man/man1/g_density.1

   1 .TH g_density 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c"
   2 .SH NAME
   3 g_density - calculates the density of the system
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_density\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-n" " index.ndx "
  10 .BI "\-s" " topol.tpr "
  11 .BI "\-ei" " electrons.dat "
  12 .BI "\-o" " density.xvg "
  13 .BI "\-[no]h" ""
  14 .BI "\-[no]version" ""
  15 .BI "\-nice" " int "
  16 .BI "\-b" " time "
  17 .BI "\-e" " time "
  18 .BI "\-dt" " time "
  19 .BI "\-[no]w" ""
  20 .BI "\-xvg" " enum "
  21 .BI "\-d" " string "
  22 .BI "\-sl" " int "
  23 .BI "\-dens" " enum "
  24 .BI "\-ng" " int "
  25 .BI "\-[no]symm" ""
  26 .BI "\-[no]center" ""
  27 .SH DESCRIPTION
  28 \&Compute partial densities across the box, using an index file.
  29
  30
  31 \&For the total density of NPT simulations, use \fB g_energy\fR instead.
  32 \&
  33
  34
  35 \&Densities are in kg/m3, and number densities or electron densities can also be
  36 \&calculated. For electron densities, a file describing the number of
  37 \&electrons for each type of atom should be provided using \fB \-ei\fR.
  38 \&It should look like:
  39
  40 \&   \fB 2\fR
  41
  42 \&   \fB atomname = nrelectrons\fR
  43
  44 \&   \fB atomname = nrelectrons\fR
  45
  46 \&The first line contains the number of lines to read from the file.
  47 \&There should be one line for each unique atom name in your system.
  48 \&The number of electrons for each atom is modified by its atomic
  49 \&partial charge.
  50 .SH FILES
  51 .BI "\-f" " traj.xtc"
  52 .B Input
  53  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  54
  55 .BI "\-n" " index.ndx"
  56 .B Input, Opt.
  57  Index file
  58
  59 .BI "\-s" " topol.tpr"
  60 .B Input
  61  Run input file: tpr tpb tpa
  62
  63 .BI "\-ei" " electrons.dat"
  64 .B Input, Opt.
  65  Generic data file
  66
  67 .BI "\-o" " density.xvg"
  68 .B Output
  69  xvgr/xmgr file
  70
  71 .SH OTHER OPTIONS
  72 .BI "\-[no]h"  "no    "
  73  Print help info and quit
  74
  75 .BI "\-[no]version"  "no    "
  76  Print version info and quit
  77
  78 .BI "\-nice"  " int" " 19"
  79  Set the nicelevel
  80
  81 .BI "\-b"  " time" " 0     "
  82  First frame (ps) to read from trajectory
  83
  84 .BI "\-e"  " time" " 0     "
  85  Last frame (ps) to read from trajectory
  86
  87 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
  88  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
  89
  90 .BI "\-[no]w"  "no    "
  91  View output \fB .xvg\fR, \fB .xpm\fR, \fB .eps\fR and \fB .pdb\fR files
  92
  93 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
  94  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
  95
  96 .BI "\-d"  " string" " Z"
  97  Take the normal on the membrane in direction X, Y or Z.
  98
  99 .BI "\-sl"  " int" " 50"
 100  Divide the box in nr slices.
 101
 102 .BI "\-dens"  " enum" " mass"
 103  Density: \fB mass\fR, \fB number\fR, \fB charge\fR or \fB electron\fR
 104
 105 .BI "\-ng"  " int" " 1"
 106  Number of groups to compute densities of
 107
 108 .BI "\-[no]symm"  "no    "
 109  Symmetrize the density along the axis, with respect to the center. Useful for bilayers.
 110
 111 .BI "\-[no]center"  "no    "
 112  Shift the center of mass along the axis to zero. This means if your axis is Z and your box is bX, bY, bZ, the center of mass will be at bX/2, bY/2, 0.
 113
 114 .SH KNOWN PROBLEMS
 115 \- When calculating electron densities, atomnames are used instead of types. This is bad.
 116
 117 .SH SEE ALSO
 118 .BR gromacs(7)
 119
 120 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.