man/man1/g_densorder.1

   1 .TH g_densorder 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c"
   2 .SH NAME
   3 g_densorder - calculate surface fluctuations
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_densorder\fP
   8 .BI "\-s" " topol.tpr "
   9 .BI "\-f" " traj.xtc "
  10 .BI "\-n" " index.ndx "
  11 .BI "\-o" " Density4D.dat "
  12 .BI "\-or" " hello.out "
  13 .BI "\-og" " interface.xpm "
  14 .BI "\-Spect" " intfspect.out "
  15 .BI "\-[no]h" ""
  16 .BI "\-[no]version" ""
  17 .BI "\-nice" " int "
  18 .BI "\-b" " time "
  19 .BI "\-e" " time "
  20 .BI "\-dt" " time "
  21 .BI "\-[no]w" ""
  22 .BI "\-[no]1d" ""
  23 .BI "\-bw" " real "
  24 .BI "\-bwn" " real "
  25 .BI "\-order" " int "
  26 .BI "\-axis" " string "
  27 .BI "\-method" " enum "
  28 .BI "\-d1" " real "
  29 .BI "\-d2" " real "
  30 .BI "\-tblock" " int "
  31 .BI "\-nlevel" " int "
  32 .SH DESCRIPTION
  33 \&A small program to reduce a two\-phase density distribution
  34 \&along an axis, computed over a MD trajectory
  35 \&to 2D surfaces fluctuating in time, by a fit to
  36 \&a functional profile for interfacial densities
  37 \&A time\-averaged spatial representation of the
  38 \&interfaces can be output with the option \-tavg
  39 .SH FILES
  40 .BI "\-s" " topol.tpr"
  41 .B Input
  42  Run input file: tpr tpb tpa
  43
  44 .BI "\-f" " traj.xtc"
  45 .B Input
  46  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  47
  48 .BI "\-n" " index.ndx"
  49 .B Input
  50  Index file
  51
  52 .BI "\-o" " Density4D.dat"
  53 .B Output, Opt.
  54  Generic data file
  55
  56 .BI "\-or" " hello.out"
  57 .B Output, Opt., Mult.
  58  Generic output file
  59
  60 .BI "\-og" " interface.xpm"
  61 .B Output, Opt., Mult.
  62  X PixMap compatible matrix file
  63
  64 .BI "\-Spect" " intfspect.out"
  65 .B Output, Opt., Mult.
  66  Generic output file
  67
  68 .SH OTHER OPTIONS
  69 .BI "\-[no]h"  "no    "
  70  Print help info and quit
  71
  72 .BI "\-[no]version"  "no    "
  73  Print version info and quit
  74
  75 .BI "\-nice"  " int" " 0"
  76  Set the nicelevel
  77
  78 .BI "\-b"  " time" " 0     "
  79  First frame (ps) to read from trajectory
  80
  81 .BI "\-e"  " time" " 0     "
  82  Last frame (ps) to read from trajectory
  83
  84 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
  85  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  86
  87 .BI "\-[no]w"  "no    "
  88  View output \fB .xvg\fR, \fB .xpm\fR, \fB .eps\fR and \fB .pdb\fR files
  89
  90 .BI "\-[no]1d"  "no    "
  91  Pseudo\-1d interface geometry
  92
  93 .BI "\-bw"  " real" " 0.2   "
  94  Binwidth of density distribution tangential to interface
  95
  96 .BI "\-bwn"  " real" " 0.05  "
  97  Binwidth of density distribution normal to interface
  98
  99 .BI "\-order"  " int" " 0"
 100  Order of Gaussian filter, order 0 equates to NO filtering
 101
 102 .BI "\-axis"  " string" " Z"
 103  Axis Direction \- X, Y or Z
 104
 105 .BI "\-method"  " enum" " bisect"
 106  Interface location method: \fB bisect\fR or \fB functional\fR
 107
 108 .BI "\-d1"  " real" " 0     "
 109  Bulk density phase 1 (at small z)
 110
 111 .BI "\-d2"  " real" " 1000  "
 112  Bulk density phase 2 (at large z)
 113
 114 .BI "\-tblock"  " int" " 100"
 115  Number of frames in one time\-block average
 116
 117 .BI "\-nlevel"  " int" " 100"
 118  Number of Height levels in 2D \- XPixMaps
 119
 120 .SH SEE ALSO
 121 .BR gromacs(7)
 122
 123 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.