man/man1/g_bundle.1

   1 .TH g_bundle 1 "Mon 4 Apr 2011" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c"
   2 .SH NAME
   3 g_bundle - analyzes bundles of axes, e.g. helices
   4
   5 .B VERSION 4.5.4-dev-20110404-bc5695c
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_bundle\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-s" " topol.tpr "
  10 .BI "\-n" " index.ndx "
  11 .BI "\-ol" " bun_len.xvg "
  12 .BI "\-od" " bun_dist.xvg "
  13 .BI "\-oz" " bun_z.xvg "
  14 .BI "\-ot" " bun_tilt.xvg "
  15 .BI "\-otr" " bun_tiltr.xvg "
  16 .BI "\-otl" " bun_tiltl.xvg "
  17 .BI "\-ok" " bun_kink.xvg "
  18 .BI "\-okr" " bun_kinkr.xvg "
  19 .BI "\-okl" " bun_kinkl.xvg "
  20 .BI "\-oa" " axes.pdb "
  21 .BI "\-[no]h" ""
  22 .BI "\-[no]version" ""
  23 .BI "\-nice" " int "
  24 .BI "\-b" " time "
  25 .BI "\-e" " time "
  26 .BI "\-dt" " time "
  27 .BI "\-tu" " enum "
  28 .BI "\-xvg" " enum "
  29 .BI "\-na" " int "
  30 .BI "\-[no]z" ""
  31 .SH DESCRIPTION
  32 \&\fB g_bundle\fR analyzes bundles of axes. The axes can be for instance
  33 \&helix axes. The program reads two index groups and divides both
  34 \&of them in \fB \-na\fR parts. The centers of mass of these parts
  35 \&define the tops and bottoms of the axes.
  36 \&Several quantities are written to file:
  37 \&the axis length, the distance and the z\-shift of the axis mid\-points
  38 \&with respect to the average center of all axes, the total tilt,
  39 \&the radial tilt and the lateral tilt with respect to the average axis.
  40 \&
  41
  42
  43 \&With options \fB \-ok\fR, \fB \-okr\fR and \fB \-okl\fR the total,
  44 \&radial and lateral kinks of the axes are plotted. An extra index
  45 \&group of kink atoms is required, which is also divided into \fB \-na\fR
  46 \&parts. The kink angle is defined as the angle between the kink\-top and
  47 \&the bottom\-kink vectors.
  48 \&
  49
  50
  51 \&With option \fB \-oa\fR the top, mid (or kink when \fB \-ok\fR is set)
  52 \&and bottom points of each axis
  53 \&are written to a \fB .pdb\fR file each frame. The residue numbers correspond
  54 \&to the axis numbers. When viewing this file with Rasmol, use the
  55 \&command line option \fB \-nmrpdb\fR, and type \fB set axis true\fR to
  56 \&display the reference axis.
  57 .SH FILES
  58 .BI "\-f" " traj.xtc"
  59 .B Input
  60  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  61
  62 .BI "\-s" " topol.tpr"
  63 .B Input
  64  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  65
  66 .BI "\-n" " index.ndx"
  67 .B Input, Opt.
  68  Index file
  69
  70 .BI "\-ol" " bun_len.xvg"
  71 .B Output
  72  xvgr/xmgr file
  73
  74 .BI "\-od" " bun_dist.xvg"
  75 .B Output
  76  xvgr/xmgr file
  77
  78 .BI "\-oz" " bun_z.xvg"
  79 .B Output
  80  xvgr/xmgr file
  81
  82 .BI "\-ot" " bun_tilt.xvg"
  83 .B Output
  84  xvgr/xmgr file
  85
  86 .BI "\-otr" " bun_tiltr.xvg"
  87 .B Output
  88  xvgr/xmgr file
  89
  90 .BI "\-otl" " bun_tiltl.xvg"
  91 .B Output
  92  xvgr/xmgr file
  93
  94 .BI "\-ok" " bun_kink.xvg"
  95 .B Output, Opt.
  96  xvgr/xmgr file
  97
  98 .BI "\-okr" " bun_kinkr.xvg"
  99 .B Output, Opt.
 100  xvgr/xmgr file
 101
 102 .BI "\-okl" " bun_kinkl.xvg"
 103 .B Output, Opt.
 104  xvgr/xmgr file
 105
 106 .BI "\-oa" " axes.pdb"
 107 .B Output, Opt.
 108  Protein data bank file
 109
 110 .SH OTHER OPTIONS
 111 .BI "\-[no]h"  "no    "
 112  Print help info and quit
 113
 114 .BI "\-[no]version"  "no    "
 115  Print version info and quit
 116
 117 .BI "\-nice"  " int" " 19"
 118  Set the nicelevel
 119
 120 .BI "\-b"  " time" " 0     "
 121  First frame (ps) to read from trajectory
 122
 123 .BI "\-e"  " time" " 0     "
 124  Last frame (ps) to read from trajectory
 125
 126 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
 127  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 128
 129 .BI "\-tu"  " enum" " ps"
 130  Time unit: \fB fs\fR, \fB ps\fR, \fB ns\fR, \fB us\fR, \fB ms\fR or \fB s\fR
 131
 132 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
 133  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
 134
 135 .BI "\-na"  " int" " 0"
 136  Number of axes
 137
 138 .BI "\-[no]z"  "no    "
 139  Use the \fI z\fR\-axis as reference instead of the average axis
 140
 141 .SH SEE ALSO
 142 .BR gromacs(7)
 143
 144 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.