man/man1/g_confrms.1

   1 .TH g_confrms 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c"
   2 .SH NAME
   3 g_confrms - fits two structures and calculates the rmsd
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_confrms\fP
   8 .BI "\-f1" " conf1.gro "
   9 .BI "\-f2" " conf2.gro "
  10 .BI "\-o" " fit.pdb "
  11 .BI "\-n1" " fit1.ndx "
  12 .BI "\-n2" " fit2.ndx "
  13 .BI "\-no" " match.ndx "
  14 .BI "\-[no]h" ""
  15 .BI "\-[no]version" ""
  16 .BI "\-nice" " int "
  17 .BI "\-[no]w" ""
  18 .BI "\-[no]one" ""
  19 .BI "\-[no]mw" ""
  20 .BI "\-[no]pbc" ""
  21 .BI "\-[no]fit" ""
  22 .BI "\-[no]name" ""
  23 .BI "\-[no]label" ""
  24 .BI "\-[no]bfac" ""
  25 .SH DESCRIPTION
  26 \&\fB g_confrms\fR computes the root mean square deviation (RMSD) of two
  27 \&structures after least\-squares fitting the second structure on the first one.
  28 \&The two structures do NOT need to have the same number of atoms,
  29 \&only the two index groups used for the fit need to be identical.
  30 \&With \fB \-name\fR only matching atom names from the selected groups
  31 \&will be used for the fit and RMSD calculation. This can be useful
  32 \&when comparing mutants of a protein.
  33 \&
  34
  35
  36 \&The superimposed structures are written to file. In a \fB .pdb\fR file
  37 \&the two structures will be written as separate models
  38 \&(use \fB rasmol \-nmrpdb\fR). Also in a \fB .pdb\fR file, B\-factors
  39 \&calculated from the atomic MSD values can be written with \fB \-bfac\fR.
  40 .SH FILES
  41 .BI "\-f1" " conf1.gro"
  42 .B Input
  43  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  44
  45 .BI "\-f2" " conf2.gro"
  46 .B Input
  47  Structure file: gro g96 pdb tpr etc.
  48
  49 .BI "\-o" " fit.pdb"
  50 .B Output
  51  Structure file: gro g96 pdb etc.
  52
  53 .BI "\-n1" " fit1.ndx"
  54 .B Input, Opt.
  55  Index file
  56
  57 .BI "\-n2" " fit2.ndx"
  58 .B Input, Opt.
  59  Index file
  60
  61 .BI "\-no" " match.ndx"
  62 .B Output, Opt.
  63  Index file
  64
  65 .SH OTHER OPTIONS
  66 .BI "\-[no]h"  "no    "
  67  Print help info and quit
  68
  69 .BI "\-[no]version"  "no    "
  70  Print version info and quit
  71
  72 .BI "\-nice"  " int" " 19"
  73  Set the nicelevel
  74
  75 .BI "\-[no]w"  "no    "
  76  View output \fB .xvg\fR, \fB .xpm\fR, \fB .eps\fR and \fB .pdb\fR files
  77
  78 .BI "\-[no]one"  "no    "
  79  Only write the fitted structure to file
  80
  81 .BI "\-[no]mw"  "yes   "
  82  Mass\-weighted fitting and RMSD
  83
  84 .BI "\-[no]pbc"  "no    "
  85  Try to make molecules whole again
  86
  87 .BI "\-[no]fit"  "yes   "
  88  Do least squares superposition of the target structure to the reference
  89
  90 .BI "\-[no]name"  "no    "
  91  Only compare matching atom names
  92
  93 .BI "\-[no]label"  "no    "
  94  Added chain labels A for first and B for second structure
  95
  96 .BI "\-[no]bfac"  "no    "
  97  Output B\-factors from atomic MSD values
  98
  99 .SH SEE ALSO
 100 .BR gromacs(7)
 101
 102 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.