60 .SH OTHER OPTIONS
  61 .BI "\-[no]h"  "no    "
  62  Print help info and quit
  63
  64 .BI "\-[no]version"  "no    "
  65  Print version info and quit
  66
  67 .BI "\-nice"  " int" " 19"
  68  Set the nicelevel
  69
  70 .BI "\-b"  " time" " 0     "
  71  First frame (ps) to read from trajectory
  72
  73 .BI "\-e"  " time" " 0     "
  74  Last frame (ps) to read from trajectory
  75
  76 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
  77  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  78
  79 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
  80  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
  81
  82 .BI "\-dist"  " real" " 0     "
  83  Print all atoms in group 2 closer than dist to the center of mass of group 1
  84
  85 .SH SEE ALSO
  86 .BR gromacs(7)
  87
  88 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.