man/man1/g_clustsize.1

   1 .TH g_clustsize 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c"
   2 .SH NAME
   3 g_clustsize - calculate size distributions of atomic clusters
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_clustsize\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-s" " topol.tpr "
  10 .BI "\-n" " index.ndx "
  11 .BI "\-o" " csize.xpm "
  12 .BI "\-ow" " csizew.xpm "
  13 .BI "\-nc" " nclust.xvg "
  14 .BI "\-mc" " maxclust.xvg "
  15 .BI "\-ac" " avclust.xvg "
  16 .BI "\-hc" " histo\-clust.xvg "
  17 .BI "\-temp" " temp.xvg "
  18 .BI "\-mcn" " maxclust.ndx "
  19 .BI "\-[no]h" ""
  20 .BI "\-[no]version" ""
  21 .BI "\-nice" " int "
  22 .BI "\-b" " time "
  23 .BI "\-e" " time "
  24 .BI "\-dt" " time "
  25 .BI "\-tu" " enum "
  26 .BI "\-[no]w" ""
  27 .BI "\-xvg" " enum "
  28 .BI "\-cut" " real "
  29 .BI "\-[no]mol" ""
  30 .BI "\-[no]pbc" ""
  31 .BI "\-nskip" " int "
  32 .BI "\-nlevels" " int "
  33 .BI "\-ndf" " int "
  34 .BI "\-rgblo" " vector "
  35 .BI "\-rgbhi" " vector "
  36 .SH DESCRIPTION
  37 \&This program computes the size distributions of molecular/atomic clusters in
  38 \&the gas phase. The output is given in the form of an \fB .xpm\fR file.
  39 \&The total number of clusters is written to an \fB .xvg\fR file.
  40
  41
  42 \&When the \fB \-mol\fR option is given clusters will be made out of
  43 \&molecules rather than atoms, which allows clustering of large molecules.
  44 \&In this case an index file would still contain atom numbers
  45 \&or your calculation will die with a SEGV.
  46
  47
  48 \&When velocities are present in your trajectory, the temperature of
  49 \&the largest cluster will be printed in a separate \fB .xvg\fR file assuming
  50 \&that the particles are free to move. If you are using constraints,
  51 \&please correct the temperature. For instance water simulated with SHAKE
  52 \&or SETTLE will yield a temperature that is 1.5 times too low. You can
  53 \&compensate for this with the \fB \-ndf\fR option. Remember to take the removal
  54 \&of center of mass motion into account.
  55
  56
  57 \&The \fB \-mc\fR option will produce an index file containing the
  58 \&atom numbers of the largest cluster.
  59 .SH FILES
  60 .BI "\-f" " traj.xtc"
  61 .B Input
  62  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  63
  64 .BI "\-s" " topol.tpr"
  65 .B Input, Opt.
  66  Portable xdr run input file
  67
  68 .BI "\-n" " index.ndx"
  69 .B Input, Opt.
  70  Index file
  71
  72 .BI "\-o" " csize.xpm"
  73 .B Output
  74  X PixMap compatible matrix file
  75
  76 .BI "\-ow" " csizew.xpm"
  77 .B Output
  78  X PixMap compatible matrix file
  79
  80 .BI "\-nc" " nclust.xvg"
  81 .B Output
  82  xvgr/xmgr file
  83
  84 .BI "\-mc" " maxclust.xvg"
  85 .B Output
  86  xvgr/xmgr file
  87
  88 .BI "\-ac" " avclust.xvg"
  89 .B Output
  90  xvgr/xmgr file
  91
  92 .BI "\-hc" " histo\-clust.xvg"
  93 .B Output
  94  xvgr/xmgr file
  95
  96 .BI "\-temp" " temp.xvg"
  97 .B Output, Opt.
  98  xvgr/xmgr file
  99
 100 .BI "\-mcn" " maxclust.ndx"
 101 .B Output, Opt.
 102  Index file
 103
 104 .SH OTHER OPTIONS
 105 .BI "\-[no]h"  "no    "
 106  Print help info and quit
 107
 108 .BI "\-[no]version"  "no    "
 109  Print version info and quit
 110
 111 .BI "\-nice"  " int" " 19"
 112  Set the nicelevel
 113
 114 .BI "\-b"  " time" " 0     "
 115  First frame (ps) to read from trajectory
 116
 117 .BI "\-e"  " time" " 0     "
 118  Last frame (ps) to read from trajectory
 119
 120 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
 121  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 122
 123 .BI "\-tu"  " enum" " ps"
 124  Time unit: \fB fs\fR, \fB ps\fR, \fB ns\fR, \fB us\fR, \fB ms\fR or \fB s\fR
 125
 126 .BI "\-[no]w"  "no    "
 127  View output \fB .xvg\fR, \fB .xpm\fR, \fB .eps\fR and \fB .pdb\fR files
 128
 129 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
 130  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
 131
 132 .BI "\-cut"  " real" " 0.35  "
 133  Largest distance (nm) to be considered in a cluster
 134
 135 .BI "\-[no]mol"  "no    "
 136  Cluster molecules rather than atoms (needs \fB .tpr\fR file)
 137
 138 .BI "\-[no]pbc"  "yes   "
 139  Use periodic boundary conditions
 140
 141 .BI "\-nskip"  " int" " 0"
 142  Number of frames to skip between writing
 143
 144 .BI "\-nlevels"  " int" " 20"
 145  Number of levels of grey in \fB .xpm\fR output
 146
 147 .BI "\-ndf"  " int" " \-1"
 148  Number of degrees of freedom of the entire system for temperature calculation. If not set, the number of atoms times three is used.
 149
 150 .BI "\-rgblo"  " vector" " 1 1 0"
 151  RGB values for the color of the lowest occupied cluster size
 152
 153 .BI "\-rgbhi"  " vector" " 0 0 1"
 154  RGB values for the color of the highest occupied cluster size
 155
 156 .SH SEE ALSO
 157 .BR gromacs(7)
 158
 159 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.